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万見
- PDB-6nl6: Crystal structure of mutant B1 immunoglobulin-binding domain of S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nl6
タイトルCrystal structure of mutant B1 immunoglobulin-binding domain of Streptococcal Protein G (T16F, T18A, V21E, T25L, K28Y, V29I, K31R, Q32H, Y33L, N35K, D36H, N37Q)
要素Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードDE NOVO PROTEIN / Metal-mediated complex / B1 Domain of Streptococcal protein G / Immunoglobulin binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Huxford, T. / Stec, B. / Maniaci, B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Design of High-Affinity Metal-Controlled Protein Dimers.
著者: Maniaci, B. / Lipper, C.H. / Anipindi, D.L. / Erlandsen, H. / Cole, J.L. / Stec, B. / Huxford, T. / Love, J.J.
履歴
登録2019年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G
B: Immunoglobulin G-binding protein G
C: Immunoglobulin G-binding protein G
D: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,92714
ポリマ－25,3924
非ポリマー53410
水4,756264
1
A: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4132
ポリマ－6,3481
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6156
ポリマ－6,3481
非ポリマー2675
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4493
ポリマ－6,3481
非ポリマー1012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4493
ポリマ－6,3481
非ポリマー1012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.292, 48.292, 83.341
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: 抗体
Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 6348.063 Da / 分子数: 4
変異: T16F, T18A, V21E, T25L, K28Y, V29I, K31R, Q32H, Y33L, D36H, N35K, D36A, N37Q
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus (バクテリア) / 遺伝子: spg / プラスミド: pET21a / 詳細 (発現宿主): T7 expression / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P19909
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 70 mM acetic Acid pH 3.6, 30 mM acetic acid pH 5.8, 30% 2,4-methylpentanediol, 100 mM NaCl, and 20 mM zinc sulfate
PH範囲: 3.6 - 5.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.501
11K, H, -L20.499
反射解像度: 1.4→37.38 Å / Num. obs: 42380 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Num. unique obs: 2092 / % possible all: 70.44

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PGA

1pga


解像度: 1.4→37.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.131 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.015 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21447 2082 5.1 %RANDOM
Rwork0.14499 ---
obs0.14859 38948 95.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.271 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.41 Å2-0 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→37.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1792 0 10 264 2066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0370.0191950
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.1771.9382658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.69934248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7385251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.99724.89494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.99215352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.928154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1850.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.022198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1861.357928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1871.356927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6292.0471158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6272.0481159
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7391.7411022
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7291.7411019
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7982.4691481
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.56513.682581
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.42613.2122490
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.59233776
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.224587
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.47153905
LS精密化 シェル解像度: 1.399→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 150 -
Rwork0.172 2092 -
obs--70.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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