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- PDB-6om2: Crystal structure of atypical integrin alphaV beta8 with proTGF-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6om2
タイトルCrystal structure of atypical integrin alphaV beta8 with proTGF-beta1 ligand peptide
要素
  • Integrin alpha-V
  • Integrin beta-8
  • proTGF-beta1 RGD peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Integrin / TGF-beta activation
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside metabolic process / cellular response to acetaldehyde / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / Influenza Virus Induced Apoptosis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis ...ganglioside metabolic process / cellular response to acetaldehyde / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / Influenza Virus Induced Apoptosis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / macrophage derived foam cell differentiation / frontal suture morphogenesis / regulation of enamel mineralization / regulation of cartilage development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulation of striated muscle tissue development / regulatory T cell differentiation / tolerance induction to self antigen / regulation of blood vessel remodeling / regulation of protein import into nucleus / embryonic liver development / extracellular matrix assembly / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / hard palate development / odontoblast differentiation / positive regulation of odontogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / Langerhans cell differentiation / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / positive regulation of exit from mitosis / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / extracellular matrix protein binding / opsonin binding / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / membrane protein intracellular domain proteolysis / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / heart valve morphogenesis / retina vasculature development in camera-type eye / integrin alphav-beta1 complex / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / mammary gland branching involved in thelarche / bronchiole development / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / hyaluronan catabolic process / positive regulation of vasculature development / response to laminar fluid shear stress / lens fiber cell differentiation / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of extracellular matrix disassembly / ATP biosynthetic process / placenta blood vessel development / Laminin interactions / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / receptor catabolic process / type II transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / oligodendrocyte development / negative regulation of lipoprotein metabolic process / integrin alphav-beta3 complex / type I transforming growth factor beta receptor binding / response to salt / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / germ cell migration / negative regulation of biomineral tissue development / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / positive regulation of mononuclear cell migration / endoderm development / phospholipid homeostasis / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of lipid transport / cell-cell junction organization / response to vitamin D / regulation of phagocytosis / : / response to cholesterol / positive regulation of vascular permeability / Elastic fibre formation / negative regulation of interleukin-17 production / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / surfactant homeostasis / deubiquitinase activator activity / transforming growth factor beta binding / phosphate-containing compound metabolic process
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Integrin domains. Chain A, domain 2 / Transforming growth factor-beta / Integrin alpha, N-terminal / Teneurin-like EGF domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / Integrin domains. Chain A, domain 2 / Transforming growth factor-beta / Integrin alpha, N-terminal / Teneurin-like EGF domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / Cystine-knot cytokine / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Transforming growth factor beta-1 proprotein / Integrin alpha-V / Integrin beta-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Wang, J.C. / Springer, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)NIH grant AR-067288 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: General structural features that regulate integrin affinity revealed by atypical alpha V beta 8.
著者: Wang, J. / Su, Y. / Iacob, R.E. / Engen, J.R. / Springer, T.A.
履歴
登録2019年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-8
C: Integrin alpha-V
D: Integrin beta-8
E: proTGF-beta1 RGD peptide
F: proTGF-beta1 RGD peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,12537
ポリマ－226,8306
非ポリマー11,29531
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25420 Å2
ΔGint95 kcal/mol
Surface area83380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.190, 53.850, 176.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Integrin alpha-V / Vitronectin receptor / Vitronectin receptor subunit alpha


分子量: 65625.562 Da / 分子数: 2 / 変異: M400GC / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAV, MSK8, VNRA, VTNR / プラスミド: pcDNA3.1 / 詳細 (発現宿主): hygromycin resistance / 細胞株 (発現宿主): 293S Gnt1 -/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293 / 参照: UniProt: P06756
#2: タンパク質 Integrin beta-8 / Integrin beta subunit


分子量: 46633.984 Da / 分子数: 2 / 変異: V259C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26012

