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- PDB-6p4f: Crystal structure of the XPB-Bax1-forked DNA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p4f
タイトルCrystal structure of the XPB-Bax1-forked DNA ternary complex
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
  • DNA-dependent ATPase XPBII
  • Endonuclease Bax1
キーワードHYDROLASE/DNA / StXPB:Bax1 complex / helicase / endonuclease / ATPase / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on DNA / DNA conformation change / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / helicase activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF790, endonuclease-like / Protein of unknown function (DUF790) / Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / Restriction Endonuclease - #30 / : / Restriction Endonuclease / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain ...Protein of unknown function DUF790, endonuclease-like / Protein of unknown function (DUF790) / Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / Restriction Endonuclease - #30 / : / Restriction Endonuclease / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Endonuclease Bax1 / DNA 3'-5' translocase XPB2
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者He, F. / Hilario, E. / Fan, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108893 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of the XPB helicase-Bax1 nuclease complex interacting with the repair bubble DNA.
著者: He, F. / DuPrez, K. / Hilario, E. / Chen, Z. / Fan, L.
履歴
登録2019年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-dependent ATPase XPBII
B: Endonuclease Bax1
C: DNA-dependent ATPase XPBII
D: Endonuclease Bax1
E: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,09547
ポリマ－218,8128
非ポリマー1,28339
水00
1
A: DNA-dependent ATPase XPBII
B: Endonuclease Bax1
E: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,28030
ポリマ－109,4064
非ポリマー87426
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10570 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area45570 Å2
手法PISA
2
C: DNA-dependent ATPase XPBII
D: Endonuclease Bax1
G: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,81517
ポリマ－109,4064
非ポリマー40913
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9940 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area45970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.687, 92.150, 172.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 132.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 2 or (resid 3...
21(chain C and (resid 1 through 29 or (resid 30...
12(chain B and (resid 0 through 49 or resid 51...
22(chain D and (resid 0 through 18 or (resid 19...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERVALVAL(chain A and (resid 1 through 2 or (resid 3...AA1 - 22 - 3
121TYRTYRARGARG(chain A and (resid 1 through 2 or (resid 3...AA3 - 54 - 6
131GLYGLYSERSER(chain A and (resid 1 through 2 or (resid 3...AA0 - 4341 - 435
211SERSERTYRTYR(chain C and (resid 1 through 29 or (resid 30...CC1 - 292 - 30
221SERSERALAALA(chain C and (resid 1 through 29 or (resid 30...CC30 - 3131 - 32
231GLYGLYARGARG(chain C and (resid 1 through 29 or (resid 30...CC0 - 4351 - 436
241GLYGLYARGARG(chain C and (resid 1 through 29 or (resid 30...CC0 - 4351 - 436
251GLYGLYARGARG(chain C and (resid 1 through 29 or (resid 30...CC0 - 4351 - 436
261GLYGLYARGARG(chain C and (resid 1 through 29 or (resid 30...CC0 - 4351 - 436
112METMETILEILE(chain B and (resid 0 through 49 or resid 51...BB0 - 491 - 50
122TYRTYRGLUGLU(chain B and (resid 0 through 49 or resid 51...BB51 - 7552 - 76
132LEULEUASPASP(chain B and (resid 0 through 49 or resid 51...BB76 - 7777 - 78
142METMETGLUGLU(chain B and (resid 0 through 49 or resid 51...BB0 - 3721 - 373
152METMETGLUGLU(chain B and (resid 0 through 49 or resid 51...BB0 - 3721 - 373
162METMETGLUGLU(chain B and (resid 0 through 49 or resid 51...BB0 - 3721 - 373
172METMETGLUGLU(chain B and (resid 0 through 49 or resid 51...BB0 - 3721 - 373
212METMETPROPRO(chain D and (resid 0 through 18 or (resid 19...DD0 - 181 - 19
222HISHISHISHIS(chain D and (resid 0 through 18 or (resid 19...DD1920
232METMETGLUGLU(chain D and (resid 0 through 18 or (resid 19...DD0 - 3721 - 373
242METMETGLUGLU(chain D and (resid 0 through 18 or (resid 19...DD0 - 3721 - 373
252METMETGLUGLU(chain D and (resid 0 through 18 or (resid 19...DD0 - 3721 - 373
262METMETGLUGLU(chain D and (resid 0 through 18 or (resid 19...DD0 - 3721 - 373

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 DNA-dependent ATPase XPBII


分子量: 50728.812 Da / 分子数: 2 / 変異: M1G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌)
株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: xpb2, ST1613, STK_16130 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta(DE3)pLys-S / 参照: UniProt: Q970I2
#2: タンパク質 Endonuclease Bax1


