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- PDB-4am0: Structure of Dengue virus strain 4 DIII in complex with Fab 2H12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4am0
タイトルStructure of Dengue virus strain 4 DIII in complex with Fab 2H12
要素
  • ENVELOPE PROTEIN,
  • FAB 2H12, HEAVY CHAIN
  • FAB 2H12, LIGHT CHAIN
キーワードVIRAL PROTEIN / ANTIBODY / NEUTRALISATION
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
DENGUE VIRUS (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Midgley, C.M. / Flanagan, A. / Mongkolsapaya, J. / Grimes, J.M. / Screaton, G.R.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Structural Analysis of a Dengue Cross-Reactive Antibody Complexed with Envelope Domain III Reveals the Molecular Basis of Cross-Reactivity.
著者: Midgley, C.M. / Flanagan, A. / Tran, H.B. / Dejnirattisai, W. / Chawansuntati, K. / Jumnainsong, A. / Wongwiwat, W. / Duangchinda, T. / Mongkolsapaya, J. / Grimes, J.M. / Screaton, G.R.
履歴
登録2012年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Derived calculations / Other
改定 1.22019年11月20日Group: Other / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat / pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32019年12月4日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAB 2H12, HEAVY CHAIN
B: FAB 2H12, LIGHT CHAIN
C: FAB 2H12, HEAVY CHAIN
D: FAB 2H12, LIGHT CHAIN
E: FAB 2H12, HEAVY CHAIN
F: FAB 2H12, LIGHT CHAIN
H: FAB 2H12, HEAVY CHAIN
L: FAB 2H12, LIGHT CHAIN
Q: ENVELOPE PROTEIN,
R: ENVELOPE PROTEIN,
S: ENVELOPE PROTEIN,
T: ENVELOPE PROTEIN,


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,66512
ポリマ－230,66512
非ポリマー00
水00
1
A: FAB 2H12, HEAVY CHAIN
B: FAB 2H12, LIGHT CHAIN
S: ENVELOPE PROTEIN,


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6663
ポリマ－57,6663
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-24.2 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
2
C: FAB 2H12, HEAVY CHAIN
D: FAB 2H12, LIGHT CHAIN
T: ENVELOPE PROTEIN,


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6663
ポリマ－57,6663
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-23.4 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
3
E: FAB 2H12, HEAVY CHAIN
F: FAB 2H12, LIGHT CHAIN
Q: ENVELOPE PROTEIN,


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6663
ポリマ－57,6663
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-23.5 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
4
H: FAB 2H12, HEAVY CHAIN
L: FAB 2H12, LIGHT CHAIN
R: ENVELOPE PROTEIN,


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6663
ポリマ－57,6663
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-23.5 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.930, 92.800, 96.590
Angle α, β, γ (deg.)118.55, 90.33, 104.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: 抗体
FAB 2H12, HEAVY CHAIN


分子量: 23035.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト), (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体
FAB 2H12, LIGHT CHAIN


分子量: 23558.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト), (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: タンパク質
ENVELOPE PROTEIN, / E GLYCOPROTEIN


