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Yorodumi- PDB-7ciz: Crystal structure of DNAJC9 HBD helix2 in complex with H3.3-H4 di... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ciz | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of DNAJC9 HBD helix2 in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD | ||||||||||||
Components |
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Keywords | CHAPERONE / Histone chaperone | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / nuclear origin of replication recognition complex / CMG complex / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / positive regulation of ATP-dependent activity / protein folding chaperone complex / nucleosomal DNA binding ...Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / nuclear origin of replication recognition complex / CMG complex / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / positive regulation of ATP-dependent activity / protein folding chaperone complex / nucleosomal DNA binding / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA unwinding involved in DNA replication / cochlea development / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / Activation of the pre-replicative complex / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Activation of ATR in response to replication stress / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / heat shock protein binding / Meiotic synapsis / telomere organization / cellular response to interleukin-4 / RNA Polymerase I Promoter Opening / SUMOylation of chromatin organization proteins / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / helicase activity / Defective pyroptosis / Assembly of the pre-replicative complex / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / single-stranded DNA binding / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / histone binding / protein-folding chaperone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA helicase / Estrogen-dependent gene expression / DNA replication / chromosome, telomeric region / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / apoptotic process / chromatin / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||||||||
Authors | Bao, H. / Huang, H. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2021 Title: DNAJC9 integrates heat shock molecular chaperones into the histone chaperone network. Authors: Hammond, C.M. / Bao, H. / Hendriks, I.A. / Carraro, M. / Garcia-Nieto, A. / Liu, Y. / Reveron-Gomez, N. / Spanos, C. / Chen, L. / Rappsilber, J. / Nielsen, M.L. / Patel, D.J. / Huang, H. / Groth, A. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ciz.cif.gz | 326.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ciz.ent.gz | 266.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ciz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/7ciz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/7ciz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7cj0C 5bnvS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 4 types, 12 molecules AEIBFJCGKDHL
#1: Protein | Mass: 9026.496 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: H3-3A, H3.3A, H3F3, H3F3A, PP781, H3-3B, H3.3B, H3F3B Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: P84243 #2: Protein | Mass: 11263.231 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) Gene: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, ...Gene: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: P62805 #3: Protein | Mass: 7860.354 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MCM2, BM28, CCNL1, CDCL1, KIAA0030 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: P49736, DNA helicase #4: Protein | Mass: 8448.566 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: C243S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DNAJC9 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q8WXX5 |
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-Non-polymers , 2 types, 743 molecules
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 36.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.05 M Lithium sulfate, 0.05 M Sodium sulfate; 0.05 M Tris, pH 8.5, 30% (v/v) PEG400. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97736 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 23, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97736 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→40 Å / Num. obs: 78310 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 31.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3667 / CC1/2: 0.793 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5BNV Resolution: 1.8→36.884 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 20.79 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→36.884 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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