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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ty8 | ||||||
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タイトル | An Ligand-observed Mass Spectrometry-based Approach Integrated into the Fragment Based Lead Discovery Pipeline | ||||||
![]() | (Polyprotein) x 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / NS5B / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() serine-type peptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / fusion of virus membrane with host endosome membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Shui, W. / Yang, C. / Lin, J. / Chen, X. / Qin, S. / Chen, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A ligand-observed mass spectrometry approach integrated into the fragment based lead discovery pipeline 著者: Chen, X. / Qin, S. / Chen, S. / Li, J. / Li, L. / Wang, Z. / Wang, Q. / Lin, J. / Yang, C. / Shui, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 413.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 337.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 494.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 70.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 95.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62791.984 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 62736.969 Da / 分子数: 1 / Mutation: W550M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG4000, Dithiothreitol, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, Glycerin PH範囲: 5.5-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月3日 |
放射 | モノクロメーター: Cu filter / プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5415 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 66811 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 12.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.78→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 15.813 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.42 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.529 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.78→50 Å
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拘束条件 |
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