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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zee | ||||||
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Title | Structure of PP1(7-300) bound to Phactr1 (507-580) at pH8.4 | ||||||
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![]() | HYDROLASE / PP1 / Phosphatase / Phactr / RPEL | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / dendrite arborization / regulation of glycogen biosynthetic process / regulation of neuron migration / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / actomyosin structure organization ...regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / dendrite arborization / regulation of glycogen biosynthetic process / regulation of neuron migration / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / actomyosin structure organization / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / stress fiber assembly / Triglyceride catabolism / Maturation of hRSV A proteins / entrainment of circadian clock by photoperiod / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / DARPP-32 events / ribonucleoprotein complex binding / dephosphorylation / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / cell motility / adherens junction / response to lead ion / lung development / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / cerebral cortex development / Circadian Clock / presynapse / actin binding / actin cytoskeleton organization / perikaryon / dendritic spine / cell cycle / cell division / glutamatergic synapse / synapse / nucleolus / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mouilleron, S. / Treisman, R. / Fedoryshchak, R. / Lee, R. / Butler, A.M. / Prechova, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular basis for substrate specificity of the Phactr1/PP1 phosphatase holoenzyme. Authors: Fedoryshchak, R.O. / Prechova, M. / Butler, A. / Lee, R. / O'Reilly, N. / Flynn, H.R. / Snijders, A.P. / Eder, N. / Ultanir, S. / Mouilleron, S. / Treisman, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 844.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 82.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 114.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6zefC ![]() 6zegC ![]() 6zehC ![]() 6zeiC ![]() 6zejC ![]() 4movS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 12 molecules PQBAIKWXDCUV
#1: Protein | Mass: 34162.148 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: N-terminal Vector derived sequence GHMGS Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase #2: Protein | Mass: 9212.388 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: N-terminal Vector derived sequence GPLGS Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 827 molecules ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/16P.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/16P.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Chemical | ChemComp-16P / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.4 / Details: 7.5% PEG 3350, 0.2M MgSO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 23, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→238.79 Å / Num. obs: 2420639 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 31.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 7.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 10 % / Rmerge(I) obs: 2.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 200842 / CC1/2: 0.704 / Rpim(I) all: 0.75 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4MOV Resolution: 1.9→119.25 Å / SU ML: 0.2762 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.5392 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→119.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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