+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6o9i | |||||||||
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Title | Ternary complex of mouse ECD with Fab1 and Fab2 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / GPCR | |||||||||
Function / homology | Function and homology information gastric inhibitory peptide receptor activity / glucagon family peptide binding / gastric inhibitory peptide signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (s) signalling events / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / endocrine pancreas development / response to fatty acid / G protein-coupled peptide receptor activity / peptide hormone binding ...gastric inhibitory peptide receptor activity / glucagon family peptide binding / gastric inhibitory peptide signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (s) signalling events / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / endocrine pancreas development / response to fatty acid / G protein-coupled peptide receptor activity / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / response to axon injury / positive regulation of cAMP-mediated signaling / response to glucose / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / response to calcium ion / signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell surface receptor signaling pathway / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Mus musculus (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Min, X. / Wang, Z. | |||||||||
Citation | Journal: Mabs / Year: 2020 Title: Molecular mechanism of an antagonistic antibody against glucose-dependent insulinotropic polypeptide receptor. Authors: Min, X. / Yie, J. / Wang, J. / Chung, B.C. / Huang, C.S. / Xu, H. / Yang, J. / Deng, L. / Lin, J. / Chen, Q. / Abbott, C.M. / Gundel, C. / Thibault, S.A. / Meng, T. / Bates, D.L. / Lloyd, D. ...Authors: Min, X. / Yie, J. / Wang, J. / Chung, B.C. / Huang, C.S. / Xu, H. / Yang, J. / Deng, L. / Lin, J. / Chen, Q. / Abbott, C.M. / Gundel, C. / Thibault, S.A. / Meng, T. / Bates, D.L. / Lloyd, D.J. / Veniant, M.M. / Wang, Z. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6o9i.cif.gz | 394.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6o9i.ent.gz | 322.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6o9i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o9i | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6o9hC 2qkhS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules C
#3: Protein | Mass: 15673.128 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Gipr / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q0P543 |
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-Antibody , 4 types, 4 molecules ABDE
#1: Antibody | Mass: 24085.227 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
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#2: Antibody | Mass: 24223.713 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
#4: Antibody | Mass: 24468.541 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
#5: Antibody | Mass: 24169.830 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
-Non-polymers , 2 types, 219 molecules
#6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M MgCl2 and 25% Peg3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 12, 2016 |
Radiation | Monochromator: Double-crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→19.76 Å / Num. obs: 28394 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 35.76 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.216 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 137402 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.72 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.967 / Num. measured all: 16771 / Num. unique obs: 3465 / CC1/2: 0.629 / Rpim(I) all: 0.491 / Rrim(I) all: 1.087 / Net I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2QKH Resolution: 2.6→19.76 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 28.28
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 169.22 Å2 / Biso mean: 54.6881 Å2 / Biso min: 9.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→19.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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