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Yorodumi- PDB-4elb: Structure-activity relationship guides enantiomeric preference am... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4elb | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure-activity relationship guides enantiomeric preference among potent inhibitors of B. anthracis dihydrofolate reductase | ||||||
Components | Dihydrofolate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / dihydrofolate reductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationdihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Bourne, C.R. / Barrow, W.W. | ||||||
Citation | Journal: Biochim.Biophys.Acta / Year: 2013Title: Structure-activity relationship for enantiomers of potent inhibitors of B. anthracis dihydrofolate reductase. Authors: Bourne, C.R. / Wakeham, N. / Nammalwar, B. / Tseitin, V. / Bourne, P.C. / Barrow, E.W. / Mylvaganam, S. / Ramnarayan, K. / Bunce, R.A. / Berlin, K.D. / Barrow, W.W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4elb.cif.gz | 579.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4elb.ent.gz | 481.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4elb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4elb_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4elb_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | Display | |
| Data in XML | 4elb_validation.xml.gz | 68.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 4elb_validation.cif.gz | 86.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4elb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4elb | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4eleC ![]() 4elfC ![]() 4elgC ![]() 4elhC ![]() 3fl8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules AHCBGFDE
| #1: Protein | Mass: 19615.453 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: A thrombin cut site was engineered between the C-terminus and the 6 x His tag Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 646 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-34S / ( #5: Chemical | ChemComp-34R / ( #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.07 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.8 Details: 16-22% PEG 3350, 0.2M CaCl2, 0.1M MES, +/- 3% glycerol, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: BRUKER AXS MICROSTAR / Wavelength: 1.54 Å |
|---|---|
| Detector | Type: Bruker Platinum 135 / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2010 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 48511 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.192 / Net I/σ(I): 14.8 |
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Processing
| Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.7.1_743) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 3FL8 Resolution: 2.6→47.94 Å / SU ML: 1.13 / σ(F): 1.49 / Phase error: 31.45 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.858 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→47.94 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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