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- PDB-6od3: Human TCF4 C-terminal bHLH domain in Complex with 13-bp Oligonucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6od3
タイトルHuman TCF4 C-terminal bHLH domain in Complex with 13-bp Oligonucleotide Containing E-box Sequence
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
  • Transcription factor 4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex / transcription factor / bHTH / E-Box / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex assembly / beta-catenin-TCF7L2 complex / beta-catenin-TCF complex / TGFBR3 expression / Myogenesis / E-box binding / TFIIB-class transcription factor binding / positive regulation of neuron differentiation / beta-catenin binding / sequence-specific double-stranded DNA binding ...protein-DNA complex assembly / beta-catenin-TCF7L2 complex / beta-catenin-TCF complex / TGFBR3 expression / Myogenesis / E-box binding / TFIIB-class transcription factor binding / positive regulation of neuron differentiation / beta-catenin binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.494 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X. / Yang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for preferential binding of human TCF4 to DNA containing 5-carboxylcytosine.
著者: Yang, J. / Horton, J.R. / Li, J. / Huang, Y. / Zhang, X. / Blumenthal, R.M. / Cheng, X.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor 4
B: Transcription factor 4
X: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
W: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
E: Transcription factor 4
F: Transcription factor 4
Y: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
Z: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
G: Transcription factor 4
H: Transcription factor 4
I: Transcription factor 4
J: Transcription factor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,96426
ポリマ－75,01612
非ポリマー94814
水6,323351
1
A: Transcription factor 4
B: Transcription factor 4
X: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
W: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,17512
ポリマ－22,7054
非ポリマー4708
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
2
E: Transcription factor 4
F: Transcription factor 4
Y: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
Z: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8647
ポリマ－22,7054
非ポリマー1603
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
3
G: Transcription factor 4
H: Transcription factor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8663
ポリマ－14,8032
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area8620 Å2
手法PISA
4
I: Transcription factor 4
J: Transcription factor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0604
ポリマ－14,8032
非ポリマー2562
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area7430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.180, 58.946, 62.720
Angle α, β, γ (deg.)104.63, 90.34, 94.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 12分子 ABEFGHIJXWYZ

#1: タンパク質
Transcription factor 4 / TCF-4 / Class B basic helix-loop-helix protein 19 / bHLHb19 / Immunoglobulin transcription factor 2 ...TCF-4 / Class B basic helix-loop-helix protein 19 / bHLHb19 / Immunoglobulin transcription factor 2 / ITF-2 / SL3-3 enhancer factor 2 / SEF-2


分子量: 7401.737 Da / 分子数: 8 / 断片: C-terminal bHLH domain (UNP residues 405-464) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCF4, BHLHB19, ITF2, SEF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P15884
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量: 3950.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 365分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→37.904 Å / Num. obs: 169064 / % possible obs: 80.3 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 1.49→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 12726 / CC1/2: 0.627 / Rpim(I) all: 0.471 / % possible all: 60.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QL2

