+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p0s | ||||||
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Title | human Mus81-Eme1-3'flap DNA complex | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / resolvase / Hydrolase-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / endodeoxyribonuclease complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process ...3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / endodeoxyribonuclease complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / replication fork processing / nuclear replication fork / heterochromatin / replication fork / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair / endonuclease activity / DNA repair / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 6 Å | ||||||
Authors | Gwon, G.H. / Baek, K. / Cho, Y. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2014 Title: Crystal structures of the structure-selective nuclease Mus81-Eme1 bound to flap DNA substrates. Authors: Gwon, G.H. / Jo, A. / Baek, K. / Jin, K.S. / Fu, Y. / Lee, J.B. / Kim, Y. / Cho, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4p0s.cif.gz | 538.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4p0s.ent.gz | 432.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4p0s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p0s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34015.770 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MUS81 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta(DE3) References: UniProt: Q96NY9, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 3'-phosphomonoesters #2: Protein | Mass: 43740.895 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: EME1, MMS4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta(DE3) References: UniProt: Q96AY2, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 3'-phosphomonoesters #3: DNA chain | Mass: 3708.425 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: DNA chain | Mass: 7387.794 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #5: DNA chain | Mass: 3932.570 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.36 Å3/Da / Density % sol: 63.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG400, Tris, DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 103 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 16, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 5.92→50 Å / Num. obs: 16874 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 9.3 % / Net I/σ(I): 43.7 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.8_1069) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Resolution: 6→29.978 Å / SU ML: 1.08 / σ(F): 1.35 / Phase error: 37.96 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 6→29.978 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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