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Yorodumi- PDB-6zej: Structure of PP1-Phactr1 chimera [PP1(7-304) + linker (SGSGS) + P... -
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6zej | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of PP1-Phactr1 chimera [PP1(7-304) + linker (SGSGS) + Phactr1(526-580)] | ||||||
Components | Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit,Phosphatase and actin regulator | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PP1 / Phosphatase / Phactr / RPEL | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of glycogen catabolic process / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / PTW/PP1 phosphatase complex / protein phosphatase type 1 complex / glycogen granule / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / protein phosphatase 1 binding / regulation of translational initiation in response to stress ...regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / PTW/PP1 phosphatase complex / protein phosphatase type 1 complex / glycogen granule / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / protein phosphatase 1 binding / regulation of translational initiation in response to stress / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / dephosphorylation / regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / branching morphogenesis of an epithelial tube / entrainment of circadian clock by photoperiod / Triglyceride catabolism / Maturation of hRSV A proteins / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / telomere maintenance in response to DNA damage / phosphoprotein phosphatase activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transition metal ion binding / DARPP-32 events / positive regulation of glycogen biosynthetic process / ribonucleoprotein complex binding / protein dephosphorylation / lung development / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / adherens junction / circadian regulation of gene expression / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of circadian rhythm / response to lead ion / : / presynapse / actin binding / perikaryon / dendritic spine / protein stabilization / iron ion binding / cell division / synapse / nucleolus / glutamatergic synapse / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Mouilleron, S. / Treisman, R. / Fedoryshchak, R. / Lee, R. / Butler, A.M. / Prechova, M. | ||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2020Title: Molecular basis for substrate specificity of the Phactr1/PP1 phosphatase holoenzyme. Authors: Fedoryshchak, R.O. / Prechova, M. / Butler, A. / Lee, R. / O'Reilly, N. / Flynn, H.R. / Snijders, A.P. / Eder, N. / Ultanir, S. / Mouilleron, S. / Treisman, R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 6zej.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6zej.ent.gz | 1013.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6zej.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6zej_validation.pdf.gz | 499.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6zej_full_validation.pdf.gz | 512.2 KB | Display | |
| Data in XML | 6zej_validation.xml.gz | 75.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 6zej_validation.cif.gz | 107.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6zej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6zej | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6zeeC ![]() 6zefC ![]() 6zegC ![]() 6zehC ![]() 6zeiC ![]() 4movS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 41499.309 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: N-terminal Vector derived sequence GHMGS Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PPP1CA, PPP1A, PHACTR1, hCG_1818446 / Production host: ![]() References: UniProt: P62136, UniProt: Q4VY12, protein-serine/threonine phosphatase #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.23 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.4 / Details: 20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.911 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 29, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.911 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.78→68.68 Å / Num. obs: 241814 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 26.42 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 12.9 |
| Reflection shell | Resolution: 1.78→1.84 Å / Redundancy: 21 % / Rmerge(I) obs: 3.18 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 24087 / CC1/2: 0.54 / Rpim(I) all: 0.7 / Rrim(I) all: 3.26 / % possible all: 99.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4MOV Resolution: 1.78→68.68 Å / SU ML: 0.2931 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.8105 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 41.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→68.68 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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