分子量: 44321.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌)
株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: bax1, ST1614, STK_16140 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta(DE3)pLys-S / 参照: UniProt: Q970I1

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 7263.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 7092.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TTGTAGGTTTCCATGTTGAGTCA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 39分子

#5: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.74 % / 解説: 40 microns plate-like crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: 50mM MES, pH 5.3; 10mM MgCl2; 26% MPD / PH範囲: 5.30-5.80 / Temp details: constant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: constant / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.7883 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日 / 詳細: Bent cylinders, Stripes of Pt, Rh and clear
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7883 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→127.432 Å / Num. all: 28493 / Num. obs: 28493 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3 % / Rpim(I) all: 0.148 / Rrim(I) all: 0.266 / Rsym value: 0.22 / Net I/av σ(I): 2.8 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 85678
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.55-3.7431.4510.41251241050.9731.7551.4511.394.3
3.74-3.973.10.9920.71227040150.661.1970.9921.896.1
3.97-4.2430.5351.21119237540.360.6480.5352.895.4
4.24-4.582.80.2882.3910632330.2010.3530.2884.289.1
4.58-5.023.10.2143.21014232670.1420.2580.2145.597.2
5.02-5.6130.1923.6898029470.1290.2330.1925.896.6
5.61-6.482.80.1684.1712225010.1160.2060.1686.292
6.48-7.943.10.1096.3650720910.0730.1320.1098.792.6
7.94-11.2330.0599.8521717130.0390.0710.05912.595.8
11.23-39.73530.059.426308670.0340.0610.0514.185.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.55 Å39.74 Å
Translation3.55 Å39.74 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.15.2-3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TNU and 6P4W

