PDB-4elg: Structure-activity relationship guides enantiomeric preference am...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4elg

タイトル

Structure-activity relationship guides enantiomeric preference among potent inhibitors of B. anthracis dihydrofolate reductase

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / dihydrofolate reductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Bourne, C.R. / Barrow, W.W.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Structure-activity relationship for enantiomers of potent inhibitors of B. anthracis dihydrofolate reductase.
著者: Bourne, C.R. / Wakeham, N. / Nammalwar, B. / Tseitin, V. / Bourne, P.C. / Barrow, E.W. / Mylvaganam, S. / Ramnarayan, K. / Bunce, R.A. / Berlin, K.D. / Barrow, W.W.

履歴

登録	2012年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4elg.cif.gz	597.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4elg.ent.gz	494.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4elg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4elg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4elg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4elbC 4eleC 4elfC 4elhC 3fl8S 3elb 3ele 3elf 3fl9 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4elh-2 4elf-8 4elh-3 4ele-4 4elf-7 4ele-8 4elh-5 3fl9-4 4elf-5 4elb-7 4elb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

B: Dihydrofolate reductase

C: Dihydrofolate reductase

D: Dihydrofolate reductase

E: Dihydrofolate reductase

F: Dihydrofolate reductase

G: Dihydrofolate reductase

H: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

163 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

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20.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

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4

D: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

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5

E: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

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6

F: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

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7

G: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

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8

H: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.151, 135.655, 168.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 19615.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: A thrombin cut site was engineered between the C-terminus and the 6 x His tag 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS2083, BA_2237, dfrA, DHFR, GBAA_2237 / プラスミド: pCR-T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q81R22, dihydrofolate reductase

#1: タンパク質

Dihydrofolate reductase

分子量: 19615.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A thrombin cut site was engineered between the C-terminus and the 6 x His tag
由来: (組換発現)

Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS2083, BA_2237, dfrA, DHFR, GBAA_2237 / プラスミド: pCR-T7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q81R22, dihydrofolate reductase

-
非ポリマー , 5種, 1284分子

#2: 化合物	ChemComp-52J / (2E)-3-{5-[(2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl]-2,3-dimethoxyphenyl}-1-[(1S)-1-(2-methylpropyl)phthalazin-2(1H)-yl]prop-2-en-1-one / (S,E)-3-(5-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,3-dimethoxyphenyl)-1-(1-isobutylphthalazin-2(1H)-yl)prop-2-en-1-one 分子量: 500.592 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₂N₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-52I / (2E)-3-{5-[(2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl]-2,3-dimethoxyphenyl}-1-[(1R)-1-(2-methylpropyl)phthalazin-2(1H)-yl]prop-2 -en-1-one / (R,E)-3-(5-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,3-dimethoxyphenyl)-1-(1-isobutylphthalazin-2(1H)-yl)prop-2-en-1-one 分子量: 500.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₂N₆O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 16-22% PEG 3350, 0.2M CaCl2, 0.1M MES, +/- 3% glycerol , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48 Å / Num. obs: 87128 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 9.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3FL8

3fl8

解像度: 2.101→48 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2561	3842	2.29 %
R_work	0.1935	-	-
obs	0.1949	86863	95.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 30.182 Å² / k_sol: 0.308 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.749 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.1969 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.946 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11034	0	386	1258	12678

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	11782
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.124	15998
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.544	4451
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1602
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2023

