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- PDB-6ozi: Crystal structure of Ciona intestinalis (Ci) Endonuclease V (D234... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ozi
タイトルCrystal structure of Ciona intestinalis (Ci) Endonuclease V (D234N) in complex with a 23mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine
要素
  • DNA/RNA (23-MER)
  • endonuclease V isoform X2
キーワードHYDROLASE / Nucleic acid hydrolysis / RNA recognition / metal ion dependent catalysis / DNA damage / adenosine deamination
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / DNA repair
類似検索 - 分子機能
Endonuclease V / Endonuclease V / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 fold / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / endonuclease V isoform X2
類似検索 - 構成要素
生物種Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Samara, N.L. / Yang, W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Evolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase.
著者: Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: endonuclease V isoform X2
B: endonuclease V isoform X2
C: DNA/RNA (23-MER)
D: DNA/RNA (23-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,73610
ポリマ－69,2794
非ポリマー4576
水7,909439
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.079, 81.428, 166.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...
21(chain B and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A5 - 15
121(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A17 - 21
131(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A23 - 26
141(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A28 - 33
151(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A2 - 38
161(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A40 - 42
171(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A44 - 45
181(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A47 - 49
191(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A2 - 245
1101(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A2 - 245
1111(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A138
1121(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A2 - 245
1131(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A171 - 208
1141(chain A and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...A210 - 244
211(chain B and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...B5 - 15
221(chain B and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...B17 - 21
231(chain B and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...B23 - 26
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251(chain B and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...B0
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291(chain B and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...B5 - 245
2101(chain B and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...B5 - 245
2111(chain B and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...B138
2121(chain B and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...B171 - 208
2131(chain B and (resseq 5:15 or resseq 17:21 or resseq...B210 - 244

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要素

#1: タンパク質 endonuclease V isoform X2


分子量: 27612.131 Da / 分子数: 2 / 変異: D234N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
遺伝子: LOC100181026 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q0JV13
#2: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (23-MER)