分子量: 11072.658 Da / 分子数: 4 / Fragment: DOMAIN III, RESIDUES 295-395 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DENGUE VIRUS (デング熱ウイルス)
株: 4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7TGC6, UniProt: Q58HT7*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM THIOCYNATE, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.975
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→56 Å / Num. obs: 38472 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 56.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.02→3.1 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→41.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8481 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7801 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.47
詳細: REFINEMENT NOTES 1:IDEAL-DIST CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. LSSR (-AUTONCS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2522 1926 5.01 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.1988 38469 95.74 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.9275 Å2-0.6354 Å2-2.1855 Å2
2---15.5409 Å2-9.3245 Å2
3----4.3866 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.554 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→41.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15830 0 0 0 15830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0116224HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2522087HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5345SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes333HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2348HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16224HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2216SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17863SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.1 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3439 156 5.47 %
Rwork0.2441 2696 -
all0.2496 2852 -
obs--95.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.13551.0907-2.26732.63321.87224.2765-0.0258-0.0045-0.01720.03750.06540.16010.22540.0616-0.0396-0.22370.01980.01070.00460.1552-0.004329.4486-42.4574-24.2169
21.06880.5249-0.62931.4995-1.5650.93560.0091-0.066-0.05080.09960.0251-0.08930.00640.047-0.03430.1038-0.10560.1093-0.03340.0125-0.0630.4152-63.774-1.3185
31.9545-1.1312-2.3695-1.1727-0.08631.3341-0.00540.0179-0.00550.01690.0297-0.04520.02160.0629-0.02440.08250.0309-0.0230.05890.0546-0.118735.2324-61.91936.3903
41.76830.7711-0.53481.7948-1.3065-0.1723-0.08930.0415-0.3494-0.29180.02070.12830.26960.10240.0687-0.0350.04330.044-0.0711-0.00150.011832.5038-63.2815-28.1863
50.8863-0.39871.53483.1417-0.2551-0.7726-0.01860.061-0.04980.05890.01050.0430.01070.0160.00810.0064-0.03750.1309-0.0730.08220.040120.547-79.5623-7.6236
63.7714-0.4829-0.81761.3490.13121.18060.0030.0141-0.15580.18860.01360.0103-0.0239-0.0073-0.01660.1145-0.08850.1073-0.09640.1569-0.097422.3142-76.5573-3.1641
74.98042.3365-1.38343.56920.18031.3534-0.10160.16650.0535-0.1104-0.00880.0090.09950.12690.1103-0.28160.0504-0.01890.15620.0838-0.0543-8.8541-70.866826.233
81.4282-0.0453-0.5757-0.44890.39412.23990.04420.02870.0264-0.1881-0.00650.0656-0.02490.0044-0.0377-0.0487-0.18910.0138-0.00750.01230.0782-7.3715-61.6507-3.8021
90.3828-0.13070.0576-0.22930.04770.20860.00270.0025-0.0031-0.007-0.0070.0013-0.0057-0.00470.0043-0.01590.0023-0.05190.0833-0.0064-0.0045-10.2671-55.2889-16.7215
101.595-3.84230.85350.24040.59970.6441-0.04030.0384-0.0271-0.05590.0517-0.09640.08640.001-0.01130.08670.14380.0120.0067-0.0126-0.0492-6.0827-92.058210.7347
111.67070.51161.89910.82282.40215.9878-0.09570.13330.0364-0.09430.1592-0.01830.1777-0.0201-0.06350.20640.01830.1244-0.14980.0531-0.1323-12.6795-89.085117.3916
124.1458-0.0505-0.0542-0.31410.81661.1116-0.01060.12940.018-0.1449-0.036-0.20950.13020.120.04660.0324-0.06760.10230.0410.1128-0.15641.3242-71.7534-13.8921
134.4349-2.33470.99763.0862-0.37053.21120.0454-0.03140.00240.14250.1283-0.076-0.1199-0.0435-0.1737-0.2348-0.00780.00720.12610.0603-0.0898-8.5887-27.3019-16.9574
140.5015-0.3169-0.9660.6893-0.49483.8902-0.0111-0.04170.03490.1061-0.0418-0.09510.0609-0.07190.0529-0.08650.0703-0.0480.1842-0.0203-0.1021-7.3503-36.265211.363
154.3318-2.13780.4277-1.9437-0.16651.1828-0.02440.02290.03640.0435-0.00680.10840.0232-0.00470.03120.0419-0.09790.06390.08130.045-0.0641-13.4652-43.846316.921
161.72672.1884-1.6930.77860.91315.0372-0.0138-0.12620.2296-0.01490.0677-0.004-0.4138-0.1261-0.0540.10330.20430.0498-0.04830.0436-0.1066-12.9438-9.1474-6.4706
170.59711.46130.813-0.31290.62552.690.0465-0.0659-0.06050.0395-0.032-0.0391-0.1094-0.0085-0.0145-0.01380.149-0.03270.0780.0149-0.1098-4.1244-27.002921.7984
185.18650.0505-1.55631.12920.38590.45170.04-0.1005-0.0270.011-0.0746-0.1140.0686-0.03890.03460.08830.0583-0.090.0377-0.0423-0.24730.8039-28.410524.6694
190.2243-0.95922.38822.04971.05263.7099-0.03290.1719-0.0256-0.07280.02490.1488-0.01430.08230.008-0.29260.00130.02750.03450.15010.140328.9688-57.993134.3784
203.1604-1.8175-1.01830.1176-1.1353-0.9139-0.00410.0333-0.0149-0.088-0.07930.03670.0005-0.01750.0834-0.10880.0177-0.07910.05570.07070.075728.1485-50.92232.0825
211.131-0.45451.30442.3549-2.46261.550.01670.19410.0554-0.1923-0.0538-0.1089-0.24010.07110.0372-0.1061-0.05320.0580.14610.1208-0.067930.2594-33.57849.4137
220.7252-0.36510.07471.9439-1.31393.0274-0.1860.10310.24010.23990.0476-0.0182-0.17060.23060.1384-0.1156-0.046-0.0078-0.09830.02960.041530.5707-34.547537.9374
230.78154.1173-1.40070.69330.77581.76280.0108-0.01980.0174-0.04740-0.0046-0.0860.0008-0.01080.04060.0116-0.0746-0.07260.0793-0.008919.5454-23.839217.7822
