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- PDB-3saj: Crystal Structure of glutamate receptor GluA1 Amino Terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3saj
タイトルCrystal Structure of glutamate receptor GluA1 Amino Terminal Domain
要素Glutamate receptor 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Rossmann fold / ion channel / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo concentration in the ER / cellular response to amine stimulus / axonal spine / COPII-mediated vesicle transport / positive regulation of membrane potential / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / cellular response to ammonium ion / response to sucrose / proximal dendrite / myosin V binding ...Cargo concentration in the ER / cellular response to amine stimulus / axonal spine / COPII-mediated vesicle transport / positive regulation of membrane potential / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / cellular response to ammonium ion / response to sucrose / proximal dendrite / myosin V binding / neuron spine / Trafficking of AMPA receptors / cellular response to L-glutamate / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / conditioned place preference / response to arsenic-containing substance / cellular response to dsRNA / dendritic spine membrane / Synaptic adhesion-like molecules / long-term synaptic depression / beta-2 adrenergic receptor binding / cellular response to peptide hormone stimulus / response to morphine / neuronal cell body membrane / peptide hormone receptor binding / protein kinase A binding / response to psychosocial stress / spinal cord development / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / : / behavioral response to pain / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex / adenylate cyclase binding / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / G-protein alpha-subunit binding / long-term memory / positive regulation of synaptic transmission / postsynaptic density, intracellular component / glutamate receptor binding / neuronal action potential / response to electrical stimulus / glutamate-gated receptor activity / synapse assembly / response to fungicide / presynaptic active zone membrane / somatodendritic compartment / glutamate-gated calcium ion channel activity / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite membrane / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / cellular response to amino acid stimulus / response to cocaine / synaptic membrane / modulation of chemical synaptic transmission / response to nutrient levels / postsynaptic density membrane / : / neuromuscular junction / cellular response to growth factor stimulus / recycling endosome / cerebral cortex development / regulation of synaptic plasticity / small GTPase binding / receptor internalization / response to peptide hormone / long-term synaptic potentiation / response to toxic substance / synaptic vesicle membrane / recycling endosome membrane / synaptic vesicle / G-protein beta-subunit binding / cell-cell junction / response to estradiol / presynapse / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / cell body / early endosome membrane / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / dendritic spine / response to ethanol / postsynaptic membrane / early endosome / postsynapse / neuron projection
類似検索 - 分子機能
Response regulator / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region ...Response regulator / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jin, R. / Zong, Y. / Yao, G. / Gu, S.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the glutamate receptor GluA1 N-terminal domain.
著者: Yao, G. / Zong, Y. / Gu, S. / Zhou, J. / Xu, H. / Mathews, I.I. / Jin, R.
履歴
登録2011年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 1
B: Glutamate receptor 1
C: Glutamate receptor 1
D: Glutamate receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,90619
ポリマ－176,8534
非ポリマー7,05415
水2,576143
1
A: Glutamate receptor 1
C: Glutamate receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1679
ポリマ－88,4262
非ポリマー3,7407
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint50 kcal/mol
Surface area34110 Å2
手法PISA
2
B: Glutamate receptor 1
D: Glutamate receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,74010
ポリマ－88,4262
非ポリマー3,3138
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint40 kcal/mol
Surface area34160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.586, 94.421, 186.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 147分子 ABCD

#1: タンパク質
Glutamate receptor 1 / GluA1 / GluR-1 / AMPA-selective glutamate receptor 1 / GluR-A / GluR-K1 / Glutamate receptor ...GluA1 / GluR-1 / AMPA-selective glutamate receptor 1 / GluR-A / GluR-K1 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 1


分子量: 44213.219 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 22-392) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P19490
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 4種, 15分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5
詳細: 22% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, EVAPORATION, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月3日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→93.184 Å / Num. obs: 57222 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2255 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→93.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 23.93 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.991 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28569 2886 5.1 %RANDOM
Rwork0.21815 ---
