PDB-6fyg: The crystal structure of EncM V135T mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fyg

タイトル

The crystal structure of EncM V135T mutant

要素

Putative FAD-dependent oxygenase EncM

キーワード

FLAVOPROTEIN / monooxygenase / flavin-N5-oxide / FAD / EncM / oxygenating species / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD binding / oxidoreductase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces maritimus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Saleem-Batcha, R. / Teufel, R.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Enzymatic control of dioxygen binding and functionalization of the flavin cofactor.
著者: Saleem-Batcha, R. / Stull, F. / Sanders, J.N. / Moore, B.S. / Palfey, B.A. / Houk, K.N. / Teufel, R.

履歴

登録	2018年3月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fyg.cif.gz	360.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fyg.ent.gz	295.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fyg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fyg_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fyg_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6fyg_validation.xml.gz	67.5 KB	表示
CIF形式データ	6fyg_validation.cif.gz	92.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fyg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6foqC 6fowC 6fp3C 6fy8C 6fy9C 6fyaC 6fybC 6fycC 6fydC 6fyeC 6fyfC 4xloS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6foq-2 6fyf-1 4j1q-d 4u5q-1 6fy9-d 6npq-d 2xry-d 6fyf-3 5xao-1 6fy8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

B: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

C: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

D: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

203 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.806, 174.229, 131.773
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

#1: タンパク質	Putative FAD-dependent oxygenase EncM 分子量: 50076.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces maritimus (バクテリア) 遺伝子: encM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KHK2
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M HEPES-Na, 0.2M Calcium Acetate, 20% - 30% PEG 3350, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99997 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→48.69 Å / Num. obs: 61948 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.55→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11rc1_2513: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XLO

4xlo

解像度: 2.55→48.686 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	2988	4.83 %
R_work	0.2007	-	-
obs	0.2029	61887	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.686 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14004	0	212	412	14628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	14600
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.795	19940
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.368	5140
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	2160
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2596

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.5918	0.3509	138	0.2613	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5918-2.6365	0.3421	153	0.2478	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6365-2.6845	0.331	153	0.2374	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6845-2.7361	0.3134	145	0.2354	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7361-2.7919	0.2664	132	0.2237	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7919-2.8526	0.3147	161	0.213	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8526-2.919	0.2577	129	0.2183	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.919-2.992	0.2918	133	0.2237	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.992-3.0729	0.3144	138	0.229	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0729-3.1633	0.2716	159	0.2272	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1633-3.2653	0.2421	144	0.2175	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2653-3.382	0.2507	154	0.2061	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.382-3.5174	0.2721	144	0.2104	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5174-3.6774	0.237	128	0.1943	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6774-3.8712	0.224	138	0.1893	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8712-4.1137	0.1976	141	0.1773	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1137-4.4311	0.2278	129	0.1722	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4311-4.8766	0.1829	169	0.1499	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8766-5.5814	0.1808	123	0.1725	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5814-7.0286	0.2311	139	0.2051	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0286-48.6944	0.1975	138	0.1931	2943	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)