PDB-1jq3: Crystal Structure of Spermidine Synthase in Complex with Transiti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jq3

タイトル

Crystal Structure of Spermidine Synthase in Complex with Transition State Analogue AdoDATO

要素

Spermidine synthase

キーワード

TRANSFERASE / aminopropyltransferase / homo-tetramer / thermophyle / transition-state analogue / beta-barrel / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

sym-norspermidine synthase activity / agmatine aminopropyltransferase activity / cadaverine aminopropyltransferase activity / thermospermine synthase activity / spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Korolev, S. / Ikeguchi, Y. / Skarina, T. / Beasley, S. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Pegg, A.E. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of spermidine synthase with a multisubstrate adduct inhibitor.
著者: Korolev, S. / Ikeguchi, Y. / Skarina, T. / Beasley, S. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Pegg, A.E. / Savchenko, A.

履歴

登録	2001年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jq3.cif.gz	259.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jq3.ent.gz	208.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/1jq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/1jq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1inlSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4by6-2 6nha-1 2ax1-d 6a98-d 1inl-d 4by6-1 6vig-d 3va7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC047

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Spermidine synthase

B: Spermidine synthase

C: Spermidine synthase

D: Spermidine synthase

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.519, 198.020, 51.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Spermidine synthase / putrescine aminopropyltransferase / SPDSY 分子量: 34184.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZC2, spermidine synthase
#2: 化合物	ChemComp-AAT / S-ADENOSYL-1,8-DIAMINO-3-THIOOCTANE 分子量: 423.533 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₉N₇O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.42 %

結晶化

温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

結晶化

*PLUS

温度: 21 ℃ / pH: 4.4

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	6 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
2	50 mM	sodium acetate	1	reservoir	pH4.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948 Å
検出器	タイプ: SBC-1 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月24日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 138175 / Num. obs: 126154 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 15.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.076
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / R_merge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 72.5
反射	PLUS 最低解像度*: 50 Å
反射シェル	PLUS % possible obs: 72.5 % / R_merge(I) obs*: 0.556

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
d*TREK	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1INL

1inl

解像度: 1.8→46.38 Å / R_factor R_free error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2808531.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	5940	5 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.196	118242	93 %	-
all	-	127142	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 20.4057 Å² / k_sol: 0.335983 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.19 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.24 Å	0.2 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.17 Å	0.14 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9484	0	87	743	10314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24.6
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.26
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.25	2.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.83	3
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.49	3
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.8	3.5

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.91 Å / R_factor R_free error: 0.01 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	862	4.9 %
R_work	0.251	16807	-
obs	-	16807	84.4 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ADO_PAR_10.TXT	ADO_TOP_7.TXT

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 112302 / σ(F): 0 / % reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 22.2 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	24.6
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.26
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.25	2.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.49	3
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.83	3
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.8	3.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.29 / % reflection R_free: 4.9 % / R_factor R_work: 0.251

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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