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- PDB-1mkf: VIRAL CHEMOKINE BINDING PROTEIN M3 FROM MURINE GAMMAHERPESVIRUS 68 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mkf
タイトルVIRAL CHEMOKINE BINDING PROTEIN M3 FROM MURINE GAMMAHERPESVIRUS 68
要素M3
キーワードIMMUNE SYSTEM / HERPESVIRUS / VIRAL IMMUNE EVASION / CHEMOKINE BINDING PROTEIN / DECOY RECEPTOR / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #1330 / Chemokine-binding protein M3-like / Chemokine-binding M3, viral / Chemokine-binding M3, subdomain 1, viral / Chemokine-binding M3, subdomain 2, viral / Chemokine-binding M3 superfamily / M3 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Alexander, J.M. / Fremont, D.H. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: Structural Basis of Chemokine Sequestration by a Herpesvirus Decoy Receptor
著者: Alexander, J.M. / Nelson, C.A. / Van Berkel, V. / Lau, E.K. / Studts, J.M. / Brett, T.J. / Speck, S.H. / Handel, T.M. / Virgin, H.W. / Fremont, D.H.
履歴
登録2002年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M3
B: M3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6522
ポリマ－83,6522
非ポリマー00
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area31980 Å2
手法PISA
2
A: M3
B: M3

A: M3
B: M3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,3054
ポリマ－167,3054
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
Buried area9720 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area60590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.900, 67.300, 93.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 M3


分子量: 41826.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
属: Rhadinovirus / 遺伝子: M3 / プラスミド: pFB-1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O41925
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 18% PEG4000, 100MM CACL2, 100MM IMIDAZOLE/MALIC ACID PH 5.1, pH 5.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 5.1
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
113-15 mg/mlprotein1drop
218 %PEG40001reservoir
3100 mM1reservoirCaCl2
4100 mMimidazole malic acid1reservoirpH5.1

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月1日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 43484 / Num. obs: 43484 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 97
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. measured all: 133215 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.346

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法モデル構築
CNS精密化
直接法位相決定
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 25464.2 / Data cutoff high rms absF: 25464.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 2056 5 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all-41033 --
obs-41033 92.4 %-
溶媒の処理Bsol: 57.7995 Å2 / ksol: 0.341932 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.05 Å20 Å21.43 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---8.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5706 0 0 332 6038
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it2.842
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it3.322.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 234 5.1 %
Rwork0.323 4314 -
obs--83 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection Rfree: 2506
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg0.79
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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