PDB-6nvr: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nvr

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in Apo form

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacteroides abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.562 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V.M. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDBx/mmCIF形式	6nvr.cif.gz	187.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nvr.ent.gz	148.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6nvr_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nvr_full_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示
XML形式データ	6nvr_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	6nvr_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/6nvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/6nvr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C 3quvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qok-d 6qqu-d 6qo3-d 6qrg-d 6qof-d 6nw7-d 6qo4-d 6qog-d 6qqr-d 6nw6-d 6qrb-d 6qox-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

52.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.724, 79.128, 86.235
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, DDJ36_03475 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2T7GQ66, UniProt: B1MDI3*PLUS, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase

分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
遺伝子: trmD, DDJ36_03475 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2T7GQ66, UniProt: B1MDI3*PLUS, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08 mM Sodium cacodylate pH 6.5 - 7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.56→86.23 Å / Num. obs: 72241 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.06 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 20.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.56-1.65	7.4	0.729	10456	0.835	0.285	0.784	100
4.94-86.23	7.1	0.045	2493	0.998	0.018	0.048	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.12	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QUV

3quv

解像度: 1.562→58.303 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.87

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1943	3548	4.92 %
R_work	0.1806	-	-
obs	0.1813	72159	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.99 Å² / B_iso mean: 35.4464 Å² / B_iso min: 19.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.562→58.303 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3314	0	0	349	3663
B_iso mean	-	-	-	44.06	-
残基数	-	-	-	-	432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3443
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.027	4721
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	614
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.685	1270

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 25 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.5619-1.5833	0.2851	121	0.2466	2764	2885
1.5833-1.6059	0.2605	144	0.237	2683	2827
1.6059-1.6299	0.2544	124	0.2176	2720	2844
1.6299-1.6554	0.2101	133	0.2087	2715	2848
1.6554-1.6825	0.2278	127	0.1985	2735	2862
1.6825-1.7115	0.2104	121	0.2006	2746	2867
1.7115-1.7426	0.2372	145	0.2018	2698	2843
1.7426-1.7762	0.2511	146	0.1973	2716	2862
1.7762-1.8124	0.2038	127	0.1939	2696	2823
1.8124-1.8518	0.2113	140	0.1945	2721	2861
1.8518-1.8949	0.2347	159	0.1821	2754	2913
1.8949-1.9423	0.2309	138	0.1823	2708	2846
1.9423-1.9948	0.195	143	0.1792	2720	2863
1.9948-2.0535	0.2193	169	0.1836	2707	2876
2.0535-2.1198	0.1982	139	0.1861	2727	2866
2.1198-2.1956	0.2213	133	0.1817	2738	2871
2.1956-2.2835	0.1932	140	0.1872	2740	2880
2.2835-2.3874	0.2021	137	0.1836	2759	2896
2.3874-2.5133	0.2075	110	0.1895	2770	2880
2.5133-2.6707	0.2316	148	0.1918	2749	2897
2.6707-2.877	0.2179	172	0.2002	2743	2915
2.877-3.1665	0.2198	145	0.199	2786	2931
3.1665-3.6246	0.1947	159	0.1807	2767	2926
3.6246-4.5663	0.145	177	0.1494	2786	2963
4.5663-58.3435	0.1725	151	0.168	2963	3114

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0883	-0.0659	-0.0042	0.0679	-0.1094	0.2369	-0.0446	-0.6577	0.1243	0.2601	-0.0252	-0.1362	-0.1064	-0.3757	-0.0005	0.3213	0.0034	-0.0205	0.4458	-0.0358	0.3069	-32.2082	-13.2617	22.7664
2	1.7171	0.0091	0.1386	0.6072	-0.5716	1.0944	0.0726	-0.239	-0.0411	0.2254	0.1256	0.012	0.2066	-0.061	0.0001	0.2474	-0.0222	-0.0009	0.3135	0.0172	0.2697	-35.9338	-18.8509	14.3374
3	1.9051	0.2281	0.7543	0.1157	-0.0734	1.4568	-0.0252	-0.0162	0.1299	0.0562	0.0295	0.0027	-0.0638	-0.022	0	0.2203	0.0086	0	0.2057	-0.015	0.2446	-27.319	-10.4236	11.0677
4	0.1368	0.0131	-0.017	0.0977	-0.1205	0.1615	-0.1058	-0.5617	0.1015	0.4095	-0.3137	0.4105	-0.33	-0.0534	-0.0298	0.5296	0.0139	0.1202	0.5109	-0.1766	0.5281	-19.2199	0.8255	26.5516
5	0.0171	-0.034	-0.0366	0.0995	0.0927	0.055	-0.1568	-0.0917	-0.0035	0.1841	-0.1031	-0.1027	-0.1944	-0.1542	0.0003	0.3408	0.0177	-0.0167	0.2667	-0.0236	0.2272	-1.7245	-4.364	36.1894
6	0.699	-0.0464	-0.0793	0.4274	0.1138	0.0373	-0.0101	0.0895	-0.0994	0.0584	0.1312	-0.3061	0.0856	0.2294	0.0001	0.2739	0.0003	-0.009	0.2761	-0.0133	0.2626	3.7745	-2.7598	30.306
7	1.2109	-0.8411	-0.0205	0.887	-0.0472	0.8756	0.0188	-0.1594	-0.1193	0.1915	-0.1474	0.4034	0.149	-0.2766	-0.0001	0.3228	-0.0362	0.009	0.3	0.0235	0.2452	-16.6002	-17.9974	36.0323
8	0.8543	0.3306	0.3908	0.7452	0.4275	0.7307	0.0775	-0.0335	-0.1699	0.1402	0.0525	-0.0936	0.0821	0.0315	-0.0001	0.2935	0.0187	-0.0279	0.2139	-0.0093	0.2361	-5.7237	-19.5453	30.5343
9	0.9337	-0.3574	0.1178	0.89	-0.1355	0.4093	0.0083	0.1037	-0.1148	0.0773	0.0416	-0.047	0.0522	0.0717	0.0001	0.1937	-0.0112	0.0207	0.2014	-0.0242	0.2289	-20.867	-20.4749	12.6292
10	0.3719	0.1588	0.3238	0.7417	-0.4494	0.3503	-0.0942	0.3687	-0.3612	-0.3745	0.2232	-0.3118	-0.0981	0.2266	-0.0006	0.2569	-0.0151	0.0592	0.4979	-0.1498	0.3491	-22.143	-21.7868	-7.2732
11	0.0666	0.0099	0.0426	0.0156	-0.0108	0.014	0.1899	-0.208	0.835	-0.0188	0.0169	-0.3141	-0.3068	-0.4858	-0.0005	0.2636	0.027	0.0483	0.3271	-0.0579	0.3988	-8.0929	-9.922	1.4777

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 62 )	A	20 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 155 )	A	63 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 178 )	A	156 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 179 through 188 )	A	179 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 189 through 227 )	A	189 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 62 )	B	0 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 63 through 131 )	B	63 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 132 through 191 )	B	132 - 191
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 192 through 222 )	B	192 - 222
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 223 through 232 )	B	223 - 232

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)