2ql2


解像度: 1.494→37.904 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 1901 2.28 %
Rwork0.2214 --
obs0.2218 168745 79.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.494→37.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3697 1032 59 351 5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3976843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9551971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034811
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002701
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4937-1.51260.35891060.34723931X-RAY DIFFRACTION51
1.5126-1.53250.36151180.34014619X-RAY DIFFRACTION61
1.5325-1.55350.27491070.33144969X-RAY DIFFRACTION65
1.5535-1.57570.35351400.31865153X-RAY DIFFRACTION67
1.5757-1.59920.2798830.29865157X-RAY DIFFRACTION67
1.5992-1.62420.33961210.29944762X-RAY DIFFRACTION62
1.6242-1.65080.31691350.28185672X-RAY DIFFRACTION75
1.6508-1.67930.27371540.26726569X-RAY DIFFRACTION86
1.6793-1.70980.27411570.2656526X-RAY DIFFRACTION86
1.7098-1.74270.27161340.25466875X-RAY DIFFRACTION88
1.7427-1.77830.28481660.2596601X-RAY DIFFRACTION87
1.7783-1.81690.2451580.25286699X-RAY DIFFRACTION87
1.8169-1.85920.25221650.25176542X-RAY DIFFRACTION86
1.8592-1.90570.23281470.25256622X-RAY DIFFRACTION86
1.9057-1.95720.27531540.26046521X-RAY DIFFRACTION85
1.9572-2.01480.27191600.25866360X-RAY DIFFRACTION84
2.0148-2.07980.30141350.25376248X-RAY DIFFRACTION82
2.0798-2.15420.30481400.24816043X-RAY DIFFRACTION79
2.1542-2.24040.25051180.23155231X-RAY DIFFRACTION68
2.2404-2.34230.23361420.21696243X-RAY DIFFRACTION82
2.3423-2.46580.23511710.21317101X-RAY DIFFRACTION92
2.4658-2.62030.26351670.21997056X-RAY DIFFRACTION92
2.6203-2.82250.24041610.22816987X-RAY DIFFRACTION92
2.8225-3.10640.23461690.22386923X-RAY DIFFRACTION90
3.1064-3.55570.19991490.19726640X-RAY DIFFRACTION87
3.5557-4.47860.19671280.18345795X-RAY DIFFRACTION76
4.4786-37.91670.20451640.19197051X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1999-7.0505-2.89078.90413.5913.5695-0.08110.0520.28940.13260.1103-0.4702-0.06980.0163-0.04680.1622-0.05030.00360.17940.00210.1901-1.49283.467732.2317
24.9817-3.28251.61386.1819-1.97475.02830.11310.2813-0.1245-0.8766-0.2443-0.59570.83580.26880.17330.29250.01110.10320.1995-0.06040.30566.9118-15.46926.0187
34.1193-4.76175.37746.2301-5.83588.4440.14610.0118-0.1351-0.22860.07340.16140.3247-0.1942-0.04330.151-0.07910.02710.1763-0.01730.1492-7.2403-5.619120.3363
45.6418-2.42380.31446.1928-1.76925.1385-0.374-0.3281-0.06010.48480.3717-0.58380.42540.03360.0330.23570.0305-0.04470.1448-0.04350.19552.7125-13.106337.6195
53.8409-0.6099-2.05962.4416-1.08133.6780.0983-0.33810.4359-0.00790.2247-0.0288-0.12410.2809-0.31320.147-0.01820.03870.2327-0.02610.1839-10.06316.921225.258
63.79740.0297-1.33692.9975-0.79744.8886-0.17850.34770.1463-0.23360.2789-0.03890.0714-0.1541-0.08280.1674-0.05380.0020.17990.01460.1158-10.39425.533523.0771
78.5624-6.2519-4.05556.70243.61284.40650.13980.2280.4432-0.1063-0.1472-0.287-0.07210.0417-0.02330.1622-0.07070.01550.160.05050.1611-23.203513.22871.5134
84.2305-0.26580.02872.4637-0.10843.06030.23570.5826-0.5645-0.3923-0.394-0.11150.82250.44540.11970.37070.06890.07030.2776-0.07320.2227-14.7017-6.0606-5.1196
98.4851-6.35396.62697.7899-6.16655.46070.39060.4132-0.536-0.46-0.13470.38040.7815-0.1466-0.1480.2541-0.02030.02680.2337-0.06150.2073-29.65451.7323-7.8355
108.3792-5.74696.57853.9266-4.50565.1617-0.1323-0.8918-1.06080.59561.41641.63460.7876-0.9145-1.18720.5479-0.06110.12660.44360.1440.4325-27.9994-3.083110.7809
116.076-4.77191.44986.5957-0.65126.3306-0.218-0.258-0.06920.33740.2692-0.18870.63470.5762-0.06060.33190.0190.04180.17060.00870.1706-14.1115-3.89955.9252
124.05590.1856-2.30741.949-0.67465.19580.34270.24750.2860.0227-0.02540.2627-0.332-0.4095-0.32050.1810.00860.07070.24880.00060.224-33.057315.1726-4.3112
132.2446-0.1167-0.31972.97-0.11645.13390.00660.20520.1642-0.21820.0201-0.0220.0589-0.3072-0.02060.14740.01530.00670.27530.06430.1609-32.759214.2524-8.2045
142.2181-2.18812.03317.3515-1.2611.97081.2562-1.49871.7089-0.47530.5348-0.14630.10550.7695-1.95170.69740.04710.02370.631-0.22540.7033-26.315931.348332.6618
152.9780.17894.72935.51-1.57178.2815-0.0422-0.4993-0.10150.78970.07460.49890.2012-0.62960.02160.37440.00410.09420.3103-0.0410.295-30.225623.670419.6854
163.9989-2.62981.228.1739-3.98865.58980.12080.09240.3354-0.4562-0.08340.5324-0.3309-0.0969-0.0480.3172-0.0417-0.02620.129-0.01930.3062-28.474931.52928.0474
176.3216-1.0586-0.03949.57870.96314.82180.1528-0.1548-0.4417-0.151-0.33810.57140.885-0.20940.21240.40970.0050.00110.30720.02630.2255-18.4562.085616.0072
186.1764-4.41773.08893.3051-2.88674.81150.50740.68740.8377-0.5416-0.773-1.1643-0.43040.34510.23150.3919-0.07450.08020.20560.02220.4549-17.238429.30411.0057
197.8171-0.40053.18714.0807-3.25485.216-0.3503-0.07480.50310.74140.19050.1299-0.72770.05650.19080.4927-0.01110.020.1981-0.0930.3528-25.010738.60316.8374
205.4617-0.64245.57471.5044-0.98775.6559-0.198-1.8918-0.56171.43330.6179-0.1626-0.8314-1.7058-0.39050.98120.1944-0.08940.7837-0.01880.4937-52.424632.0989-1.5886
214.08871.35460.09974.4467-2.03965.6223-0.18190.1133-0.11990.27340.3160.3788-0.1284-0.157-0.11910.21910.0842-0.03540.319-0.08430.2433-55.523534.6788-19.6555
223.68021.22780.18871.1056-1.49473.7592-0.1868-0.0961-0.03450.55390.1221-1.2666-0.26480.21550.04220.33640.0787-0.18360.3492-0.13890.4972-44.306336.6357-15.8335
237.63710.3353.41745.7852-2.78568.6409-0.6721-0.53060.70731.07590.7765-0.1068-0.7542-0.3907-0.10210.43380.1089-0.04210.2416-0.06790.276-56.228344.6208-14.6352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 567 through 599 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 600 through 628 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 567 through 599 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 600 through 627 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'X' and (resid 1 through 13 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'W' and (resid 2 through 13 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 567 through 599 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 600 through 628 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 568 through 599 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 600 through 606 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 607 through 627 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'Y' and (resid 1 through 13 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'Z' and (resid 1 through 13 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 574 through 583 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 584 through 603 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 604 through 628 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 568 through 580 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 581 through 597 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 598 through 628 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'I' and (resid 570 through 594 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'I' and (resid 595 through 628 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'J' and (resid 577 through 606 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'J' and (resid 607 through 628 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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