PDB-6npq: Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase at 298 K XFEL data

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6npq

タイトル

Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase at 298 K XFEL data

要素

Isonitrile hydratase InhA

キーワード

LYASE / ThiJ/PfpI / DJ-1 superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Dasgupta, M. / van den Bedem, H. / Wilson, M.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Mix-and-inject XFEL crystallography reveals gated conformational dynamics during enzyme catalysis.
著者: Dasgupta, M. / Budday, D. / de Oliveira, S.H.P. / Madzelan, P. / Marchany-Rivera, D. / Seravalli, J. / Hayes, B. / Sierra, R.G. / Boutet, S. / Hunter, M.S. / Alonso-Mori, R. / Batyuk, A. / ...

履歴

登録	2019年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6npq.ent.gz	218.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6npq_validation.pdf.gz	435.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
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CIF形式データ	6npq_validation.cif.gz	29.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6npq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6npq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ni4C 6ni5C 6ni6C 6ni7C 6ni9C 6niaC 6undC 6unfC 3nonS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6unf-d 6foq-1 7lav-1 6ni4-1 6fyg-1 6foq-2 6xcq-d 4j1q-d 6fyf-1 5xao-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isonitrile hydratase InhA

B: Isonitrile hydratase InhA

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.879, 57.677, 68.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.740, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Isonitrile hydratase InhA 分子量: 24180.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Isonitrile hydratase InhA

分子量: 24180.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.8 詳細: 31% PEG 3350, 250 mM MgCl2, 125 mM Tris-HCl, 2 mM DTT

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データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.3 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→20.13 Å / Num. obs: 60075 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 50.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.38 Å² / CC_1/2: 0.962 / R split: 0.196 / Net I/σ(I): 60.5
反射シェル	解像度: 1.55→1.57 Å / 冗長度: 6.3 % / Num. unique obs: 2983 / CC_1/2: 0.16 / R split: 0.862 / % possible all: 99.8
Serial crystallography measurement	Focal spot size: 5 µm² / Pulse photon energy: 9.5 keV / XFEL pulse repetition rate: 10 Hz
Serial crystallography sample delivery	解説: coMESH / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	Flow rate: 0.3 µL/min / Injector diameter: 100 µm
Serial crystallography data reduction	Frame hits: 23669 / Frames indexed: 21834

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
cctbx.xfel		データ削減
cctbx.prime		データスケーリング
PHENIX	1.16_3549	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NON

3non

解像度: 1.55→20.13 Å / SU ML: 0.2031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.374

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1865	2002	3.36 %
R_work	0.1595	-	-
obs	0.1604	59628	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→20.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3368	0	0	298	3666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0046	3558
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7765	4883
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0484	574
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	654
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8924	2143

