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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6o9i | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Ternary complex of mouse ECD with Fab1 and Fab2 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / GPCR | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationgastric inhibitory peptide receptor activity / glucagon family peptide binding / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (s) signalling events / endocrine pancreas development / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / response to fatty acid / neuropeptide signaling pathway / response to glucose / response to axon injury ...gastric inhibitory peptide receptor activity / glucagon family peptide binding / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (s) signalling events / endocrine pancreas development / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / response to fatty acid / neuropeptide signaling pathway / response to glucose / response to axon injury / response to calcium ion / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell surface receptor signaling pathway / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Min, X. / Wang, Z. | |||||||||
Citation | Journal: Mabs / Year: 2020Title: Molecular mechanism of an antagonistic antibody against glucose-dependent insulinotropic polypeptide receptor. Authors: Min, X. / Yie, J. / Wang, J. / Chung, B.C. / Huang, C.S. / Xu, H. / Yang, J. / Deng, L. / Lin, J. / Chen, Q. / Abbott, C.M. / Gundel, C. / Thibault, S.A. / Meng, T. / Bates, D.L. / Lloyd, D. ...Authors: Min, X. / Yie, J. / Wang, J. / Chung, B.C. / Huang, C.S. / Xu, H. / Yang, J. / Deng, L. / Lin, J. / Chen, Q. / Abbott, C.M. / Gundel, C. / Thibault, S.A. / Meng, T. / Bates, D.L. / Lloyd, D.J. / Veniant, M.M. / Wang, Z. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6o9i.cif.gz | 393.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6o9i.ent.gz | 322.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6o9i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o9i | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6o9hC ![]() 2qkhS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules C
| #3: Protein | Mass: 15673.128 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Antibody , 4 types, 4 molecules ABDE
| #1: Antibody | Mass: 24085.227 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() |
|---|---|
| #2: Antibody | Mass: 24223.713 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() |
| #4: Antibody | Mass: 24468.541 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() |
| #5: Antibody | Mass: 24169.830 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() |
-Non-polymers , 2 types, 219 molecules 


| #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.05 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M MgCl2 and 25% Peg3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 12, 2016 |
| Radiation | Monochromator: Double-crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.6→19.76 Å / Num. obs: 28394 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 35.76 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.216 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 137402 |
| Reflection shell | Resolution: 2.6→2.72 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.967 / Num. measured all: 16771 / Num. unique obs: 3465 / CC1/2: 0.629 / Rpim(I) all: 0.491 / Rrim(I) all: 1.087 / Net I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2QKH Resolution: 2.6→19.76 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 28.28
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 169.22 Å2 / Biso mean: 54.6881 Å2 / Biso min: 9.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→19.76 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
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