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- PDB-6od5: Human TCF4 C-terminal bHLH domain in Complex with 12-bp Oligonucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6od5
タイトルHuman TCF4 C-terminal bHLH domain in Complex with 12-bp Oligonucleotide Containing E-box Sequence with 5-carboxylcytosines
要素
  • DNA (5'-D(*AP*(1CC)P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*(1CC)P*G)-3')
  • Transcription factor 4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex / transcription factor / bHTH / E-Box / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex assembly / beta-catenin-TCF7L2 complex / beta-catenin-TCF complex / Myogenesis / E-box binding / TFIIB-class transcription factor binding / positive regulation of neuron differentiation / beta-catenin binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development ...protein-DNA complex assembly / beta-catenin-TCF7L2 complex / beta-catenin-TCF complex / Myogenesis / E-box binding / TFIIB-class transcription factor binding / positive regulation of neuron differentiation / beta-catenin binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X. / Yang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for preferential binding of human TCF4 to DNA containing 5-carboxylcytosine.
著者: Yang, J. / Horton, J.R. / Li, J. / Huang, Y. / Zhang, X. / Blumenthal, R.M. / Cheng, X.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor 4
B: Transcription factor 4
X: DNA (5'-D(*AP*(1CC)P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*(1CC)P*G)-3')
Y: DNA (5'-D(*AP*(1CC)P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*(1CC)P*G)-3')
C: Transcription factor 4
D: Transcription factor 4
E: DNA (5'-D(*AP*(1CC)P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*(1CC)P*G)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*(1CC)P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*(1CC)P*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,05015
ポリマ－44,6138
非ポリマー4387
水2,450136
1
A: Transcription factor 4
B: Transcription factor 4
X: DNA (5'-D(*AP*(1CC)P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*(1CC)P*G)-3')
Y: DNA (5'-D(*AP*(1CC)P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*(1CC)P*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5588
ポリマ－22,3064
非ポリマー2524
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
2
C: Transcription factor 4
D: Transcription factor 4
E: DNA (5'-D(*AP*(1CC)P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*(1CC)P*G)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*(1CC)P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*(1CC)P*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4937
ポリマ－22,3064
非ポリマー1863
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area10550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.677, 44.757, 54.640
Angle α, β, γ (deg.)78.63, 78.88, 79.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 8分子 ABCDXYEF

#1: タンパク質
Transcription factor 4 / TCF-4 / Class B basic helix-loop-helix protein 19 / bHLHb19 / Immunoglobulin transcription factor 2 ...TCF-4 / Class B basic helix-loop-helix protein 19 / bHLHb19 / Immunoglobulin transcription factor 2 / ITF-2 / SL3-3 enhancer factor 2 / SEF-2


分子量: 7401.737 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal bHLH domain (UNP residues 405-464) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCF4, BHLHB19, ITF2, SEF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P15884
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*(1CC)P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*(1CC)P*G)-3')


分子量: 3751.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 143分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate monohydrate or 0.2 M sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→36.661 Å / Num. obs: 24281 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Rpim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Num. unique obs: 2094 / CC1/2: 0.361 / Rpim(I) all: 0.412 / % possible all: 82.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QL2

2ql2


解像度: 2.05→36.661 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2803 1215 5.01 %
Rwork0.2342 --
obs0.2364 24247 96.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→36.661 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1931 965 27 136 3059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5524284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0791665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0501-2.13210.32081210.29772155X-RAY DIFFRACTION80
2.1321-2.22920.32231240.28622407X-RAY DIFFRACTION91
2.2292-2.34670.32581350.26942600X-RAY DIFFRACTION97
2.3467-2.49370.30381410.25632659X-RAY DIFFRACTION99
2.4937-2.68610.24531380.2612604X-RAY DIFFRACTION99
2.6861-2.95640.28381380.26132663X-RAY DIFFRACTION99
2.9564-3.38390.30171420.23982633X-RAY DIFFRACTION99
3.3839-4.26230.27341410.19672675X-RAY DIFFRACTION100
4.2623-36.66710.2411350.20232636X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.5376-5.5811-2.92235.39952.41913.9956-0.4637-0.6920.55370.37540.5768-0.4316-0.10840.4052-0.14130.2183-0.0197-0.09040.2086-0.00530.2084-1.9274-8.927431.9508
24.0409-5.88010.96348.6422-1.23210.93820.94621.09740.6903-0.0962-0.5762-0.8092-0.03421.5756-0.18580.30920.014-0.01930.7906-0.08940.334110.4318-13.647117.1023
36.4951-4.0310.42199.0048-1.46344.42150.35630.3838-0.4466-0.2646-0.5067-0.0010.60830.54990.0940.21150.0574-0.00270.2431-0.04080.1387.5448-28.254222.0001
43.4586-3.25142.99567.1397-6.55966.7279-0.00270.1215-0.1407-0.0287-0.09970.13660.1334-0.08090.07040.22160.036-0.00490.2086-0.08670.1549-7.2477-18.359722.2166
53.9564-3.3049-1.95627.47391.8322.5287-0.2764-0.36360.23250.4810.0952-0.59730.24460.39940.21870.22660.0841-0.00560.34680.01940.17266.3431-25.856131.8051
65.04430.325-1.2060.87740.80722.17670.1017-0.00920.65810.00630.127-0.0447-0.07020.4228-0.25660.18760.01650.03550.2532-0.01260.3018-10.4525-4.414125.0128
73.28812.0615-0.2375.1498-2.99034.2621-0.2150.31830.2383-0.54920.28820.11230.3036-0.19640.06850.2035-0.0354-0.00960.21350.01160.1976-11.5433-5.220424.3669
87.4309-7.9704-7.88878.01157.20147.2694-0.099-0.24930.2220.2597-0.0036-0.2475-0.04920.21870.12470.25170.0343-0.0510.2225-0.00890.206621.1566.06965.258
96.3637-3.0305-0.3738.97191.11331.50330.16830.5226-0.2484-0.457-0.19460.10830.37610.46340.02920.33590.1201-0.00710.2609-0.02820.107428.3077-5.6301-7.8515
103.2187-2.62121.49045.9632-1.30424.68750.14350.0242-0.2498-0.1286-0.05160.32610.3123-0.3824-0.11050.1573-0.0220.00440.2264-0.07760.180812.30350.812-4.6712
118.6158-4.689-2.0058.09171.99156.2998-0.0660.05520.16040.22720.0683-0.460.25180.3450.03950.19850.0214-0.02410.1256-0.00140.105429.0427-10.22012.6391
125.93551.258-1.75723.08290.68545.2625-0.1381-0.47650.2438-0.15320.16650.10290.06830.20470.00160.1590.05740.02190.1942-0.05950.161210.776513.6657-1.0628
135.88590.504-2.41784.5718-0.03166.60790.00190.0694-0.0275-0.26430.14880.47160.0033-0.078-0.26740.20460.0111-0.03810.04560.0620.26659.894812.6739-1.0995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 567 through 599 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 600 through 606 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 607 through 628 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 568 through 606 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 607 through 627 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'X' and (resid 1 through 12 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'Y' and (resid 1 through 12 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 569 through 598 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 599 through 627 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 567 through 606 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 607 through 628 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 2 through 12 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 1 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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