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- PDB-6os5: Crystal structure of CymD prenyltransferase complexed with L-tryp... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6os5 | ||||||
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Title | Crystal structure of CymD prenyltransferase complexed with L-tryptophan | ||||||
![]() | CymD prenyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / prenyltransferase / tryptophan / indole / biosynthesis | ||||||
Function / homology | ![]() transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / alkaloid metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Roose, B.W. / Christianson, D.W. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis of Tryptophan Reverse N-Prenylation Catalyzed by CymD. Authors: Roose, B.W. / Christianson, D.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 420.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 342.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 46.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 69.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6os3C ![]() 6os6SC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 41064.328 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: CNS-205 / Gene: Sare_4565 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 911 molecules ![](data/chem/img/TRP.gif)
![](data/chem/img/BEZ.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BEZ.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-BEZ / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-IMD / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: (0.04 M citric acid, 0.06 M bis-tris propane (pH 6.4)), 20% PEG 3350 PH range: 6.4-7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 22, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.66→86.33 Å / Num. obs: 123383 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 14.81 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 681939 / Scaling rejects: 2968 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB Entry 6OS6 Resolution: 1.66→42.665 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.09
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.19 Å2 / Biso mean: 19.5817 Å2 / Biso min: 6.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.66→42.665 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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