+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4am0 | ||||||
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Title | Structure of Dengue virus strain 4 DIII in complex with Fab 2H12 | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / ANTIBODY / NEUTRALISATION | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / : / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...: / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / : / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / double-stranded RNA binding / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / membrane => GO:0016020 / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / endoplasmic reticulum membrane / virion membrane / extracellular region / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) MUS MUSCULUS (house mouse) DENGUE VIRUS | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.02 Å | ||||||
Authors | Midgley, C.M. / Flanagan, A. / Mongkolsapaya, J. / Grimes, J.M. / Screaton, G.R. | ||||||
Citation | Journal: J.Immunol. / Year: 2012 Title: Structural Analysis of a Dengue Cross-Reactive Antibody Complexed with Envelope Domain III Reveals the Molecular Basis of Cross-Reactivity. Authors: Midgley, C.M. / Flanagan, A. / Tran, H.B. / Dejnirattisai, W. / Chawansuntati, K. / Jumnainsong, A. / Wongwiwat, W. / Duangchinda, T. / Mongkolsapaya, J. / Grimes, J.M. / Screaton, G.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4am0.cif.gz | 781.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4am0.ent.gz | 673.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4am0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4am0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4am0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23035.535 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human), (gene. exp.) MUS MUSCULUS (house mouse) Production host: MUS MUSCULUS (house mouse) #2: Antibody | Mass: 23558.031 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human), (gene. exp.) MUS MUSCULUS (house mouse) Production host: MUS MUSCULUS (house mouse) #3: Protein | Mass: 11072.658 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: DOMAIN III, RESIDUES 295-395 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) DENGUE VIRUS / Strain: 4 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: Q7TGC6, UniProt: Q58HT7*PLUS |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.3 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 / Details: 20% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM THIOCYNATE, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.975 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.975 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.02→56 Å / Num. obs: 38472 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 56.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 3.02→3.1 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.02→41.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8481 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7801 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.47 Details: REFINEMENT NOTES 1:IDEAL-DIST CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. LSSR (-AUTONCS).
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Displacement parameters | Biso mean: 44.69 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.554 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.02→41.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.02→3.1 Å / Total num. of bins used: 19
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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