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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ozg | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (E89Q) in complex with a 12mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine | |||||||||
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![]() | HYDROLASE / Nucleic acid hydrolysis / RNA recognition / metal ion dependent catalysis / DNA damage / adenosine deamination | |||||||||
機能・相同性 | ![]() deoxyribonuclease V / deoxyribonuclease V activity / RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / single-stranded RNA binding / DNA repair / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Samara, N.L. / Yang, W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Evolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase. 著者: Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 224.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ozeC ![]() 6ozfC ![]() 6ozhC ![]() 6oziC ![]() 6ozjC ![]() 6ozkC ![]() 6ozlC ![]() 6ozmC ![]() 6oznC ![]() 6ozoC ![]() 6ozpC ![]() 6ozqC ![]() 6ozrC ![]() 6ozsC ![]() 2w35S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 25487.781 Da / 分子数: 2 / 変異: E89Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: nfi, TM_1865 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 3500.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 4種, 181分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.4, 15% w/v PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月25日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.93→33.14 Å / Num. obs: 42382 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 32.53 Å2 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 42382 | |||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2W35 解像度: 1.93→33.14 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.14
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 149.89 Å2 / Biso mean: 51.4769 Å2 / Biso min: 20.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.93→33.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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