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万見
- PDB-3lfu: Crystal Structure of E. coli UvrD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lfu
タイトルCrystal Structure of E. coli UvrD
要素DNA helicase II
キーワードHYDROLASE / DNA helicase / SF1 helicase / ATP-binding / DNA damage / DNA repair / DNA replication / DNA-binding / Helicase / Nucleotide-binding / SOS response
機能・相同性
機能・相同性情報


rolling circle DNA replication / single-stranded DNA-dependent ATP-dependent DNA helicase complex / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / DNA helicase complex / DNA translocase activity / SOS response / single-stranded DNA helicase activity / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity ...rolling circle DNA replication / single-stranded DNA-dependent ATP-dependent DNA helicase complex / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / DNA helicase complex / DNA translocase activity / SOS response / single-stranded DNA helicase activity / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / mismatch repair / DNA helicase activity / nucleotide-excision repair / response to radiation / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, ATP-dependent, UvrD type / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PcrA/UvrD tudor domain / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain ...DNA helicase, ATP-dependent, UvrD type / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PcrA/UvrD tudor domain / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Korolev, S. / Waksman, G. / Lohman, T.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Rotations of the 2B sub-domain of E. coli UvrD helicase/translocase coupled to nucleotide and DNA binding.
著者: Jia, H. / Korolev, S. / Niedziela-Majka, A. / Maluf, N.K. / Gauss, G.H. / Myong, S. / Ha, T. / Waksman, G. / Lohman, T.M.
履歴
登録2010年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月30日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA helicase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4695
ポリマ－74,0851
非ポリマー3844
水12,989721
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.543, 58.739, 69.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 DNA helicase II


分子量: 74084.773 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal truncation (UNP residues 1-647) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b3813, JW3786, mutU, pdeB, rad, recL, uvrD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03018, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.1
詳細: 1.0 M (NH4)2SO4, pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.99188 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 70609 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 1 / Rsym value: 0.064
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rsym value: 0.224 / % possible all: 86

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→29.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.73 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 3393 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 67970 90.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.23 Å2 / Biso mean: 25.754 Å2 / Biso min: 4.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5039 0 20 721 5780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0215143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7631.9546944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8025628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.09223.509265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.2615903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2331554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.180.2751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5541.53132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.57724987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.28432011
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2974.51957
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 250 -
Rwork0.27 5193 -
all-5443 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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