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1014-2.128	0.38	115	0.2824	5049	X-RAY DIFFRACTION	79
2.128-2.156	0.402	138	0.3024	5786	X-RAY DIFFRACTION	91
2.156-2.1856	0.3824	133	0.2661	5824	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1856-2.2168	0.3153	136	0.2506	5749	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2168-2.2499	0.3024	138	0.2281	5841	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2499-2.285	0.3097	141	0.2412	5994	X-RAY DIFFRACTION	94
2.285-2.3225	0.3	146	0.221	6020	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3225-2.3625	0.3175	146	0.2135	6046	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3625-2.4055	0.3062	145	0.2148	6107	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4055-2.4518	0.2901	143	0.2165	6087	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4518-2.5018	0.3275	142	0.2208	6097	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5018-2.5562	0.3095	142	0.2123	6140	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5562-2.6157	0.2727	143	0.208	6140	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6157-2.6811	0.2802	138	0.2062	6127	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6811-2.7535	0.3405	147	0.2155	6294	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7535-2.8346	0.2818	149	0.2063	6282	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8346-2.926	0.2689	147	0.1978	6238	X-RAY DIFFRACTION	99
2.926-3.0306	0.3121	147	0.2033	6239	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0306-3.1519	0.244	150	0.2044	6299	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1519-3.2953	0.2558	148	0.1898	6185	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2953-3.469	0.2258	150	0.1973	6244	X-RAY DIFFRACTION	98
3.469-3.6863	0.2576	145	0.1952	6246	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6863-3.9708	0.2311	143	0.1721	6226	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9708-4.3702	0.2289	142	0.146	6212	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3702-5.002	0.1553	141	0.1242	6151	X-RAY DIFFRACTION	97
5.002-6.2997	0.1917	146	0.1694	6142	X-RAY DIFFRACTION	97
6.2997-48.0878	0.2374	141	0.2127	5899	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4914	0.1376	-0.7673	2.7902	-1.6572	5.8063	0.0275	-0.0011	0.093	0.0711	-0.0246	-0.0141	-0.3395	0.3493	0.0026	0.1449	-0.0217	-0.0207	0.2299	-0.0294	0.2226	16.5884	-30.471	-4.6193
2	0.6849	-0.3443	0.2132	2.4083	-0.6637	3.4185	0.0239	0.0627	0.05	-0.3301	-0.0284	-0.0278	-0.2126	0.0217	0.0045	0.1313	-0.0003	-0.0086	0.1963	0.0012	0.2065	14.5436	-33.0564	-10.0045
3	6.838	9.2171	6.8133	2.0169	8.1551	7.8409	0.039	-0.7702	0.1243	1.2133	-0.4204	0.68	0.0476	-0.5331	0.3448	0.5179	0.1054	-0.1808	0.3778	-0.1288	0.4635	4.5866	-52.6386	-22.623
4	0.1208	-0.5711	0.5349	2.3092	-1.8363	3.4633	-0.0243	0.0705	-0.1086	-0.3917	-0.0449	-0.2606	0.3087	0.4277	0.051	0.1842	0.0051	0.0471	0.2613	-0.0169	0.2356	14.1145	-5.0007	5.5567
5	0.7034	0.3398	-0.1377	1.4945	-1.5977	3.5115	-0.0033	0.0722	0.0242	0.0017	0.0274	0.0237	0.0907	-0.1517	-0.0203	0.1107	0.0083	0.0204	0.2033	-0.007	0.2058	10.528	0.1154	9.1422
6	2.0022	-6.8842	-9.7798	7.5912	5.6764	2.0052	-0.2631	0.5919	-2.5388	-0.2068	0.2235	-0.2294	1.9395	0.7807	0.1535	0.5778	0.1677	0.067	0.5249	-0.2714	0.8439	3.0261	20.3657	23.9812
7	2.0182	-0.3923	0.7949	0.1504	0.3515	3.7561	0.0268	-0.2053	0.0166	0.2432	0.0707	0.0313	0.037	-0.171	-0.0892	0.3356	0.0502	0.0032	0.157	-0.0019	0.2071	16.1499	-35.14	36.7248
8	0.9614	0.3383	1.1273	1.0493	0.5759	3.5777	0.0117	-0.0227	-0.1214	0.2897	0.0461	0.0328	0.2662	-0.0911	-0.0527	0.2495	0.0356	0.0202	0.1428	-0.0146	0.2007	19.3253	-38.7443	31.8828
9	2.0087	5.0238	0.1363	2.2512	2.5458	1.9999	-0.3611	-0.2579	-0.6844	0.3943	0.1064	0.8791	0.6548	0.0123	0.2178	0.8128	-0.0726	0.1887	0.3033	-0.0531	0.4788	41.8435	-48.5353	18.2473
10	6.0858	-1.1179	-3.898	1.679	0.4313	6.524	0.2179	-0.0752	0.5641	0.1592	0.0375	-0.0633	-0.9957	-0.5036	-0.1994	0.3476	0.0658	-0.0285	0.1993	-0.0089	0.2668	6.8202	34.6631	-4.1444
