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- PDB-3ope: Structural Basis of Auto-inhibitory mechanism of Histone methyltr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ope
タイトルStructural Basis of Auto-inhibitory mechanism of Histone methyltransferase
要素Probable histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
キーワードTRANSFERASE / SET / methyltransferase / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


uterine gland development / tarsal gland development / histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / uterus morphogenesis / histone H3K36 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity ...uterine gland development / tarsal gland development / histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / uterus morphogenesis / histone H3K36 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / flagellated sperm motility / histone H3K4 methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / negative regulation of acute inflammatory response / decidualization / single fertilization / bicellular tight junction / negative regulation of MAPK cascade / post-embryonic development / skeletal system development / PKMTs methylate histone lysines / MAPK cascade / chromosome / methylation / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
ASH1-like, PHD finger / ASH1-like, Bromodomain / PhD finger domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / Beta-clip-like ...ASH1-like, PHD finger / ASH1-like, Bromodomain / PhD finger domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / Beta-clip-like / SET domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Beta Complex / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者An, S. / Song, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the human histone methyltransferase ASH1L catalytic domain and its implications for the regulatory mechanism
著者: An, S. / Yeo, K.J. / Jeon, Y.H. / Song, J.
履歴
登録2010年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年8月14日Group: Database references
改定 1.32019年12月11日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn ...pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
B: Probable histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,56210
ポリマ－51,3722
非ポリマー1,1898
水48627
1
A: Probable histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2815
ポリマ－25,6861
非ポリマー5954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2815
ポリマ－25,6861
非ポリマー5954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.530, 59.530, 233.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Probable histone-lysine N-methyltransferase ASH1L / Absent small and homeotic disks protein 1 homolog / ASH1-like protein / huASH1 / Lysine N-methyltransferase 2H


分子量: 25686.111 Da / 分子数: 2 / 断片: SET domain (UNP RESIDUES 2074-2293) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASH1L, KIAA1420, KMT2H / プラスミド: pET28a(modified) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NR48, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 % / 解説: The file contains Friedel pairs.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Bistrisprofane, PEG, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1.2827 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 19766 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 46.1
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 541 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→50 Å / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The file contains Friedel pairs.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2994 963 RANDOM
Rwork0.2348 --
obs-18803 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3304 0 60 27 3391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.73975
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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