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万見
- PDB-6rvc: Crystal structure of Patched-1 ectodomain 2 (PTCH1-ECD2) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rvc
タイトルCrystal structure of Patched-1 ectodomain 2 (PTCH1-ECD2) in complex with nanobody 75
要素
  • Nanobody NB75
  • Protein patched homolog 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ---- Hedgehog morphogen receptor / receptor-nanobody complex / cholesterol / palmitate / lipid-protein-modification
機能・相同性
機能・相同性情報


neural plate axis specification / response to chlorate / cell differentiation involved in kidney development / hedgehog receptor activity / cell proliferation involved in metanephros development / neural tube patterning / smoothened binding / hedgehog family protein binding / hindlimb morphogenesis / Ligand-receptor interactions ...neural plate axis specification / response to chlorate / cell differentiation involved in kidney development / hedgehog receptor activity / cell proliferation involved in metanephros development / neural tube patterning / smoothened binding / hedgehog family protein binding / hindlimb morphogenesis / Ligand-receptor interactions / epidermal cell fate specification / spinal cord motor neuron differentiation / prostate gland development / Activation of SMO / limb morphogenesis / patched binding / negative regulation of cell division / somite development / dorsal/ventral neural tube patterning / smooth muscle tissue development / pharyngeal system development / cellular response to cholesterol / mammary gland duct morphogenesis / mammary gland epithelial cell differentiation / cell fate determination / commissural neuron axon guidance / metanephric collecting duct development / regulation of smoothened signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / Class B/2 (Secretin family receptors) / embryonic limb morphogenesis / negative regulation of multicellular organism growth / ciliary membrane / branching involved in ureteric bud morphogenesis / cholesterol binding / positive regulation of epidermal cell differentiation / dendritic growth cone / keratinocyte proliferation / positive regulation of cholesterol efflux / spermatid development / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of keratinocyte proliferation / embryonic organ development / response to mechanical stimulus / response to retinoic acid / axonal growth cone / heart morphogenesis / negative regulation of stem cell proliferation / Hedgehog 'off' state / liver regeneration / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / animal organ morphogenesis / stem cell proliferation / protein localization to plasma membrane / Hedgehog 'on' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / brain development / caveola / protein processing / endocytic vesicle membrane / apical part of cell / glucose homeostasis / response to estradiol / heparin binding / regulation of protein localization / midbody / in utero embryonic development / postsynaptic membrane / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane receptor, patched / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein patched homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rudolf, A.F. / Kowatsch, C. / El Omari, K. / Malinauskas, T. / Kinnebrew, M. / Ansell, T.B. / Bishop, B. / Pardon, E. / Schwab, R.A. / Qian, M. ...Rudolf, A.F. / Kowatsch, C. / El Omari, K. / Malinauskas, T. / Kinnebrew, M. / Ansell, T.B. / Bishop, B. / Pardon, E. / Schwab, R.A. / Qian, M. / Duman, R. / Covey, D.F. / Steyaert, J. / Wagner, A. / Sansom, M.S.P. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20724/A14414 英国
Cancer Research UKC20724/A26752 英国
European Research Council647278 英国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2019
タイトル: The morphogen Sonic hedgehog inhibits its receptor Patched by a pincer grasp mechanism.
著者: Amalie F Rudolf / Maia Kinnebrew / Christiane Kowatsch / T Bertie Ansell / Kamel El Omari / Benjamin Bishop / Els Pardon / Rebekka A Schwab / Tomas Malinauskas / Mingxing Qian / Ramona Duman ...著者: Amalie F Rudolf / Maia Kinnebrew / Christiane Kowatsch / T Bertie Ansell / Kamel El Omari / Benjamin Bishop / Els Pardon / Rebekka A Schwab / Tomas Malinauskas / Mingxing Qian / Ramona Duman / Douglas F Covey / Jan Steyaert / Armin Wagner / Mark S P Sansom / Rajat Rohatgi / Christian Siebold /
要旨: Hedgehog (HH) ligands, classical morphogens that pattern embryonic tissues in all animals, are covalently coupled to two lipids-a palmitoyl group at the N terminus and a cholesteroyl group at the C ...Hedgehog (HH) ligands, classical morphogens that pattern embryonic tissues in all animals, are covalently coupled to two lipids-a palmitoyl group at the N terminus and a cholesteroyl group at the C terminus. While the palmitoyl group binds and inactivates Patched 1 (PTCH1), the main receptor for HH ligands, the function of the cholesterol modification has remained mysterious. Using structural and biochemical studies, along with reassessment of previous cryo-electron microscopy structures, we find that the C-terminal cholesterol attached to Sonic hedgehog (Shh) binds the first extracellular domain of PTCH1 and promotes its inactivation, thus triggering HH signaling. Molecular dynamics simulations show that this interaction leads to the closure of a tunnel through PTCH1 that serves as the putative conduit for sterol transport. Thus, Shh inactivates PTCH1 by grasping its extracellular domain with two lipidic pincers, the N-terminal palmitate and the C-terminal cholesterol, which are both inserted into the PTCH1 protein core.
履歴
登録2019年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein patched homolog 1
B: Protein patched homolog 1
C: Protein patched homolog 1
D: Nanobody NB75
E: Nanobody NB75
F: Nanobody NB75
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9779
ポリマ－136,4386
非ポリマー5383
水3,639202
1
A: Protein patched homolog 1
D: Nanobody NB75
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7013
ポリマ－45,4792
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein patched homolog 1
E: Nanobody NB75


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4792
ポリマ－45,4792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein patched homolog 1
F: Nanobody NB75
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7974
ポリマ－45,4792
非ポリマー3172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.180, 101.120, 106.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C
14D
24E
15D
25F
16E
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSALAALAAA842 - 93580 - 173
21LYSLYSALAALABB842 - 93580 - 173
12LYSLYSALAALAAA842 - 93580 - 173
22LYSLYSALAALACC842 - 93580 - 173
13LYSLYSALAALABB842 - 93580 - 173
23LYSLYSALAALACC842 - 93580 - 173
14GLNGLNSERSERDD3 - 1233 - 123
24GLNGLNSERSEREE3 - 1233 - 123
15GLNGLNSERSERDD3 - 1233 - 123
25GLNGLNSERSERFF3 - 1233 - 123
16GLNGLNSERSEREE3 - 1243 - 124
26GLNGLNSERSERFF3 - 1243 - 124

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 Protein patched homolog 1 / PTC1


分子量: 30659.311 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human PTCH1-ECD2, containing a N-terminal His6-Tag for IMAC purification.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTCH1, PTCH / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13635
#2: 抗体 Nanobody NB75


分子量: 14820.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Llama nanobody NB75 containing a a C-terminal His6-Tag for IMAC purification.
由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMES4y / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M sodium nitrate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.16 Å / Num. obs: 42185 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3069 / CC1/2: 0.391 / Rpim(I) all: 0.722 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DMY

6dmy


解像度: 2.2→39.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.193 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.197 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24073 2027 4.8 %RANDOM
Rwork0.20376 ---
obs0.20562 40108 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.492 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å20 Å20 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5112 0 33 202 5347
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0184608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.6527146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.291.59410702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4395644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.25222.816277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22115838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9581527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.535.9092594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5285.9082593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2188.8543232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.2188.8563233
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1476.2762676
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1396.2762673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.179.2383909
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.75121410
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.75321322
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A29120.11
12B29120.11
21A29540.1
22C29540.1
31B29170.11
32C29170.11
41D35440.12
42E35440.12
51D37250.08
52F37250.08
61E35650.12
62F35650.12
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 155 -
Rwork0.326 2909 -
obs--98.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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