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- PDB-6ogx: Ternary complex of OX40R (TNFRSF4) bound to Fab1 and Fab2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ogx
タイトルTernary complex of OX40R (TNFRSF4) bound to Fab1 and Fab2
要素
  • Fab 1 Heavy Chain
  • Fab1 Light Chain
  • Fab2 heavy chain
  • Fab2 light chain
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / TNFRSF4 / CD134 / OX40R / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of immunoglobulin production / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / virus receptor activity / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane ...tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of immunoglobulin production / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / virus receptor activity / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 4 / Tumour necrosis factor receptor 4, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Putative ephrin-receptor like ...Tumour necrosis factor receptor 4 / Tumour necrosis factor receptor 4, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Putative ephrin-receptor like / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Ultsch, M.H. / Boenig, G. / Harris, S.F.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2019
タイトル: Tetravalent biepitopic targeting enables intrinsic antibody agonism of tumor necrosis factor receptor superfamily members.
著者: Yang, Y. / Yeh, S.H. / Madireddi, S. / Matochko, W.L. / Gu, C. / Pacheco Sanchez, P. / Ultsch, M. / De Leon Boenig, G. / Harris, S.F. / Leonard, B. / Scales, S.J. / Zhu, J.W. / Christensen, E. ...著者: Yang, Y. / Yeh, S.H. / Madireddi, S. / Matochko, W.L. / Gu, C. / Pacheco Sanchez, P. / Ultsch, M. / De Leon Boenig, G. / Harris, S.F. / Leonard, B. / Scales, S.J. / Zhu, J.W. / Christensen, E. / Hang, J.Q. / Brezski, R.J. / Marsters, S. / Ashkenazi, A. / Sukumaran, S. / Chiu, H. / Cubas, R. / Kim, J.M. / Lazar, G.A.
履歴
登録2019年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Fab 1 Heavy Chain
D: Fab1 Light Chain
G: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
H: Fab2 heavy chain
L: Fab2 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,7646
ポリマ－112,5425
非ポリマー2211
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10740 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area43500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.765, 125.249, 197.488
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 CDHL

#1: 抗体 Fab 1 Heavy Chain


分子量: 24206.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab1 Light Chain


分子量: 23531.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Fab2 heavy chain


分子量: 23606.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 抗体 Fab2 light chain


分子量: 23500.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 245分子 G

#3: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 / ACT35 antigen / OX40L receptor / TAX transcriptionally-activated glycoprotein 1 receptor


分子量: 17697.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF4, TXGP1L
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43489
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 1.5 M D-L malic acid pH 7.0, 0.15 mM dimethylethylammonium propane sulfate (NDSB-195)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.10505 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.10505 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→49.27 Å / Num. obs: 41615 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 64.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.77-2.916.90.85345720.8230.3490.923100
9.19-49.275.90.02410370.9990.0110.02699.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.77→49.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.455 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.46 / SU Rfree Blow DPI: 0.283 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.286
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2121 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 41615 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 166.29 Å2 / Biso mean: 62.49 Å2 / Biso min: 24.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.9563 Å20 Å20 Å2
2---5.7977 Å20 Å2
3---14.7541 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.77→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7506 0 27 243 7776
Biso mean--90.12 53.05 -
残基数----987
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2553SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes165HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1125HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7722HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1029SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8676SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7722HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10529HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.71
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.68 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 147 4.88 %
Rwork0.29 2866 -
all0.293 3013 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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