5tnu

6p4w


解像度: 3.55→39.735 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2716 1389 4.9 %
Rwork0.2502 --
obs0.2513 28335 93.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 306.89 Å2 / Biso mean: 108.8579 Å2 / Biso min: 31.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.55→39.735 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12309 1848 51 0 14208
Biso mean--76.73 --
残基数----1708
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2540X-RAY DIFFRACTION5.653TORSIONAL
12C2540X-RAY DIFFRACTION5.653TORSIONAL
21B2090X-RAY DIFFRACTION5.653TORSIONAL
22D2090X-RAY DIFFRACTION5.653TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5501-3.67690.48091330.40892509264288
3.6769-3.8240.3641340.36992739287396
3.824-3.99790.35891410.33772774291596
3.9979-4.20840.31261430.3032712285596
4.2084-4.47180.27321290.26472696282593
4.4718-4.81650.2681350.23472586272190
4.8165-5.30020.26741490.23142803295297
5.3002-6.06480.2861470.24712763291096
6.0648-7.63210.29631340.2392597273189
7.6321-39.73760.16021440.16922767291193
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0170.0673-0.02930.06360.00570.0661-0.20690.30730.2638-0.18540.16040.05730.352-0.1031-0.00210.7799-0.064-0.03921.1257-0.07920.665222.585711.1998-16.4857
20.04860.048-0.01180.0779-0.04170.1922-0.08740.2107-0.0123-0.15840.1203-0.2159-0.073-0.404300.53450.0483-0.05320.8869-0.05140.483923.099723.49310.305
30.07240.1304-0.17570.0771-0.16710.1089-0.081-0.0399-0.3123-0.64640.421-0.1803-0.30510.39160.0928-0.01460.413-0.06240.3934-0.28491.242957.484527.080716.6133
40.0833-0.02010.02720.15980.07480.1757-0.18570.11560.05460.32620.17380.0878-0.0861-0.024300.3760.0960.09530.37990.04560.597235.073635.321823.3905
50.0094-0.19340.139-0.05350.1922-0.06750.14790.4264-0.7190.96460.0126-0.47250.05650.17620.0148-0.05010.6902-0.565-0.61810.7688-0.425543.85659.093530.5518
60.30220.03380.12080.21140.20330.53-0.18130.00910.15220.05440.00270.24630.1056-0.1663-0.41640.5473-0.01030.03640.5486-0.07730.805927.7621-19.05128.2804
70.60990.3087-0.13770.2064-0.27210.47630.23810.54050.07890.0646-0.17490.14380.0119-0.14650.50910.4530.0332-0.07990.7684-0.12130.5213-11.7392-19.703732.5623
80.3864-0.2420.1984-0.0146-0.10440.2496-0.2987-0.1205-0.1460.30550.05270.13160.25410.07-0.29850.70010.0949-0.00210.4208-0.02620.475213.7946-33.411258.4184
90.0758-0.0044-0.04520.05940.12090.0552-0.58050.384-0.44550.1135-0.2256-0.70780.359-0.3612-0.08170.21260.22710.436-0.4003-0.68-0.240415.7039-34.77241.5298
100.0409-0.08490.0196-0.0269-0.04260.104-0.2580.0065-0.10450.37250.2694-0.0397-0.24230.042600.6428-0.0661-0.190.4239-0.11720.519920.7129-4.905359.6951
110.11590.00220.0375-0.00590.0777-0.0079-0.1096-0.13670.03080.1706-0.1286-0.0880.14070.2857-0.00010.7053-0.0409-0.01320.8703-0.08470.906635.4775-24.265141.2803
120.1086-0.0836-0.01520.0622-0.02140.07660.1552-0.00980.1347-0.1356-0.0588-0.2347-0.0472-0.027700.8583-0.02790.13620.3286-0.10170.54357.212112.088149.4415
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140.01380.0037-0.0006-0.0092-0.00460.01130.25110.1843-0.029-0.1936-0.13830.04860.1217-0.1405-01.26090.2550.08811.1160.09470.5499-5.240719.538623.5081
150.0038-0.0005-0.00310.0052-0.00470.0066-0.123-0.04380.0383-0.027-0.03710.09010.04080.04940.00011.4819-0.0926-0.12441.8196-0.09631.728623.35138.334926.86
16-0.01240.04170.0255-0.0103-0.0361-0.0445-0.2936-0.15180.2568-0.12460.0466-0.07080.2370.1782-0.00040.7285-0.0243-0.02180.7394-0.0570.862242.834317.739311.9741
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190.01040.00240.01190.00580.00920.005-0.1429-0.06170.06540.0065-0.0790.0848-0.0545-0.06710.00021.0047-0.0234-0.15761.1841-0.10951.157552.19085.29762.6198
200.0173-0.04420.0456-0.0003-0.0265-0.01810.09280.0366-0.09010.1843-0.35710.11010.1631-0.0361-00.6872-0.0606-0.00770.68660.00970.710134.9611.058918.6328
210.00210.0028-0.00830.00640.00050.00260.114-0.0271-0.0529-0.155-0.01330.04190.01140.0597-01.90310.01960.2212.09950.12462.060419.7199-9.632430.6887
22-0.0030.0054-0.00250.00050.02230.0064-0.07770.0739-0.11960.110.00870.05190.06410.1843-00.7258-0.11960.05090.8956-0.10490.90798.775-10.656945.6237
230.01260.00890.0133-0.0073-0.00150.0040.17150.2150.09330.1360.124-0.13130.00920.0238-0.00040.9127-0.11280.19820.9233-0.04550.54844.0354-26.996356.9743
24-0.02450.0124-0.03730.00610.01080.01480.47260.1287-0.20390.10820.36310.0234-0.090.2165-0.00021.63810.02510.66031.45-0.07062.19015.0196-54.208464.8621
25-0.00430.01150.00970.0017-0.00220.008-0.0027-0.04680.02130.0002-0.0580.06330.01590.058701.27380.1753-0.17191.20110.08530.8947-13.3466-6.122668.4298
260.0093-0.0053-0.00190.00190.0004-0.0029-0.1907-0.054-0.0758-0.0072-0.15030.0503-0.06950.0984-0.00011.3827-0.26090.1310.96090.02831.23595.8358-11.945358.9108
270.01320.00880.0027-0.01660.00060.0075-0.0776-0.067-0.10490.0306-0.20430.1293-0.1332-0.0060.00020.6738-0.05590.01930.82630.08250.733311.9456-19.288244.8417
280.0056-0.01270.0060.00920.0039-0.00290.1889-0.1176-0.0179-0.05450.1545-0.07230.14260.0636-0.00031.1113-0.2589-0.04781.11290.07431.000513.4958-3.223834.6022
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 70 )A0 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 233 )A71 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 234 through 306 )A234 - 306
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 307 through 434 )A307 - 434
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 0 through 163 )B0 - 163
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 164 through 372 )B164 - 372
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 0 through 223 )C0 - 223
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 224 through 333 )C224 - 333
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 334 through 435 )C334 - 435
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 0 through 71 )D0 - 71
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 72 through 137 )D72 - 137
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 138 through 253 )D138 - 253
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 254 through 329 )D254 - 329
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 330 through 372 )D330 - 372
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 1 through 5 )E1 - 5
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 6 through 15 )E6 - 15
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 16 through 23 )E16 - 23
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 3 through 7 )F3 - 7
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 8 through 12 )F8 - 12
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 13 through 24 )F13 - 24
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 1 through 5 )G1 - 5
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 6 through 10 )G6 - 10
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 11 through 15 )G11 - 15
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 16 through 24 )G16 - 24
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 5 through 9 )H5 - 9
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 10 through 14 )H10 - 14
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 15 through 19 )H15 - 19
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 20 through 24 )H20 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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