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- PDB-6o9h: Mouse ECD with Fab1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o9h
タイトルMouse ECD with Fab1
要素
  • Gastric inhibitory polypeptide receptor
  • Heavy chain
  • Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


gastric inhibitory peptide receptor activity / glucagon family peptide binding / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (s) signalling events / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / endocrine pancreas development / response to fatty acid / neuropeptide signaling pathway / response to glucose / response to axon injury ...gastric inhibitory peptide receptor activity / glucagon family peptide binding / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (s) signalling events / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / endocrine pancreas development / response to fatty acid / neuropeptide signaling pathway / response to glucose / response to axon injury / response to calcium ion / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell surface receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, gastric inhibitory polypeptide receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site ...GPCR, family 2, gastric inhibitory polypeptide receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gastric inhibitory polypeptide receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Min, X. / Wang, Z.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2020
タイトル: Molecular mechanism of an antagonistic antibody against glucose-dependent insulinotropic polypeptide receptor.
著者: Min, X. / Yie, J. / Wang, J. / Chung, B.C. / Huang, C.S. / Xu, H. / Yang, J. / Deng, L. / Lin, J. / Chen, Q. / Abbott, C.M. / Gundel, C. / Thibault, S.A. / Meng, T. / Bates, D.L. / Lloyd, D.J. ...著者: Min, X. / Yie, J. / Wang, J. / Chung, B.C. / Huang, C.S. / Xu, H. / Yang, J. / Deng, L. / Lin, J. / Chen, Q. / Abbott, C.M. / Gundel, C. / Thibault, S.A. / Meng, T. / Bates, D.L. / Lloyd, D.J. / Veniant, M.M. / Wang, Z.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain
L: Light chain
A: Heavy chain
B: Light chain
D: Gastric inhibitory polypeptide receptor
C: Gastric inhibitory polypeptide receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,0108
ポリマ－127,9646
非ポリマー462
水11,962664
1
H: Heavy chain
L: Light chain
D: Gastric inhibitory polypeptide receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0054
ポリマ－63,9823
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area23630 Å2
手法PISA
2
A: Heavy chain
B: Light chain
C: Gastric inhibitory polypeptide receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0054
ポリマ－63,9823
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area23830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.078, 48.974, 150.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Heavy chain


分子量: 24085.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Light chain


分子量: 24223.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Gastric inhibitory polypeptide receptor / GIP-R / Glucose-dependent insulinotropic polypeptide receptor


分子量: 15673.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gipr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0P543
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG10000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.0 and 15% isopropanol
PH範囲: 5

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月5日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.53 Å / Num. obs: 61740 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 226792
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Num. unique obs: 4399 / CC1/2: 0.739 / Rpim(I) all: 0.34 / Rrim(I) all: 0.653 / % possible all: 95.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALA0.3.6データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→19.934 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 3068 4.98 %
Rwork0.2031 58593 -
obs0.2054 61661 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.22 Å2 / Biso mean: 35.4202 Å2 / Biso min: 15.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→19.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8004 0 2 664 8670
Biso mean--24.74 38.59 -
残基数----1034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028239
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63311239
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4264873
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.13280.34131180.28642537265593
2.1328-2.16770.33411290.27122635276499
2.1677-2.20510.28351370.272639277699
2.2051-2.24510.33021460.27822633277998
2.2451-2.28820.34731660.27972597276399
2.2882-2.33490.30791560.25952676283299
2.3349-2.38560.33211430.2452608275199
2.3856-2.4410.29041380.24572661279999
2.441-2.50190.31871310.2472654278599
2.5019-2.56940.30791460.23842680282699
2.5694-2.64480.28911230.23732655277899
2.6448-2.730.29761260.22932707283399
2.73-2.82730.24421280.22552627275599
2.8273-2.94020.25711260.22392704283099
2.9402-3.07350.28661280.21732692282099
3.0735-3.23490.26841360.2042668280498
3.2349-3.43670.26321560.1982642279899
3.4367-3.70040.20621420.17562679282198
3.7004-4.070.19781350.17352687282298
4.07-4.65240.18911730.14942661283499
4.6524-5.8370.2021550.15792717287299
5.837-19.93540.20731300.17972834296499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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