11	0.5687	-0.8335	0.1103	1.8783	-1.2901	4.6014	-0.0364	-0.0789	0.1406	0.0765	-0.0693	-0.0974	-0.7344	0.2468	0.0989	0.2515	-0.0382	-0.0438	0.2149	-0.0104	0.2043	12.541	34.2358	-9.1934
12	2.0005	-5.6936	1.9996	9.5929	-2.7928	2.0024	-0.8728	-0.4036	2.7565	0.5777	0.2244	0.1743	-0.7015	-1.0592	0.6264	0.5104	0.2294	-0.0665	1.1169	-0.3798	0.9127	2.6813	11.2689	-25.1589
13	1.3302	0.0375	1.0724	1.2843	-0.2864	2.7393	-0.0254	-0.14	0.1903	0.0475	-0.0638	0.1389	-0.7199	-0.5959	0.0695	0.4595	0.1108	0.0064	0.2819	-0.0204	0.2123	11.4424	31.6957	36.6298
14	1.3799	0.4626	0.3587	1.0765	0.7332	3.7252	-0.0288	0.196	0.0185	0.0077	-0.0207	0.061	-0.4433	-0.2861	0.0425	0.3593	0.0499	-0.0442	0.1666	-0.005	0.1983	15.647	27.8936	32.2089
15	3.9613	0.3667	-1.571	1.9239	-4.2801	9.6775	-0.5132	0.831	-0.8467	0.3868	-1.198	2.4294	0.3878	-2.1844	1.6452	0.6751	-0.1774	0.323	0.5435	-0.307	0.866	37.1709	20.907	17.7643
16	0.3103	-0.5029	0.606	2.6435	-0.5149	2.5544	-0.0958	-0.2754	0.0059	0.1575	0.1976	0.3068	0.1742	-0.5678	-0.1192	0.1426	-0.0309	0.0197	0.4484	-0.0421	0.2518	-18.2448	-7.7432	40.9666
17	1.0812	0.3722	1.3463	0.7244	-0.0468	3.1885	-0.0675	-0.1503	0.071	-0.0181	-0.02	0.1198	-0.0839	-0.3745	0.0825	0.1385	0.0139	0.0191	0.2882	-0.0701	0.2099	-18.559	-4.0423	33.4857
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19	0.9821	-0.4976	0.2472	1.4985	-0.7315	3.8875	-0.0861	0.156	0.2183	0.1797	-0.0668	-0.1232	-0.3817	0.2459	0.1599	0.1663	-0.0496	-0.0512	0.2389	-0.0139	0.2577	-19.2786	3.2363	-4.0745
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21	0.8133	-2.0165	0.6743	2.0144	9.8662	2.0098	0.3058	-0.2291	0.7456	0.1502	-0.3422	-0.0471	-0.1072	-0.9394	0.0264	0.4965	-0.0888	-0.0249	0.484	-0.1013	0.3598	-28.6456	-22.0558	-22.609
22	2.202	0.0832	1.097	1.0332	-0.4937	5.5637	-0.2331	0.0103	0.0765	0.1963	0.0077	-0.4466	-0.545	0.9486	0.1962	0.231	-0.0487	-0.0597	0.3181	0.0265	0.2879	21.0488	-1.864	47.137
23	1.9278	-0.7756	0.9499	2.3406	-0.9083	5.2076	-0.2135	-0.4027	0.0711	0.4421	0.0452	-0.1968	-0.1953	0.2418	0.128	0.1964	0.0199	-0.0128	0.2523	-0.0028	0.2046	16.0559	-5.0876	51.2724
24	2.0063	7.8838	-5.7429	2.0015	-7.9097	2.0074	-0.3543	0.3484	-0.4675	-0.9393	0.3735	-1.8109	0.9649	1.5663	0.0861	0.5912	0.0518	0.2507	0.6375	0.1031	0.5745	-3.6748	-13.1715	67.6958

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:55)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 56:159)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 160:166)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 1:65)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 66:161)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 162:166)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 1:59)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 60:161)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 162:166)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid 1:23)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resid 24:161)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 162:166)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain E and resid 1:62)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain E and resid 63:161)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain E and resid 162:166)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain F and resid 1:29)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain F and resid 30:160)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain F and resid 161:166)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain G and resid 1:60)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain G and resid 61:160)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain G and resid 161:166)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain H and resid 1:65)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain H and resid 66:161)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain H and resid 162:166)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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