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- PDB-5oob: COMPLEX OF HUMAN NUCLEAR CAP-BINDING COMPLEX WITH M7GTP AND NELF-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oob
タイトルCOMPLEX OF HUMAN NUCLEAR CAP-BINDING COMPLEX WITH M7GTP AND NELF-E C-TERMINAL PEPTIDE
要素
  • Negative elongation factor E
  • Nuclear cap-binding protein subunit 1
  • Nuclear cap-binding protein subunit 2
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Complex nuclear cap-binding complex m7GTP C-terminal peptide from ARS2
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RNA binding / snRNA export from nucleus / NELF complex / nuclear cap binding complex / histone mRNA metabolic process / RNA cap binding complex / mRNA metabolic process / positive regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of RNA export from nucleus / cap-dependent translational initiation ...positive regulation of RNA binding / snRNA export from nucleus / NELF complex / nuclear cap binding complex / histone mRNA metabolic process / RNA cap binding complex / mRNA metabolic process / positive regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of RNA export from nucleus / cap-dependent translational initiation / Processing of Intronless Pre-mRNAs / snRNA binding / RNA cap binding / alternative mRNA splicing, via spliceosome / primary miRNA processing / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / regulation of mRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / mRNA 3'-end processing / mRNA cis splicing, via spliceosome / RNA catabolic process / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / regulation of translational initiation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / FGFR2 alternative splicing / Signaling by FGFR2 IIIa TM / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / 7-methylguanosine mRNA capping / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / translation elongation factor activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / mRNA export from nucleus / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / mRNA transcription by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / chromosome / snRNP Assembly / positive regulation of cell growth / molecular adaptor activity / defense response to virus / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear body / ciliary basal body / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Negative elongation factor E / Negative elongation factor E, RNA recognition motif / MIF4G-like, type 1 / MIF4G-like, type 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / MIF4G like / MIF4G like / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / NCBP2, RNA recognition motif / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 ...Negative elongation factor E / Negative elongation factor E, RNA recognition motif / MIF4G-like, type 1 / MIF4G-like, type 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / MIF4G like / MIF4G like / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / NCBP2, RNA recognition motif / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Negative elongation factor E / Negative elongation factor E / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Cusack, S. / Schulze, W.M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis for mutually exclusive co-transcriptional nuclear cap-binding complexes with either NELF-E or ARS2.
著者: Schulze, W.M. / Cusack, S.
履歴
登録2017年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / pdbx_entity_src_syn ...entity_name_com / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclear cap-binding protein subunit 1
B: Nuclear cap-binding protein subunit 2
C: Nuclear cap-binding protein subunit 1
D: Nuclear cap-binding protein subunit 2
E: Negative elongation factor E
F: Nuclear cap-binding protein subunit 1
G: Nuclear cap-binding protein subunit 2
I: Nuclear cap-binding protein subunit 1
J: Nuclear cap-binding protein subunit 2
K: Negative elongation factor E
Z: Negative elongation factor E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)441,43315
ポリマ－439,27611
非ポリマー2,1574
水00
1
A: Nuclear cap-binding protein subunit 1
B: Nuclear cap-binding protein subunit 2
Z: Negative elongation factor E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9854
ポリマ－110,4463
非ポリマー5391
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area39590 Å2
手法PISA
2
C: Nuclear cap-binding protein subunit 1
D: Nuclear cap-binding protein subunit 2
E: Negative elongation factor E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9854
ポリマ－110,4463
非ポリマー5391
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area39120 Å2
手法PISA
3
F: Nuclear cap-binding protein subunit 1
G: Nuclear cap-binding protein subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,4773
ポリマ－107,9382
非ポリマー5391
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area38540 Å2
手法PISA
4
I: Nuclear cap-binding protein subunit 1
J: Nuclear cap-binding protein subunit 2
K: Negative elongation factor E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9854
ポリマ－110,4463
非ポリマー5391
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area38930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.800, 147.230, 153.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22F
13A
23I
14B
24D
15B
25G
16B
26J
17C
27F
18C
28I
19D
29G
110D
210J
111E
211K
112E
212Z
113F
213I
114G
214J
115K
215Z