分子量: 7027.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium fluoride, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 29100 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 30.12 Å2 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.3912347172.7
2.3-2.341631194.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.302→30 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 1468 5.05 %
Rwork0.1743 --
obs0.1757 29058 92.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.37 Å2 / Biso mean: 36.9597 Å2 / Biso min: 17.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.302→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3849 753 24 439 5065
Biso mean--46.6 36.78 -
残基数----522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7756684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.432875
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2101X-RAY DIFFRACTION8.394TORSIONAL
12B2101X-RAY DIFFRACTION8.394TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3018-2.38410.23541200.2012114223472
2.3841-2.47950.21481100.20792406251681
2.4795-2.59230.24431470.21112533268087
2.5923-2.72880.23061320.21812700283291
2.7288-2.89970.26371620.21672856301896
2.8997-3.12340.23781540.20632891304598
3.1234-3.43730.21771610.18042969313099
3.4373-3.93370.20961570.167329973154100
3.9337-4.95240.16711460.134930233169100
4.9524-29.95690.1441790.14713101328097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4951-4.7109-4.69829.31135.03356.72110.06121.1740.0521-0.5896-0.6379-0.1364-0.2158-0.41390.48810.2561-0.07170.01160.46050.09870.2875-4.876542.9947-28.1191
22.76881.47960.96622.25571.28893.6562-0.0395-0.19820.39470.1344-0.09760.1373-0.1703-0.10350.13520.16070.0264-0.03180.18790.00620.2613-25.21539.0956-14.5919
32.83260.00391.77024.174-0.38082.56670.380.4694-0.1417-0.7095-0.0189-0.4191-0.00850.6874-0.20580.17920.039-0.01840.3257-0.06190.2517-20.384225.8758-30.1755
42.26470.34140.68431.01220.57581.8253-0.05460.14670.2205-0.1732-0.01650.0809-0.0737-0.0270.07260.13950.0142-0.00830.1610.02020.1744-18.934535.9697-21.5815
55.35380.987-0.45756.2694-1.11515.22850.0987-0.0485-0.33540.1447-0.0677-0.39150.16940.28340.03190.14880.0087-0.01250.158-0.03590.1585-7.542332.0833-1.4788
63.45120.9704-0.43277.7716-1.33813.89330.0929-0.24280.01280.285-0.0480.07630.1972-0.2113-0.08980.1066-0.0201-0.04650.1975-0.0130.1222-20.277230.8433-7.5675
75.8648-2.7085-5.00016.68776.38298.8137-0.02880.2315-0.1572-0.1974-0.23390.07440.2968-0.12310.14780.24280.0331-0.03980.23080.02790.1773-24.180221.4813-25.7782
86.713-4.4375-2.8166.50910.33028.28870.18740.7677-0.6364-0.4557-0.00641.37550.3334-1.3858-0.1380.334-0.0772-0.11510.4920.04430.6326-35.1029-19.761-25.009
91.34830.70481.23517.1089-3.75954.1942-0.008-0.0072-0.29530.0791-0.0916-0.22040.19420.25120.12390.2180.0129-0.04430.2026-0.04470.1757-12.3224-14.3722-30.1307
103.38480.1401-1.28375.8540.38955.8919-0.198-0.13860.3442-0.08410.1181.3316-0.3069-1.18420.14760.2860.0793-0.08290.46240.00340.4796-25.17411.3166-32.0298
111.06360.0591-0.68412.2336-1.46673.97030.00190.27720.0323-0.04810.17940.28520.0109-0.4115-0.24810.33540.0176-0.09880.1937-0.00080.276-22.2547-6.4245-33.8418
121.34490.4807-0.41891.9757-0.68650.95680.0446-0.16920.00960.4818-0.0544-0.0484-0.04560.0439-0.00520.39050.0297-0.10250.21020.02450.269-15.1573-12.9369-18.1597
135.3676-4.99476.59444.9158-6.30068.2249-0.443-0.26970.48970.5150.2786-0.2067-0.8074-0.53990.26870.430.066-0.09010.2403-0.00990.3143-18.93895.3423-31.03
148.0858-2.8674-4.38113.06760.85434.0285-0.25610.0398-0.22170.13960.0313-0.5732-0.10160.59630.19870.1496-0.01180.0030.3404-0.04510.3189-0.09627.547-20.0759
153.0645-1.94331.64082.9567-4.06376.26780.3899-0.0545-0.5219-0.8623-0.26850.47990.91330.1904-0.07260.382-0.0026-0.09190.2364-0.00340.3293-11.494115.451-23.471
166.3186-1.70270.87094.88661.71953.8165-0.5032-0.6045-0.3813-0.11410.29110.89850.6584-0.90170.16840.4758-0.101-0.0330.50150.1370.5209-21.34894.9439-11.5276
176.8941-4.7118-1.94548.87922.9711.629-0.2739-0.51170.1158-0.8954-0.13291.1258-0.33780.67620.27060.6196-0.0216-0.13380.29030.02110.431-26.2843-1.1585-19.0714
185.4085-3.5881-4.12965.77041.11654.31480.1368-0.69290.002-0.63330.10660.0856-0.0690.1452-0.18890.4772-0.067-0.0550.2534-0.01620.29-17.512414.3366-12.316
196.37893.1413-4.2058.1153-4.11246.7884-0.0747-0.1023-0.21540.1045-0.1566-0.78450.42920.8110.05220.2524-0.00660.00710.3959-0.02730.4606-2.613220.0297-22.8801
202.199-2.3129-0.91163.14150.10335.834-0.20870.42221.4367-0.3485-0.0796-0.2407-0.6202-0.80560.32440.2180.04160.0510.53170.02270.70365.004633.177-26.9641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 23 )A2 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 46 )A24 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 47 through 62 )A47 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 63 through 157 )A63 - 157
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 158 through 191 )A158 - 191
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 192 through 227 )A192 - 227
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 228 through 245 )A228 - 245
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 5 through 23 )B5 - 23
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 24 through 46 )B24 - 46
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 47 through 62 )B47 - 62
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 63 through 105 )B63 - 105
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 106 through 227 )B106 - 227
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 228 through 245 )B228 - 245
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 6 )C1 - 6
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 7 through 11 )C7 - 11
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 12 through 17 )C12 - 17
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 4 through 9 )D4 - 9
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 10 through 14 )D10 - 14
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 15 through 19 )D15 - 19
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 20 through 23 )D20 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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