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- PDB-2vf8: Crystal structure of UvrA2 from Deinococcus radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vf8
タイトルCrystal structure of UvrA2 from Deinococcus radiodurans
要素EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / ZINC-BINDING DOMAIN / SOS RESPONSE / METAL-BINDING / EXCISION NUCLEASE / ZINC-FINGER / ATP-BINDING / DNA-BINDING / DNA EXCISION / ZINC / CYTOPLASM / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / ABC PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease repair complex / nuclease activity / nucleotide-excision repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ABC transporter ATPase domain-like / ABC transporter ATPase like fold / ABC transporter ATPase like domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter ATPase domain-like / ABC transporter ATPase like fold / ABC transporter ATPase like domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / UvrABC system protein A
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Timmins, J. / Gordon, E. / Caria, S. / Leonard, G. / Kuo, M.S. / Monchois, V. / McSweeney, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural and Mutational Analyses of Deinococcus Radiodurans Uvra2 Provide Insight Into DNA Binding and Damage Recognition by Uvras.
著者: Timmins, J. / Gordon, E. / Caria, S. / Leonard, G. / Acajjaoui, S. / Kuo, M.S. / Monchois, V. / Mcsweeney, S.
履歴
登録2007年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT A
B: EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,16319
ポリマ－183,3292
非ポリマー2,83417
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9388
ポリマ－91,6651
非ポリマー1,2737
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,22511
ポリマ－91,6651
非ポリマー1,56110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)149.632, 171.040, 204.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEGLUGLU5AA10 - 14010 - 140
21PHEPHEGLUGLU5BB10 - 14010 - 140
12VALVALGLYGLY4AA160 - 280160 - 280
22VALVALGLYGLY4BB160 - 280160 - 280
13LEULEULEULEU5AA295 - 485295 - 485
23LEULEULEULEU5BB295 - 485295 - 485
14ALAALAARGARG5AA500 - 842500 - 842
24ALAALAARGARG5BB500 - 842500 - 842

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.249, 0.906, -0.342), (0.894, 0.08, -0.44), (-0.371, -0.416, -0.83)
ベクター: -21.21179, 107.09262, 223.92561)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT A / UVRA2


分子量: 91664.555 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 81-922 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
プラスミド: PLX02 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RYW8

-
非ポリマー , 5種, 119分子

#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 826 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 826 TO ARG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.86 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.2
詳細: 17% PEG 3000, 0.1M CITRATE PH 5.2, 125MM AMMONIUM SULPHATE AND 1MM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.2825
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2825 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 50546 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VF7

2vf7


解像度: 3→102.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 41.8 / SU ML: 0.378 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.471 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 2543 5 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.221 47950 96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.19 Å20 Å20 Å2
2--7.13 Å20 Å2
3----2.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→102.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12569 0 157 102 12828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02213012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9641.98717719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.551639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.04923.058582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.389152066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.98315128
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.21968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2770.27093
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.28654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.721.58342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.269213100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.48235220
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.514.54617
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1516medium positional0.410.5
2968medium positional0.540.5
3764medium positional0.350.5
41282medium positional0.560.5
1460loose positional1.115
3719loose positional0.655
41116loose positional0.915
1516medium thermal0.992
2968medium thermal0.442
3764medium thermal0.962
41282medium thermal1.082
1460loose thermal1.8810
3719loose thermal2.2510
41116loose thermal2.2310
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 186 -
Rwork0.316 3551 -
obs--97.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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