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- PDB-6okm: Human OX40R (TNFRSF4) bound to Fab 3C8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6okm
タイトルHuman OX40R (TNFRSF4) bound to Fab 3C8
要素
  • Fab 3C8 Heavy Chain
  • Fab 3C8 light chain
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / OX40 / TNFRSF4 / Fab / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of immunoglobulin production / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / virus receptor activity / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane ...tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of immunoglobulin production / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / virus receptor activity / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 4 / Tumour necrosis factor receptor 4, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Putative ephrin-receptor like / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Tumour necrosis factor receptor 4 / Tumour necrosis factor receptor 4, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Putative ephrin-receptor like / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Boenig, G. / Ultsch, M.H. / Harris, S.F.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2019
タイトル: Tetravalent biepitopic targeting enables intrinsic antibody agonism of tumor necrosis factor receptor superfamily members.
著者: Yang, Y. / Yeh, S.H. / Madireddi, S. / Matochko, W.L. / Gu, C. / Pacheco Sanchez, P. / Ultsch, M. / De Leon Boenig, G. / Harris, S.F. / Leonard, B. / Scales, S.J. / Zhu, J.W. / Christensen, E. ...著者: Yang, Y. / Yeh, S.H. / Madireddi, S. / Matochko, W.L. / Gu, C. / Pacheco Sanchez, P. / Ultsch, M. / De Leon Boenig, G. / Harris, S.F. / Leonard, B. / Scales, S.J. / Zhu, J.W. / Christensen, E. / Hang, J.Q. / Brezski, R.J. / Marsters, S. / Ashkenazi, A. / Sukumaran, S. / Chiu, H. / Cubas, R. / Kim, J.M. / Lazar, G.A.
履歴
登録2019年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab 3C8 Heavy Chain
L: Fab 3C8 light chain
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8053
ポリマ－64,8053
非ポリマー00
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.006, 117.006, 118.907
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-348-

HOH

21L-436-

HOH

31L-474-

HOH

41R-221-

HOH

51R-243-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Fab 3C8 Heavy Chain


分子量: 23606.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab 3C8 light chain


分子量: 23500.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 / ACT35 antigen / OX40L receptor / TAX transcriptionally-activated glycoprotein 1 receptor


分子量: 17697.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF4, TXGP1L
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43489
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 48817 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 44.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.775 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 611148
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.1890.69447540.8810.2360.7350.60799.3
2.18-2.2612.20.66448090.9590.1960.6930.697100
2.26-2.3713.30.53148040.9780.1510.5520.62100
2.37-2.4912.90.4248350.9790.1210.4370.627100
2.49-2.6512.50.27548340.9880.0810.2870.646100
2.65-2.8513.50.18448440.9950.0520.1910.69100
2.85-3.1413.30.11548660.9970.0330.1190.781100
3.14-3.5912.80.0749050.9990.020.0720.953100
3.59-4.5213.30.05249650.9990.0150.0540.967100
4.52-5012.30.0452010.9990.0120.0421.082100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→47.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2429 4.99 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.212 48694 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 215.85 Å2 / Biso mean: 56.37 Å2 / Biso min: 24.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.7173 Å20 Å20 Å2
2---8.7173 Å20 Å2
3---17.4347 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→47.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4075 0 0 346 4421
Biso mean---61.14 -
残基数----538
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1382SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes90HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes615HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4196HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion555SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4946SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4196HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5719HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.91
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 170 4.85 %
Rwork0.231 3336 -
all0.233 3506 -
obs--99.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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