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- PDB-6os6: Crystal structure of CymD prenyltransferase complexed with L-tryp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6os6
タイトルCrystal structure of CymD prenyltransferase complexed with L-tryptophan and DMSPP
要素CymD prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase / tryptophan / indole / biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / alkaloid metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / TRYPTOPHAN / Dimethylallyltryptophan synthase CymD
類似検索 - 構成要素
生物種Salinispora arenicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Roose, B.W. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Tryptophan Reverse N-Prenylation Catalyzed by CymD.
著者: Roose, B.W. / Christianson, D.W.
履歴
登録2019年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年10月2日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CymD prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8197
ポリマ－41,0641
非ポリマー7556
水7,404411
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.446, 129.446, 49.777
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CymD prenyltransferase


分子量: 41064.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salinispora arenicola (strain CNS-205) (バクテリア)
株: CNS-205 / 遺伝子: Sare_4565 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8M6W6

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非ポリマー , 6種, 417分子

#2: 化合物 ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル


分子量: 262.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1% (w/v) tryptone, 0.05 M HEPES-Na (pH 7.0), 12% PEG 3350
PH範囲: 7.0 - 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→29.12 Å / Num. obs: 95021 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 13.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 708407
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.33-1.3670.6854765368120.8060.2750.7392.397.3
5.94-29.127.30.041819011230.9980.0160.04444.299.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Author used SWISS-MODEL server to generate a phasing model based on the protein sequence. SWISS-MODEL produced a phasing model based on PDB Entry 5JXM. Author used the polyALA ...開始モデル: Author used SWISS-MODEL server to generate a phasing model based on the protein sequence. SWISS-MODEL produced a phasing model based on PDB Entry 5JXM. Author used the polyALA version of the model for phasing.

5jxm


解像度: 1.33→29.118 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1809 1993 2.1 %
Rwork0.1662 --
obs0.1665 95019 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.86 Å2 / Biso mean: 18.9029 Å2 / Biso min: 8.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→29.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2772 0 66 411 3249
Biso mean--15.9 31.36 -
残基数----362
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3277-1.36090.25011390.2176460659997
1.3609-1.39770.22221430.202366046747100
1.3977-1.43880.2141420.187966226764100
1.4388-1.48520.20311410.178866326773100
1.4852-1.53830.19661420.167366156757100
1.5383-1.59990.16561430.160166276770100
1.5999-1.67270.18141420.159266266768100
1.6727-1.76090.17081450.156166576802100
1.7609-1.87120.16971410.157866286769100
1.8712-2.01560.16911410.162266576798100
2.0156-2.21840.17841400.159166676807100
2.2184-2.53920.18591450.164166736818100
2.5392-3.19850.16531430.172367186861100
3.1985-29.12530.1831460.162868406986100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7804-4.5705-3.57046.06024.69974.3018-0.1918-0.2589-0.15970.30480.08040.16770.1884-0.00040.10760.1477-0.00010.01840.12620.03120.12939.6147-1.94634.5718
21.1394-0.00170.03881.23170.43691.35880.013-0.0726-0.02330.0496-0.02140.06560.0279-0.09060.01340.09330.00180.00790.07880.00670.102337.82442.28124.612
34.60140.3389-0.63545.211-0.83182.69360.117-0.02760.0429-0.13110.01010.4058-0.0728-0.2767-0.1080.0862-0.0158-0.03420.1341-0.01210.11625.52336.770614.3803
42.3622-0.2425-2.43441.3202-0.03325.9350.044-0.02620.00330.0042-0.0090.0968-0.1161-0.2066-0.01890.08630.0108-0.0050.0889-0.00050.092933.19029.338419.0601
54.1296-4.8535-0.5726.5742-0.11642.08180.09040.13640.0259-0.2917-0.119-0.0931-0.03860.01950.02840.15630.0189-0.00380.08480.00440.074434.99118.75845.1603
60.6583-0.12950.43021.23280.36570.83260.02360.05410.1164-0.0585-0.0327-0.0531-0.16050.04090.02920.16410.03060.01570.13020.00870.135437.849325.913216.8996
71.2987-0.83311.03331.3939-0.08041.87110.0015-0.11490.1429-0.0573-0.0202-0.1216-0.1521-0.0247-0.01070.1471-0.00140.02340.12350.00410.140143.754427.139824.6648
80.589-0.14630.1340.8930.09230.9329-0.0234-0.06190.02570.05130.0143-0.0599-0.01240.0310.00610.090.00990.00130.1055-0.00380.107648.177314.497331.3817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 25 )A2 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 92 )A26 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 120 )A93 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 121 through 150 )A121 - 150
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 151 through 170 )A151 - 170
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 171 through 231 )A171 - 231
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 232 through 270 )A232 - 270
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 271 through 363 )A271 - 363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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