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- PDB-6o1f: Complex between soybean trypsin inhibitor beta1-tryptase and a hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o1f
タイトルComplex between soybean trypsin inhibitor beta1-tryptase and a humanized fab
要素
  • Heavy Chain hu31A.v11
  • Light Chain hu31A.v11
  • Trypsin inhibitor A
  • Tryptase alpha/beta-1
キーワードIMMUNE SYSTEM/HYDROLASE (免疫系) / Antibody (抗体) / fab / tryptase / inhibitor (酵素阻害剤) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-HYDROLASE complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptase / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site ...Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / 抗体 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trypsin inhibitor A / Tryptase alpha/beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Ultsch, M.H. / Yi, T.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: An Allosteric Anti-tryptase Antibody for the Treatment of Mast Cell-Mediated Severe Asthma.
著者: Maun, H.R. / Jackman, J.K. / Choy, D.F. / Loyet, K.M. / Staton, T.L. / Jia, G. / Dressen, A. / Hackney, J.A. / Bremer, M. / Walters, B.T. / Vij, R. / Chen, X. / Trivedi, N.N. / Morando, A. / ...著者: Maun, H.R. / Jackman, J.K. / Choy, D.F. / Loyet, K.M. / Staton, T.L. / Jia, G. / Dressen, A. / Hackney, J.A. / Bremer, M. / Walters, B.T. / Vij, R. / Chen, X. / Trivedi, N.N. / Morando, A. / Lipari, M.T. / Franke, Y. / Wu, X. / Zhang, J. / Liu, J. / Wu, P. / Chang, D. / Orozco, L.D. / Christensen, E. / Wong, M. / Corpuz, R. / Hang, J.Q. / Lutman, J. / Sukumaran, S. / Wu, Y. / Ubhayakar, S. / Liang, X. / Schwartz, L.B. / Babina, M. / Woodruff, P.G. / Fahy, J.V. / Ahuja, R. / Caughey, G.H. / Kusi, A. / Dennis, M.S. / Eigenbrot, C. / Kirchhofer, D. / Austin, C.D. / Wu, L.C. / Koerber, J.T. / Lee, W.P. / Yaspan, B.L. / Alatsis, K.R. / Arron, J.R. / Lazarus, R.A. / Yi, T.
履歴
登録2019年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptase alpha/beta-1
H: Heavy Chain hu31A.v11
I: Trypsin inhibitor A
L: Light Chain hu31A.v11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4766
ポリマ－98,3524
非ポリマー1242
水7,945441
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8240 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area36720 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)128.520, 128.520, 245.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-425-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AI

#1: タンパク質 Tryptase alpha/beta-1 / Tryptase-1 / Tryptase I / Tryptase alpha-1


分子量: 29211.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPSAB1, TPS1, TPS2, TPSB1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科)
参照: UniProt: Q15661, tryptase
#3: タンパク質 Trypsin inhibitor A / Kunitz-type trypsin inhibitor A


分子量: 21328.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: KTI3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01070

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Heavy Chain hu31A.v11


分子量: 24361.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Light Chain hu31A.v11


分子量: 23451.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 443分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 5% PEG 4000 0.1M lithium sulfate 0.1M Tris pH 7.5 / PH範囲: 6.8-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97395 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月22日 / 詳細: Liquid Nitrogen cooled Dual Crystal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→31.48 Å / Num. obs: 65608 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 40.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.226 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.681 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 6404 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1fvc,4a6l,1avu

1fvc

4a6l

1avu


解像度: 2.15→31.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9504 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9287 / SU R Cruickshank DPI: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.164
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1996 3.04 %RANDOM
Rwork0.1898 ---
obs0.1911 65608 99.72 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2372 Å20 Å20 Å2
2---1.2372 Å20 Å2
3---2.4744 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→31.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6608 0 8 441 7057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016815HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.139303HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2246SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes156HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes990HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6815HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion871SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7839SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 146 3.07 %
Rwork0.2136 4614 -
all0.2152 4760 -
obs--99.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6331-0.4530.03681.3465-0.04780.7498-0.06820.02590.20080.08210.0048-0.2971-0.10040.11850.0634-0.0928-0.0688-0.0491-0.00150.0045-0.050468.265161.232638.7907
21.4480.2563-0.46840.96850.01780.5992-0.08580.1053-0.1881-0.0050.0477-0.02760.10710.0020.0381-0.0667-0.0372-0.00170.028-0.0384-0.073539.644339.240527.5735
32.46680.2177-1.11662.17560.58123.0118-0.27960.489-0.4031-0.03040.11230.21760.5177-0.32960.1673-0.0872-0.16660.0604-0.1007-0.1016-0.063114.954415.597619.673
40.87520.1165-0.27831.5527-0.55583.7253-0.1163-0.0968-0.02180.29370.03290.0235-0.2396-0.24850.0834-0.0323-0.0329-0.0496-0.0265-0.0011-0.131557.548554.122566.1349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|16 - A|400}
2X-RAY DIFFRACTION2{L|1 - L|108 H|1 - H|114}
3X-RAY DIFFRACTION3{L|109 - L|213 H|115 - H|216}
4X-RAY DIFFRACTION4{I|1 - I|177}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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