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.3319	144	0.311	4079	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.59-1.63	0.3194	143	0.2769	4109	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.63-1.68	0.2758	142	0.2448	4086	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.68-1.73	0.2491	142	0.2234	4079	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.8	0.2408	147	0.2095	4090	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.8-1.87	0.239	132	0.1916	4130	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.87-1.95	0.219	147	0.177	4088	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.06	0.1895	135	0.1705	4106	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.18	0.1788	146	0.1569	4111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.35	0.1596	138	0.1448	4127	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.59	0.1846	148	0.1494	4120	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.59-2.96	0.1718	142	0.1539	4119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.73	0.1771	146	0.1384	4164	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-20.13	0.1504	150	0.1293	4218	X-RAY DIFFRACTION	99.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.35835755692	-0.496673734052	-0.903037584215	3.07130316213	0.480338928563	2.16088451543	0.0532003997858	0.328984105044	0.101116860151	-0.186434524225	0.0308333987621	0.157466254138	-0.0989388611928	-0.187491475668	-0.0676470248732	0.116188191067	-0.011386507739	-0.0115638383188	0.145056686128	0.0295706067209	0.137353858798	-1.97030254014	21.6743187991	16.7026637243
2	7.91919703806	-0.466631032438	0.312205792827	1.22726364696	-1.97258691019	3.6372050273	0.112457891848	0.13501352946	0.453014426655	0.134461052797	-0.0298611397038	0.00829095152985	-0.328150111608	-0.0418101082803	-0.0744330611652	0.188316593314	-0.0103544647235	-0.00073273077598	0.0954305029288	-0.0222208451905	0.149435964663	4.48209251231	30.0399018137	23.5408768823
3	1.08464088682	1.18935222657	-0.802091464475	1.78925793738	-0.228598963311	1.76991810375	0.0218633337178	0.1152151037	0.235923317738	0.0474859878122	0.0839757226427	0.315167340726	-0.274575802005	-0.183340815685	-0.0697854947668	0.14046361438	0.0362642939118	0.000120131762661	0.142788576163	0.0202069618479	0.180319261466	-6.01706152342	24.7573027898	26.0976936634
4	6.23404014996	2.60799625899	2.88829874612	8.19342709338	5.45155688033	8.34932750868	-0.0355154893138	0.268817778251	0.200534386755	-0.161922627435	-0.0466398517106	0.383662156067	-0.345696061885	-0.757213730395	0.108808987331	0.135379673012	0.0416491910603	0.0218561235031	0.261308668351	0.0543762046912	0.210935282759	-13.8702203628	24.6863895667	27.0874125238
5	1.71166159071	-0.282587001515	-0.660054985882	3.19016098756	-0.180346835585	2.39258472635	-0.0116415361106	0.0719185531354	-0.0356414015315	0.0812056097294	0.00754155477801	0.237899150066	0.114358114316	-0.230521388272	0.00770739545515	0.118442951121	-0.0207717093709	0.00257022167021	0.150938060047	-0.00398068123426	0.144736811257	-8.60871513739	12.6674515588	29.4963776189
6	3.61488457184	0.153963282962	-1.46042480019	2.26119669271	-0.480625855914	2.02544005823	-0.10993479434	0.081342394223	-0.0397054992674	-0.00545815826957	0.0217445826916	0.208395136438	0.185002808444	-0.108249830538	0.0606967175809	0.155958962394	-0.0247113709881	0.0148798867447	0.128997894774	0.00113713704112	0.177463913304	-6.09391094244	6.98002301603	29.3206087974
7	8.3561197753	-2.08903628217	5.3994363752	3.49831702514	-1.25314135204	3.58587824808	-0.0489112697547	-0.109455019641	-0.0362318709336	-0.076741007828	-0.0266507577542	0.336391977743	0.0319971401025	-0.414184573814	0.0646606100531	0.173970868725	-0.00952701251022	0.00525917479915	0.202052492817	-0.00183454832217	0.183885646338	-4.07422163549	10.3019663585	15.6034763128
8	2.29542201554	-1.56311318081	-1.49325186728	1.09534350582	0.974478673752	2.25929786692	0.0958901309091	0.14361010293	0.0640728893614	-0.292057153134	-0.0492312729109	0.26194492302	-0.00733704735774	-0.292161459627	-0.0803898366521	0.230751859028	-0.0377176327359	-0.0464941658528	0.241859472599	-0.0264688402192	0.224475209627	-3.65426074659	9.82899732867	4.15180410451
9	1.55619367805	-0.896012483304	1.22570511646	1.39136496187	-2.09518393181	6.77534351647	-0.0639747033728	-0.132097329416	-0.0637737200161	0.042436312648	0.0805998643512	-0.0261017856679	0.147069660877	0.0637533719518	-0.0157851840187	0.15004160581	0.0137657252163	-0.00390811961277	0.135012551912	0.00505422844209	0.190674031103	11.9195995691	2.93496699511	26.4268227337
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13	8.19807317978	0.174288566814	1.21008701082	1.89076391191	1.84799015767	5.06568225854	-0.0429335679599	-0.391260832832	0.443224987072	-0.12349515305	0.109451991927	-0.0223710411142	-0.49058834962	0.0419688499139	-0.0960119716646	0.230114076557	0.00720897421003	-0.00516008202947	0.11475794347	-0.000188146788974	0.169653811123	11.5166858402	30.9018106171	11.6713982831
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17	2.41464506639	0.0145855051216	-0.138915947723	2.03547273057	-1.62155724292	3.30577331185	-0.0684066875525	-0.184990273419	-0.142264957826	0.0616812589406	-0.139211878748	-0.302631985903	0.0430947503461	0.423055842672	0.183027540532	0.145302274689	0.0227188051318	-0.00646301997559	0.163375162107	0.0274459586325	0.196331794205	17.7000649212	7.6480595121	20.6123490177
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19	9.56391881446	3.75258236812	0.570183153016	6.34177749423	-0.00313440687954	4.76829230938	-0.309304864006	0.546853523747	0.088403319164	-0.518381529966	0.322691674564	0.0889650335975	-0.199540132774	0.025432083873	0.0059806565163	0.321573851197	-0.0328859933759	0.0376157973779	0.206238340568	0.00173059504996	0.140134440343	17.5615400196	20.0381387161	-10.1091698774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 80 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 81 through 95 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 96 through 121 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 122 through 151 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 152 through 166 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 167 through 178 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 179 through 207 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 208 through 227 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid -2 through 14 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 15 through 36 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 37 through 53 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 54 through 109 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 110 through 121 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 122 through 151 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 152 through 178 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 179 through 207 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 208 through 227 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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