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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nl6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mutant B1 immunoglobulin-binding domain of Streptococcal Protein G (T16F, T18A, V21E, T25L, K28Y, V29I, K31R, Q32H, Y33L, N35K, D36H, N37Q) | ||||||
要素 | Immunoglobulin G-binding protein G | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / Metal-mediated complex / B1 Domain of Streptococcal protein G / Immunoglobulin binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Huxford, T. / Stec, B. / Maniaci, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019 タイトル: Design of High-Affinity Metal-Controlled Protein Dimers. 著者: Maniaci, B. / Lipper, C.H. / Anipindi, D.L. / Erlandsen, H. / Cole, J.L. / Stec, B. / Huxford, T. / Love, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nl6.cif.gz | 123.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nl6.ent.gz | 94.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nl6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nl6_validation.pdf.gz | 4.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6nl6_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6nl6_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nl6_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nl6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 6348.063 Da / 分子数: 4 変異: T16F, T18A, V21E, T25L, K28Y, V29I, K31R, Q32H, Y33L, D36H, N35K, D36A, N37Q 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus (バクテリア) / 遺伝子: spg / プラスミド: pET21a / 詳細 (発現宿主): T7 expression / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P19909 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.33 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 70 mM acetic Acid pH 3.6, 30 mM acetic acid pH 5.8, 30% 2,4-methylpentanediol, 100 mM NaCl, and 20 mM zinc sulfate PH範囲: 3.6 - 5.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.00002 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月15日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.00002 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.4→37.38 Å / Num. obs: 42380 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.8 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Num. unique obs: 2092 / % possible all: 70.44 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1PGA 解像度: 1.4→37.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.131 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.015 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.271 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.4→37.38 Å
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拘束条件 |
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