+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oyv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of an ancestral-reconstructed cytochrome P450 1B1 with estradiol | ||||||
![]() | Cytochrome P450 1B1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CYP1B1 / ancestral reconstruction / mammalian | ||||||
機能・相同性 | Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ESTRADIOL / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bart, A.G. / Scott, E.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of an ancestral mammalian family 1B1 cytochrome P450 with increased thermostability. 著者: Bart, A.G. / Harris, K.L. / Gillam, E.M.J. / Scott, E.E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 347.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 285.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55349.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.94 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1 M sodium citrate tribasic, 0.1 M tris/HCl pH 7.0, 0.2 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→38.27 Å / Num. obs: 22678 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 106.18 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4085 / CC1/2: 0.688 / Rpim(I) all: 0.883 / % possible all: 97.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6OYU 解像度: 3.101→38.269 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.49
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.101→38.269 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|