240.5706-0.66220.00850.8476-1.0551.0302-0.02260.05260.09470.0320.0205-0.0291-0.0233-0.06060.00210.0534-0.0007-0.07730.01760.0606-0.025517.4858-16.65099.0492
251.2538-2.1272-1.02121.13710.76320.9281-0.0015-0.04710.059-0.02510.0314-0.0326-0.0289-0.0491-0.0299-0.06020.08060.04320.0961-0.0067-0.0041-3.3568-13.5886-37.3891
260.6196-0.9103-0.4083-0.07421.56512.77690.00910.0147-0.0172-0.02040.0232-0.0749-0.0125-0.0382-0.0323-0.11230.10020.06660.0681-0.0090.00410.4818-9.059-40.7729
270.87911.2804-2.3807-0.91530.34622.3136-0.00920.02040.02570.00490.0187-0.0235-0.00460.0185-0.0095-0.0153-0.06910.00930.1445-0.0637-0.071-8.4861-2.6198-36.0737
283.0334-1.38961.9421.556-0.96373.1372-0.02460.00660.077-0.0185-0.02950.01590.0572-0.03680.0541-0.24240.0217-0.03780.1760.145-0.0008-5.2481-10.2141-39.984
291.4925-0.010.34030.7102-0.4835-0.6478-0.0036-0.00250.0102-0.0015-0.04060.0595-0.0158-0.02290.0442-0.1225-0.1052-0.13430.0263-0.0090.112623.8364-67.356657.101
301.320.5982-1.856-1.28441.07871.616-0.0147-0.00120.0561-0.071-0.04560.08730.07660.03150.0603-0.084-0.05930.03680.0694-0.01180.059221.0088-68.07162.9404
310.57270.6725-1.8353-0.42070.65881.7453-0.0231-0.04180.04870.03230.042-0.02530.0811-0.1053-0.019-0.19040.0926-0.01410.09150.04080.096219.1653-62.541159.5702
321.8741-2.18181.3454-1.3643-0.39722.1486-0.024-0.01560.0260.06410.03210.01010.05770.0198-0.0082-0.18250.0751-0.02040.10450.08190.097732.3636-69.614862.6683
331.26580.0295-1.36661.3633-1.00380.44740.01820.0049-0.0464-0.04440.0231-0.0323-0.04360.0226-0.0413-0.08110.06920.06210.04330.12650.066122.4068-30.209-47.9107
340.2283-0.543-0.00211.9995-0.8962-0.6482-0.00430.0292-0.014-0.0181-0.00460.07460.0020.07670.0089-0.19720.06150.07430.0340.0380.109823.9733-32.1825-57.5936
35-0.0743-0.19570.10332.6419-0.0515-0.9082-0.00340.02230.0053-0.01480.00220.0526-0.01470.00280.00110.0693-0.08430.0401-0.0055-0.1093-0.007426.3638-37.8292-55.556
364.0145-1.7524-1.96523.2816-2.21322.4927-0.01750.0602-0.0580.09450.1304-0.0781-0.1505-0.0136-0.1129-0.2723-0.0035-0.06610.21150.1305-0.015728.1704-30.1031-51.4109
370.37380.9742-1.25420.379-0.28740.2539-0.0007-0.03420.0189-0.0063-0.01070.05390.0433-0.02820.0114-0.1263-0.17030.02210.061-0.00810.0253-3.5544-84.759846.9882
381.8236-2.20431.0216-0.2013-0.18080.7670.01220.0272-0.05170.02030.0590.0055-0.0660.0558-0.0712-0.15530.01510.02830.2213-0.08340.0030.9768-88.984650.1395
390.1005-1.64622.46560.0781-0.60041.31950.00420.0331-0.07170.007-0.06110.00940.02550.11870.0568-0.21050.0269-0.01570.1108-0.03650.0832-3.3911-91.558146.9287
401.75321.999-2.5541-0.0292-0.39772.0387-0.03220.001-0.02860.08570.00260.00770.01530.00830.0296-0.2055-0.08570.08450.15550.07650.0715-11.9115-88.565251.8276
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 1 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 120 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 192 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 1 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 138 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 156 - 212
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND RESID 1 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND RESID 113 - 211
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND RESID 212 - 217
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND RESID 1 - 18
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN D AND RESID 19 - 104
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN D AND RESID 105 - 212
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN E AND RESID 1 - 107
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN E AND RESID 108 - 190
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN E AND RESID 191 - 217
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN F AND RESID 1 - 104
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN F AND RESID 105 - 149
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN F AND RESID 150 - 212
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN H AND RESID 1 - 87
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN H AND RESID 88 - 119
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN H AND RESID 120 - 217
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN L AND RESID 1 - 141
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN L AND RESID 142 - 183
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN L AND RESID 184 - 212
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN Q AND RESID 300 - 319
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN Q AND RESID 320 - 341
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN Q AND RESID 342 - 355
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN Q AND RESID 356 - 393
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN R AND RESID 300 - 319
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN R AND RESID 320 - 342
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN R AND RESID 349 - 369
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN R AND RESID 370 - 395
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN S AND RESID 300 - 331
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN S AND RESID 332 - S|341
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN S AND RESID 342 - 358
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN S AND RESID 359 - 394
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN T AND RESID 300 - 319
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN T AND RESID 320 - 340
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN T AND RESID 341 - 369
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN T AND RESID 370 - 394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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