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- PDB-6nha: Crystal structure of SYNT001, a human FcRn blocking monoclonal an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nha
タイトルCrystal structure of SYNT001, a human FcRn blocking monoclonal antibody
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • IgG receptor FcRn large subunit p51
  • SYNT001-Fab heavy chain
  • SYNT001-Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / FcRn / B2M / Circulating IgG and IgG immune complex / SYNT001
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IgG receptor FcRn large subunit p51 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.381 Å
データ登録者Blumberg, R.S. / Cheung, J. / Mahmood, A. / Gandhi, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Blocking FcRn in humans reduces circulating IgG levels and inhibits IgG immune complex-mediated immune responses.
著者: Blumberg, L.J. / Humphries, J.E. / Jones, S.D. / Pearce, L.B. / Holgate, R. / Hearn, A. / Cheung, J. / Mahmood, A. / Del Tito, B. / Graydon, J.S. / Stolz, L.E. / Bitonti, A. / Purohit, S. / ...著者: Blumberg, L.J. / Humphries, J.E. / Jones, S.D. / Pearce, L.B. / Holgate, R. / Hearn, A. / Cheung, J. / Mahmood, A. / Del Tito, B. / Graydon, J.S. / Stolz, L.E. / Bitonti, A. / Purohit, S. / de Graaf, D. / Kacena, K. / Andersen, J.T. / Christianson, G.J. / Roopenian, D.C. / Hubbard, J.J. / Gandhi, A.K. / Lasseter, K. / Pyzik, M. / Blumberg, R.S.
履歴
登録2018年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IgG receptor FcRn large subunit p51
B: Beta-2-microglobulin
L: SYNT001-Fab light chain
H: SYNT001-Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4047
ポリマ－89,7824
非ポリマー6223
水2,990166
1
A: IgG receptor FcRn large subunit p51
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子

L: SYNT001-Fab light chain
H: SYNT001-Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4047
ポリマ－89,7824
非ポリマー6223
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area36680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.830, 77.664, 215.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 IgG receptor FcRn large subunit p51 / FcRn / IgG Fc fragment receptor transporter alpha chain / Neonatal Fc receptor


分子量: 31072.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#3: 抗体 SYNT001-Fab light chain


分子量: 23445.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 SYNT001-Fab heavy chain


分子量: 23515.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 2種, 169分子

#5: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1M CHES pH 9.5 50% polyethylene glycol 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→200 Å / Num. obs: 41525 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.5461.81616560.4470.7771.9810.53485.5
2.54-2.596.41.43916590.5320.5921.560.55387.1
2.59-2.646.41.22416370.6490.5011.3260.56184.9
2.64-2.696.30.99216820.740.4061.0740.55886.3
2.69-2.756.40.86116450.7970.3520.9320.57685.1
2.75-2.826.30.70216450.8470.2870.760.57785.1
2.82-2.896.40.5516500.9070.2260.5960.60685.9
2.89-2.966.30.42216880.9340.1730.4570.62186.8
2.96-3.056.30.31616920.9660.1310.3430.63688.1
3.05-3.156.30.23617260.9790.0970.2560.67687.9
3.15-3.266.10.18417970.9860.0770.20.78391.9
3.26-3.396.10.14318790.9890.060.1550.85696
3.39-3.556.20.11118990.9930.0470.1210.96798.3
3.55-3.736.30.09519660.9930.040.1031.11999.5
3.73-3.976.60.08719350.9940.0360.0941.29499.6
3.97-4.276.80.07319770.9970.030.0791.509100
4.27-4.7170.06219980.9970.0250.0671.731100
4.71-5.3970.05819950.9970.0240.0631.726100
5.39-6.796.80.05820400.9970.0240.0631.559100
6.79-2006.50.04321530.9990.0180.0461.6399.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SQO, 5K59, 4N0F

3sqo

5k59

4n0f


解像度: 2.381→49.769 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 2013 4.85 %
Rwork0.1903 --
obs0.193 41519 93.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.6 Å2 / Biso mean: 60.3585 Å2 / Biso min: 24.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.381→49.769 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6058 0 39 166 6263
Biso mean--66.94 53.6 -
残基数----778
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3812-2.44070.39141010.30962349245078
2.4407-2.50670.34731340.26382588272287
2.5067-2.58050.32691340.24552623275788
2.5805-2.66380.28311500.22472605275588
2.6638-2.7590.29241250.22772621274688
2.759-2.86940.30291220.23412705282790
2.8694-30.30671440.23042754289892
3-3.15810.26021390.22762847298695
3.1581-3.3560.31641390.21872995313499
3.356-3.6150.2641770.209730153192100
3.615-3.97870.2361630.180630073170100
3.9787-4.55410.21941460.151530793225100
4.5541-5.73630.20771540.144730823236100
5.7363-49.780.20071850.181132363421100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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