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- PDB-3hfq: Crystal structure of the lp_2219 protein from Lactobacillus plant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hfq
タイトルCrystal structure of the lp_2219 protein from Lactobacillus plantarum. Northeast Structural Genomics Consortium Target LpR118.
要素uncharacterized protein lp_2219
キーワードstructural genomics / unknown function / Q88V64_LACPL / Lp_2219 / NESG / LpR118 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphogluconolactonase / 6-phosphogluconolactonase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Lactonase, 7-bladed beta propeller / Lactonase, 7-bladed beta-propeller / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 6-phosphogluconolactonase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.963 Å
データ登録者Vorobiev, S.M. / Scott, L. / Schauder, C. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S.M. / Scott, L. / Schauder, C. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the lp_2219 protein from Lactobacillus plantarum.
著者: Vorobiev, S.M. / Scott, L. / Schauder, C. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein lp_2219
B: uncharacterized protein lp_2219
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8194
ポリマ－75,6292
非ポリマー1902
水7,134396
1
A: uncharacterized protein lp_2219
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9092
ポリマ－37,8141
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: uncharacterized protein lp_2219
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9092
ポリマ－37,8141
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.543, 54.029, 79.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein lp_2219


分子量: 37814.328 Da / 分子数: 2 / 変異: A218T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
株: ATCC BAA-793/NCIMB 8826/WCFS1 / 遺伝子: lp_2219 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q88V64, UniProt: F9UQE3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under oil
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium phosphate, Microbatch under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97860, 0.97917, 0.91837
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
20.979171
30.918371
反射解像度: 1.963→500 Å / Num. all: 90354 / Num. obs: 87372 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 13.6 / Num. unique all: 9008 / % possible all: 90.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXDE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.963→31.447 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 4393 5.03 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.17 87331 96.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.721 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.963→31.447 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5178 0 10 396 5584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.343
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0057-0.0030.00190.00420.01680.00770.0364-0.0221-0.0111-0.0166-0.03690.02480.00320.02590-0.00630.00280.0017-0.0072-0.00430.01048.584223.770441.1257
20.00450.00210.00020.0044-0.00480.00780.0260.0105-0.00610.0082-0.0119-0.02130.0082-0.0357-00.0087-0.00460.00330.011-0-0.0005-18.764124.9676-3.0797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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