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- PDB-6rfz: Photorhabdus laumondii lectin PLL2 in complex with D-glucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rfz
タイトルPhotorhabdus laumondii lectin PLL2 in complex with D-glucose
要素lectin PLL2 from Photorhabdus laumondii
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / Photorhabdus / glucose / beta-propeller
機能・相同性Protein of unknown function DUF346 / Repeat of unknown function (DUF346) / ACETATE ION / beta-D-glucopyranose / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Houser, J. / Fujdiarova, E. / Wimmerova, M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Heptabladed beta-propeller lectins PLL2 and PHL from Photorhabdus spp. recognize O-methylated sugars and influence the host immune system.
著者: Fujdiarova, E. / Houser, J. / Dobes, P. / Paulikova, G. / Kondakov, N. / Kononov, L. / Hyrsl, P. / Wimmerova, M.
履歴
登録2019年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22021年2月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lectin PLL2 from Photorhabdus laumondii
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,31113
ポリマ－40,1511
非ポリマー1,16012
水6,503361
1
A: lectin PLL2 from Photorhabdus laumondii
ヘテロ分子

A: lectin PLL2 from Photorhabdus laumondii
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,62226
ポリマ－80,3022
非ポリマー2,32024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area22650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.498, 71.099, 86.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-737-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 A

#1: タンパク質 lectin PLL2 from Photorhabdus laumondii


分子量: 40150.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
遺伝子: plu0734 / プラスミド: pET25-b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: Q7N8I8
#3: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 369分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 8% PEG 4000, 150 mM sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.39 Å / Num. obs: 35262 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.025 Å2 / CC1/2: 0.903 / Rmerge(I) obs: 0.288 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.045 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5132 / CC1/2: 0.452 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.6.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→45.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23497 1672 4.8 %RANDOM
Rwork0.21037 ---
obs0.21156 33419 98.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.456 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å2-0 Å21.05 Å2
2---0.81 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2616 0 77 361 3054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0132805
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0370.0172404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1921.643856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3881.5895556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7465347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4522.536138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.00815367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.0931514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02621
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3851.5711385
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3831.5651378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6522.3471723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.6522.3481724
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3691.6291420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.3691.6311421
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.6062.4312132
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.40319.5693363
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.05218.9073276
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 119 -
Rwork0.271 2473 -
obs--98.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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