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- PDB-6ort: Crystal Structure of Bos taurus Mxra8 Ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ort
タイトルCrystal Structure of Bos taurus Mxra8 Ectodomain
要素Matrix remodeling-associated protein 8
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Receptor / Chikungunya virus / Cow / Bovine / Alphavirus / Moo insertion / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary membrane / bicellular tight junction / cell differentiation / cell adhesion / cell surface / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Matrix remodeling-associated protein 8 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix remodeling-associated protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fremont, D.H. / Kim, A.S. / Nelson, C.A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: An Evolutionary Insertion in the Mxra8 Receptor-Binding Site Confers Resistance to Alphavirus Infection and Pathogenesis.
著者: Kim, A.S. / Zimmerman, O. / Fox, J.M. / Nelson, C.A. / Basore, K. / Zhang, R. / Durnell, L. / Desai, C. / Bullock, C. / Deem, S.L. / Oppenheimer, J. / Shapiro, B. / Wang, T. / Cherry, S. / ...著者: Kim, A.S. / Zimmerman, O. / Fox, J.M. / Nelson, C.A. / Basore, K. / Zhang, R. / Durnell, L. / Desai, C. / Bullock, C. / Deem, S.L. / Oppenheimer, J. / Shapiro, B. / Wang, T. / Cherry, S. / Coyne, C.B. / Handley, S.A. / Landis, M.J. / Fremont, D.H. / Diamond, M.S.
履歴
登録2019年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix remodeling-associated protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7125
ポリマ－32,3671
非ポリマー3454
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area610 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.530, 77.530, 242.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-513-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Matrix remodeling-associated protein 8 / Limitrin


分子量: 32366.984 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-309 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: MXRA8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q148M6
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M HEPES, pH 8.0, 6% w/v PEG6000, 1.0 M lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CMOS / 日付: 2019年4月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.47 Å / Num. obs: 20081 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 71.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 49.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 76.6 % / Rmerge(I) obs: 2.234 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1939 / CC1/2: 0.93 / Rrim(I) all: 2.248 / Χ2: 0.94 / % possible all: 99.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDS20180126データ削減
Aimless0.5.26データスケーリング
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6NK3

6nk3


解像度: 2.3→44.981 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1004 5 %
Rwork0.218 19075 -
obs0.2193 20079 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.82 Å2 / Biso mean: 50.9892 Å2 / Biso min: 21.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→44.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 18 117 2364
Biso mean--61.11 49.77 -
残基数----277
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3001-2.42140.30681420.26492650100
2.4214-2.57310.35381360.27272648100
2.5731-2.77170.33561440.26382677100
2.7717-3.05060.26191380.24912666100
3.0506-3.49190.24471450.20882719100
3.4919-4.39880.191440.18732753100
4.3988-44.9810.22431550.20922962100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.43311.1606-2.72334.6977-0.10116.79410.2427-0.02880.35220.0970.1320.5542-1.4663-0.2147-0.37550.7087-0.26070.04690.3069-0.0310.440413.129734.427144.7153
2-0.02881.12451.6919-0.28562.6496.0880.2966-0.29640.15330.3196-0.3016-0.047-0.3711-0.6933-0.06590.71930.046-0.04910.3266-0.01260.41310.833521.6962126.5351
30.32510.4961-0.12260.8708-0.43420.66570.57530.37150.7721-0.4774-0.0270.2275-1.24570.0018-0.23940.9034-0.0865-0.03290.19110.50591.334810.502732.690397.5709
44.59741.6866-2.75373.4543-1.79727.04290.00170.12750.3990.0099-0.1935-0.4426-0.7621-0.34690.09510.53760.1917-0.13680.4189-0.02930.35422.288919.1191106.5448
52.5841-0.57360.13352.3970.65854.51470.099-1.08010.12780.208-0.3567-0.295-0.0643-0.18370.3310.50880.04780.06450.40330.16590.434-11.30236.7345114.6523
62.0155-0.8381-0.49111.63141.21445.44660.11660.00150.26260.0627-0.0387-0.2946-0.53140.3404-0.08860.3729-0.0057-0.0850.1652-0.0030.411311.605316.3986107.2543
73.9660.07820.69486.44560.40644.76670.1674-0.48030.11840.4984-0.0081-0.2126-0.3691-0.0082-0.16280.447-0.1372-0.00750.26720.04830.24628.601321.7862150.8139
86.4755.24775.51758.0635.79178.5759-0.01110.186-0.0378-0.26580.0894-0.1921-0.48150.41030.02450.4582-0.155-0.02080.2040.04950.27813.342423.4858142.2922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 49 )A33 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 78 )A50 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 79 through 85 )A79 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 94 )A86 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 95 through 112 )A95 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 113 through 219 )A113 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 220 through 283 )A220 - 283
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 284 through 309 )A284 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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