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- PDB-5jxm: Crystal Structure of Prenyltransferase PriB Apo Form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jxm
タイトルCrystal Structure of Prenyltransferase PriB Apo Form
要素PriB
キーワードTRANSFERASE / Prenyltransferase / indole-PT / ABBA family / PT fold / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / alkaloid metabolic process / Prenyltransferase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. RM-5-8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Cao, H. / Elshahawi, S. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Koss, J.W. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01GM098248 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA203257 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37AI52188 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1TR000117 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structure and specificity of a permissive bacterial C-prenyltransferase.
著者: Elshahawi, S.I. / Cao, H. / Shaaban, K.A. / Ponomareva, L.V. / Subramanian, T. / Farman, M.L. / Spielmann, H.P. / Phillips, G.N. / Thorson, J.S. / Singh, S.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22017年2月22日Group: Database references
改定 1.32017年3月29日Group: Database references
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PriB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5473
ポリマ－43,4011
非ポリマー1462
水10,989610
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.526, 83.723, 41.527
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.270, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-731-

HOH

21A-911-

HOH

31A-1098-

HOH

41A-1195-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PriB


分子量: 43400.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. RM-5-8 (バクテリア)
株: rm-5-8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A182DWE5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PriB was crystallized by sitting drop vapor diffusion method by 1:1 v/v mixing of 10 mg/mL PriB solution in the presence of 1 mM L-Tryptophan and 1 mM daptomycin with reservoir solution ...詳細: PriB was crystallized by sitting drop vapor diffusion method by 1:1 v/v mixing of 10 mg/mL PriB solution in the presence of 1 mM L-Tryptophan and 1 mM daptomycin with reservoir solution containing 0.1 M Tris pH 8.5, 20% w/v PEG 3350, 0.1 M MgCl2. The mixed drops of 0.4-1 uL were equilibrated over a reservoir solution of 50 uL and incubated at 20oC in the dark. The iodine derivative was prepared by 1:3 v/v soaking a solution of 0.5 M sodium iodide, 0.05 M Tris pH 8.5, 10% w/v PEG 3350, 0.05 M MgCl2 into PriB crystals

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→49.691 Å / Num. obs: 131276 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.88 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 8.15
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.08-1.152.6020.32151.9
1.15-1.231.5130.75190.3
1.23-1.320.8731.51199.7
1.32-1.450.4572.86199.8
1.45-1.620.215.99199.8
1.62-1.870.10111.55199.8
1.87-2.290.05819.54199.7
2.29-3.240.04327.24199.7
3.24-49.6910.03832.1198.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5INJ

5inj


解像度: 1.15→27.555 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.42
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 3647 1.69 %Random selection
Rwork0.1786 216176 --
obs0.1792 117867 90.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.72 Å2 / Biso mean: 23.4948 Å2 / Biso min: 5.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→27.555 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2691 0 21 610 3322
Biso mean--19.26 34.38 -
残基数----356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0183015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5164148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6681134
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.15-1.16510.4172860.43265193527958
1.1651-1.18110.42811130.43786409652271
1.1811-1.1980.44661240.40457400752483
1.198-1.21590.40621330.38617867800088
1.2159-1.23490.33941390.34628115825490
1.2349-1.25510.38581380.34588153829190
1.2551-1.27670.31561420.32678068821090
1.2767-1.30.35051420.30888273841591
1.3-1.3250.29161360.29858046818291
1.325-1.3520.33281450.28528269841491
1.352-1.38140.28071430.26928314845792
1.3814-1.41350.28661420.26378193833592
1.4135-1.44890.28111520.26198358851093
1.4489-1.48810.27181450.24028330847593
1.4881-1.53180.21111440.20768432857693
1.5318-1.58130.21791430.19828381852494
1.5813-1.63780.21131400.18668472861294
1.6378-1.70330.19541450.17448495864095
1.7033-1.78090.20391470.17588543869095
1.7809-1.87470.19021480.16958599874795
1.8747-1.99220.19751450.16198657880296
1.9922-2.14590.16711480.15348702885097
2.1459-2.36180.19981530.14728706885997
2.3618-2.70330.20231510.14738839899098
2.7033-3.40480.16091560.13838880903699
3.4048-27.5630.18521470.1368835898298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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