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- PDB-6nq1: Cryo-EM structure of human TPC2 channel in the apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nq1
タイトルCryo-EM structure of human TPC2 channel in the apo state
要素Two pore calcium channel protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / channel / lysosome
機能・相同性
機能・相同性情報


endosome to lysosome transport of low-density lipoprotein particle / negative regulation of developmental pigmentation / intracellular pH reduction / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / regulation of exocytosis / melanosome membrane / response to vitamin D / endolysosome membrane / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding ...endosome to lysosome transport of low-density lipoprotein particle / negative regulation of developmental pigmentation / intracellular pH reduction / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / regulation of exocytosis / melanosome membrane / response to vitamin D / endolysosome membrane / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / ligand-gated sodium channel activity / lysosome organization / smooth muscle contraction / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / release of sequestered calcium ion into cytosol / sodium ion transmembrane transport / calcium-mediated signaling / calcium channel activity / Stimuli-sensing channels / intracellular calcium ion homeostasis / late endosome membrane / monoatomic ion transmembrane transport / lysosome / regulation of autophagy / endosome membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / lysosomal membrane / protein kinase binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Two pore channel protein 2 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Two pore channel protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者She, J. / Zeng, W. / Guo, J. / Chen, Q. / Bai, X. / Jiang, Y.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079179 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Welch FoundationGrant I-1578
Other governmentthe Cancer Prevention and Research Initiative of Texas
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structural mechanisms of phospholipid activation of the human TPC2 channel.
著者: Ji She / Weizhong Zeng / Jiangtao Guo / Qingfeng Chen / Xiao-Chen Bai / Youxing Jiang /
要旨: Mammalian two-pore channels (TPCs) regulate the physiological functions of the endolysosome. Here we present cryo-EM structures of human TPC2 (HsTPC2), a phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate (PI(3,5) ...Mammalian two-pore channels (TPCs) regulate the physiological functions of the endolysosome. Here we present cryo-EM structures of human TPC2 (HsTPC2), a phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate (PI(3,5)P)-activated, Na selective channel, in the ligand-bound and apo states. The apo structure captures the closed conformation, while the ligand-bound form features the channel in both open and closed conformations. Combined with functional analysis, these structures provide insights into the mechanism of PI(3,5)P-regulated gating of TPC2, which is distinct from that of TPC1. Specifically, the endolysosome-specific PI(3,5)P binds at the first 6-TM and activates the channel - independently of the membrane potential - by inducing a structural change at the pore-lining inner helix (IS6), which forms a continuous helix in the open state but breaks into two segments at Gly317 in the closed state. Additionally, structural comparison to the voltage-dependent TPC1 structure allowed us to identify Ile551 as being responsible for the loss of voltage dependence in TPC2.
履歴
登録2019年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年3月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年3月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02019年3月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年3月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.32025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0478
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two pore calcium channel protein 2
B: Two pore calcium channel protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,3442
ポリマ－171,3442
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area8770 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area64570 Å2

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要素

#1: タンパク質 Two pore calcium channel protein 2 / Voltage-dependent calcium channel protein TPC2


分子量: 85671.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPCN2, TPC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NHX9
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Two-pore channel 2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96361 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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