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万見
- PDB-6rgu: Photorhabdus asymbiotica lectin PHL in complex with 3-O-methyl-D-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rgu
タイトルPhotorhabdus asymbiotica lectin PHL in complex with 3-O-methyl-D-glucose
要素Lectin PHL
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / Photorhabdus / 3-O-methyl-d-glucose / 3OMG / beta-propeller
機能・相同性Repeat of unknown function (DUF346) / metal ion binding / 3-O-methyl-beta-D-glucopyranose / Bulb-type lectin domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus asymbiotica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Houser, J. / Fujdiarova, E. / Jancarikova, G. / Wimmerova, M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Heptabladed beta-propeller lectins PLL2 and PHL from Photorhabdus spp. recognize O-methylated sugars and influence the host immune system.
著者: Fujdiarova, E. / Houser, J. / Dobes, P. / Paulikova, G. / Kondakov, N. / Kononov, L. / Hyrsl, P. / Wimmerova, M.
履歴
登録2019年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22021年2月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin PHL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,01317
ポリマ－40,2131
非ポリマー1,80016
水5,080282
1
A: Lectin PHL
ヘテロ分子

A: Lectin PHL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,02634
ポリマ－80,4262
非ポリマー3,59932
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area10070 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area22700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.828, 80.828, 113.243
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-416-

NA

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要素

#1: タンパク質 Lectin PHL


分子量: 40213.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus asymbiotica (バクテリア)
遺伝子: PAU_00698 / プラスミド: pET25-b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: C7BLE4
#2: 糖
ChemComp-3MG / 3-O-methyl-beta-D-glucopyranose / 3-O-methyl-beta-D-glucose / 3-O-methyl-D-glucose / 3-O-methyl-glucose / 3-O-メチル-β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DGlcp[3Me]bCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
3-methyl-b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 4M NaCl, 100mM Hepes, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→44.02 Å / Num. obs: 43779 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 26.515 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 1.207 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6310 / CC1/2: 0.693 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.6.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MXE

5mxe


解像度: 1.75→40.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.386 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 2206 5 %RANDOM
Rwork0.16871 ---
obs0.17015 41534 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.942 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20.17 Å20 Å2
2--0.34 Å2-0 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→40.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2661 0 112 282 3055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0132900
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.41.6654004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.331.625777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.45362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.81822.254142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.15515388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.0721516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4352.7791397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4342.7781396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0464.1631749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0454.1641750
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8142.9741502
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8142.9751503
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6564.4122246
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.89833.4053415
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.75333.0713366
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 167 -
Rwork0.273 3026 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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