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド proTGF-beta1 RGD peptide


分子量: 1155.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01137*PLUS

-
糖 , 7種, 16分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 218分子

#10: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#12: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#13: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#14: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.7, 12% PEG 20000 / PH範囲: 6.3-6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 297 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→47.426 Å / Num. obs: 71992 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 8.38
反射 シェル解像度: 2.77→2.84 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 1.577 / Num. unique obs: 4828 / CC1/2: 0.441 / Rrim(I) all: 2.043 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4um9

4um9


解像度: 2.77→47.426 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.23
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1883 2.62 %1
Rwork0.2514 ---
obs0.2522 71886 98.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→47.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14481 0 651 203 15335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8321058
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.519267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.84490.42031310.42494880X-RAY DIFFRACTION89
2.8449-2.92860.44471400.40065207X-RAY DIFFRACTION97
2.9286-3.02310.39281460.38425388X-RAY DIFFRACTION99
3.0231-3.13110.40671450.38155374X-RAY DIFFRACTION99
3.1311-3.25650.36331430.36335342X-RAY DIFFRACTION99
3.2565-3.40460.36391470.31565468X-RAY DIFFRACTION100
3.4046-3.58410.33891450.28865399X-RAY DIFFRACTION99
3.5841-3.80850.32371450.27175386X-RAY DIFFRACTION99
3.8085-4.10240.29331460.22935441X-RAY DIFFRACTION99
4.1024-4.5150.17211460.19435453X-RAY DIFFRACTION99
4.515-5.16760.21321470.18135442X-RAY DIFFRACTION100
5.1676-6.5080.27831480.22565527X-RAY DIFFRACTION100
6.508-47.43330.26461540.22955696X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.07861.10062.22181.85250.62632.7443-0.7770.20.8025-0.23070.15530.3403-0.6631-0.01220.33841.35740.0622-0.53220.4607-0.00460.6703-44.45265.5117-37.8779
22.27590.59320.3943.16690.89091.6117-0.42030.07790.21180.43650.0598-0.0855-0.806-0.09130.32231.60640.1623-0.50540.4948-0.08080.7849-15.710317.80883.558
32.22460.0121-1.38692.13710.51970.9646-0.0073-0.3341-0.1459-0.20330.3571-0.64770.5212-1.1886-0.111.5587-0.20650.18622.26070.26480.656-65.4996-8.68840.214
47.11411.1849-1.22293.9092-2.66592.9568-0.0782-1.30230.18340.0414-0.03410.6419-0.2248-1.14940.12510.87360.0971-0.19941.474-0.22980.7324-75.8165-5.3626-28.4741
51.8124-0.07080.45242.20750.03132.96390.26410.3435-0.1677-0.0727-0.10390.08480.50010.0495-0.14321.07120.1239-0.32420.6872-0.10960.5108-17.2808-28.5035-69.6494
62.50891.27581.9032.35320.21383.5810.42070.1101-0.42730.1439-0.0586-0.22460.47050.049-0.36331.56130.0417-0.39390.5014-0.05770.71346.5632-39.0238-23.2502
74.4718-2.0831-2.3687.1089-3.27444.24090.393-0.79360.17661.2477-0.2917-0.627-0.18271.15960.01621.092-0.3036-0.38451.55630.04281.097323.2664-4.5406-70.9798
82.95672.0264-0.70844.920.78522.53510.02170.76840.1286-0.76930.0848-0.20320.20270.2454-0.10090.99940.1321-0.04711.16770.12830.46443.1196-12.1863-92.6064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:438 )A1 - 438
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 439:595 )A439 - 595
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND ( RESID 72:98 OR RESID 345:418 ) )B72 - 98
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND ( RESID 72:98 OR RESID 345:418 ) )B345 - 418
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 104:344 )B104 - 344
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 1:438 )C1 - 438
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 439:595 )C439 - 595
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND ( RESID 70:101 OR RESID 345:421 ) )D70 - 101
9X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND ( RESID 70:101 OR RESID 345:421 ) )D345 - 421
10X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 102:344 )D102 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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