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUALAALAAA26 - 7908 - 772
21GLUGLUALAALACC26 - 7908 - 772
12GLUGLUALAALAAA26 - 7908 - 772
22GLUGLUALAALAFF26 - 7908 - 772
13GLUGLUALAALAAA28 - 79010 - 772
23GLUGLUALAALAIH28 - 79010 - 772
14GLYGLYALAALABB4 - 1536 - 155
24GLYGLYALAALADD4 - 1536 - 155
15GLYGLYLYSLYSBB4 - 1516 - 153
25GLYGLYLYSLYSGG4 - 1516 - 153
16GLYGLYGLYGLYBB4 - 1506 - 152
26GLYGLYGLYGLYJI4 - 1506 - 152
17ALAALAALAALACC24 - 7906 - 772
27ALAALAALAALAFF24 - 7906 - 772
18GLUGLUGLNGLNCC28 - 78910 - 771
28GLUGLUGLNGLNIH28 - 78910 - 771
19GLYGLYLYSLYSDD4 - 1516 - 153
29GLYGLYLYSLYSGG4 - 1516 - 153
110GLYGLYGLYGLYDD4 - 1506 - 152
210GLYGLYGLYGLYJI4 - 1506 - 152
111LYSLYSPHEPHEEE361 - 3802 - 21
211LYSLYSPHEPHEKJ361 - 3802 - 21
112LYSLYSLYSLYSEE361 - 3732 - 14
212LYSLYSGLYGLYZK361 - 3792 - 20
113GLUGLUALAALAFF28 - 79010 - 772
213GLUGLUALAALAIH28 - 79010 - 772
114GLYGLYGLYGLYGG4 - 1506 - 152
214GLYGLYGLYGLYJI4 - 1506 - 152
115LYSLYSLYSLYSKJ361 - 3732 - 14
215LYSLYSGLYGLYZK361 - 3792 - 20

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Nuclear cap-binding protein subunit 1 / 80 kDa nuclear cap-binding protein / NCBP 80 kDa subunit


分子量: 89781.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CBP80 delta NLS Additional M at N-terminus. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCBP1, CBP80, NCBP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q09161
#2: タンパク質
Nuclear cap-binding protein subunit 2 / 20 kDa nuclear cap-binding protein / Cell proliferation-inducing gene 55 protein / NCBP 20 kDa ...20 kDa nuclear cap-binding protein / Cell proliferation-inducing gene 55 protein / NCBP 20 kDa subunit / CBP20 / NCBP-interacting protein 1 / NIP1


分子量: 18156.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Additional GAM at N-terminus after TEV cleavage. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCBP2, CBP20, PIG55 / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: P52298
#3: タンパク質・ペプチド Negative elongation factor E / NELF-E / RNA-binding protein RD


分子量: 2507.728 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18615, UniProt: L9KL62*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-MGT / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7,8-ジヒドロ-7-メチルグアノシン5′-三りん酸


分子量: 539.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N5O14P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 6 mg/ml of CBC were mixed with 500 microM m7GTP and 500 microM NELF-E peptide in 120 mM NaCl, 1 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 20 mM HEPES pH 7.8. Crystals grew at 20 C in mother liquor ...詳細: 6 mg/ml of CBC were mixed with 500 microM m7GTP and 500 microM NELF-E peptide in 120 mM NaCl, 1 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 20 mM HEPES pH 7.8. Crystals grew at 20 C in mother liquor containing 0.2 M lithium citrate and 20% (w/v) PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→159 Å / Num. obs: 123434 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.71 % / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.79→2.87 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / Num. unique obs: 8453 / CC1/2: 0.363 / Rsym value: 1.29 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H2T

1h2t


解像度: 2.79→153.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 18.895 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2291 6345 5.1 %RANDOM
Rwork0.20189 ---
obs0.20331 117089 98.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.444 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.25 Å20 Å2-0.06 Å2
2--4.79 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.79→153.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29164 0 132 0 29296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01929997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0227642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.9640609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.922364202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.41853543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33524.0271470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.018155354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3615192
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.24431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02132773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0527.22914241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0527.22914240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.46610.83717761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.46610.83717762
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0567.52615756
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.64411.12622848
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.19281.94733142
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.19181.94233142
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A500400.02
12C500400.02
21A490020.03
22F490020.03
31A497800.03
32I497800.03
41B93300.03
42D93300.03
51B93100.02
52G93100.02
61B92660.02
62J92660.02
71C490060.03
72F490060.03
81C495040.03
82I495040.03
91D92620.03
92G92620.03
101D92040.03
102J92040.03
111E6780.09
112K6780.09
121E5160.05
122Z5160.05
131F490140.02
132I490140.02
141G92640.01
142J92640.01
151K5200.01
152Z5200.01
LS精密化 シェル解像度: 2.794→2.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 391 -
Rwork0.389 8035 -
obs--91.33 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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