obs0.2216 54093 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---2.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→93.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11914 0 466 143 12523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02212694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7911.98617212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49351471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.75823.921630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.776152116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6331598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3551.57333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.138211858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.13835361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.1144.55350
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 211 -
Rwork0.238 3828 -
obs--96.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0134-0.8736-0.15141.7453-0.02092.0231-0.0025-0.081-0.0851-0.00070.03690.12030.012-0.0576-0.03450.1984-0.0065-0.01250.22110.00530.3181-1.5829-5.7382-5.2243
24.03452.3415-1.24593.5908-0.05521.3680.04890.10940.2473-0.55720.0993-0.3465-0.01860.1814-0.14820.34660.08020.08070.256-0.00780.29192.288919.8491-20.0067
38.0904-1.86-0.826125.81299.14357.6388-0.6557-1.30251.7966-0.21931.7018-1.9711-1.48231.446-1.04610.5334-0.11940.32660.4525-0.34320.932910.153732.6226-11.6647
45.1201-1.4834-0.20275.36032.46163.9583-0.1478-0.44910.13010.11250.15340.01150.1180.0771-0.00560.26280.04990.05570.1622-0.05870.3186-2.204326.624-6.1652
53.2427-0.1426-0.47452.3841-0.03981.193-0.073-0.1353-0.23520.20680.10160.6986-0.0487-0.2664-0.02870.18220.0103-0.00590.26160.05660.3786-12.2083-3.0114-7.0553
61.8329-1.05410.11735.2966-0.85810.93980.18810.08850.1086-0.52-0.12860.4837-0.1593-0.1765-0.05950.23290.0294-0.08030.2215-0.0180.3087-11.27377.6184-18.1423
72.76680.2713-0.07822.40490.24321.5829-0.0997-0.0154-0.0617-0.01260.113-0.1614-0.00810.1023-0.01330.2062-0.0024-0.01110.2274-0.00550.320252.2701-33.1199-17.4841
85.88160.3620.40125.8141-1.28623.0765-0.46290.4991-0.608-0.70040.63320.31970.08140.1246-0.17030.3223-0.21260.02670.2228-0.11540.20246.052-49.6342-43.3386
92.73250.91982.03091.04851.46663.96040.08240.2874-0.9186-0.17030.4892-0.95140.76220.6754-0.57160.4124-0.02140.2890.3029-0.33530.894163.5695-50.9214-34.5767
103.86781.33280.40283.5202-0.32771.8075-0.1713-0.17710.01810.29670.2361-0.59640.00890.2176-0.06490.2204-0.003-0.02980.3813-0.0390.389163.7344-29.982-18.6994
117.958-1.7916-2.83112.8921.64482.9772-0.0017-0.19960.4467-0.23890.1798-0.1463-0.32490.28-0.17810.2139-0.0428-0.06560.1899-0.01110.332252.9608-20.899-19.2066
124.48470.5794-0.2650.90870.63565.2353-0.38260.8555-0.6988-0.64280.5177-0.34850.20280.5195-0.13510.4703-0.29780.23130.5348-0.26720.334763.0033-38.6381-40.6487
132.826-0.0948-0.14621.8973-0.18262.1860.0610.0157-0.125-0.0564-0.0014-0.15130.020.1666-0.05950.21330.0012-0.02290.2545-0.0130.334528.6874-7.4735-9.7908
146.078-3.3783.43256.0599-3.5673.3063-0.17050.08040.79580.382-0.0384-0.21-0.5748-0.13860.20880.2786-0.00250.07880.13490.00190.307522.696620.3237-19.121
1514.31813.72971.276417.1155-5.435120.64360.26040.73912.149-1.5471-0.97210.9602-1.1059-1.35040.71170.41130.94190.43861.15810.58640.485416.467424.0014-35.5839
168.1655-5.24421.53544.4524-2.59542.91710.67191.5257-0.0822-0.5632-1.0377-0.34050.10920.78140.36580.21830.01960.17680.4756-0.0080.351436.05128.6644-29.0107
174.12850.1028-1.64540.5719-0.38493.1187-0.0279-0.6276-0.56660.182-0.0671-0.22960.06660.59760.0950.15790.0073-0.0370.24170.03420.416134.5906-7.3215-2.9514
182.50070.21830.77764.3555-1.92972.2695-0.04170.21720.57030.0604-0.1265-0.3917-0.58230.56290.16820.3417-0.1495-0.03390.3528-0.0080.436837.127911.0453-9.6989
192.96540.0427-0.01121.926-0.53472.3252-0.0785-0.00620.1315-0.07380.11410.20830.0112-0.1604-0.03560.1764-0.0048-0.03690.23660.03420.348221.7188-29.3403-18.3188
202.3702-0.0516-1.89530.38191.33516.2315-0.48730.5236-0.3368-0.0820.1130.11351.3488-0.30020.37440.7299-0.2799-0.09080.32840.01430.335322.086-42.926-41.821
215.69790.05980.61454.2451-1.71115.4795-0.31060.2710.0952-0.37230.109-0.12130.3601-0.20520.20160.3549-0.1275-0.03180.2674-0.01860.228732.1404-37.1464-49.6236
224.6166-0.5759-4.38780.56510.78797.6190.05150.71980.5323-0.41220.25070.2349-0.3918-0.8974-0.30220.3613-0.2482-0.30030.44370.20160.334314.6169-28.7716-44.5974
234.77870.2987-1.16292.6084-0.56262.5537-0.2798-0.44290.23460.07570.29840.35480.0305-0.7423-0.01860.19690.0118-0.03780.36680.02250.453512.7711-32.4693-16.1705
241.94220.6079-0.46051.0997-0.30922.6626-0.25120.3583-0.3186-0.56220.37440.26360.6033-0.6852-0.12310.428-0.2093-0.11180.34010.05350.422914.1328-42.1304-30.1555
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2A105 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3A151 - 178
4X-RAY DIFFRACTION4A179 - 232
5X-RAY DIFFRACTION5A233 - 310
6X-RAY DIFFRACTION6A311 - 372
7X-RAY DIFFRACTION7B2 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8B109 - 200
9X-RAY DIFFRACTION9B201 - 255
10X-RAY DIFFRACTION10B256 - 298
11X-RAY DIFFRACTION11B299 - 328
12X-RAY DIFFRACTION12B329 - 371
13X-RAY DIFFRACTION13C2 - 103
14X-RAY DIFFRACTION14C104 - 157
15X-RAY DIFFRACTION15C158 - 178
16X-RAY DIFFRACTION16C179 - 265
17X-RAY DIFFRACTION17C266 - 308
18X-RAY DIFFRACTION18C309 - 371
19X-RAY DIFFRACTION19D1 - 102
20X-RAY DIFFRACTION20D103 - 129
21X-RAY DIFFRACTION21D130 - 179
22X-RAY DIFFRACTION22D180 - 255
23X-RAY DIFFRACTION23D256 - 304
24X-RAY DIFFRACTION24D305 - 371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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