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万見
- PDB-6ndi: Crystal Structure of the Sugar Binding Domain of LacI Family Prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ndi
タイトルCrystal Structure of the Sugar Binding Domain of LacI Family Protein from Klebsiella pneumoniae
要素Transcriptional regulator
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Periplasmic Binding / Sugar Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein/LacI sugar binding domain / Periplasmic binding proteins and sugar binding domain of LacI family / LacI-type HTH domain signature. / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
LacI family DNA-binding transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae.
著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Hauser, A.R. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2018年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / database_2 / struct
Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8762
ポリマ－73,8762
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.737, 110.478, 37.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 61 - 330 / Label seq-ID: 64 - 333

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator


分子量: 36938.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: AN676_0312450 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: A0A2W0LW10
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 3.0 mg/ml, 0.01M Tris-HCl pH 8.3; Screen: Classics II (C1), 3.5M Sodium formate pH 7.0; Cryo: 4.0M Sodium formate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月15日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 22623 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 55.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.124 / Rsym value: 0.114 / Χ2: 1.469 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1122 / CC1/2: 0.867 / Rpim(I) all: 0.342 / Rrim(I) all: 0.875 / Rsym value: 0.804 / Χ2: 1.024 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 21.924 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.497 / ESU R Free: 0.28 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23513 1007 4.5 %RANDOM
Rwork0.18222 ---
obs0.18447 21591 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 58.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å2-0.7 Å2
2---2.25 Å20 Å2
3---1.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4216 0 0 157 4373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0134320
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3951.6475894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3681.5679288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.8885542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.46820.783230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.98815651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.8781538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0530.024877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0480.02901
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7644.1562174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7644.1572173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7566.2322714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7556.2312715
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7064.5212145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7064.5212145
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6486.6693180
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.75549.6664671
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.71849.614648
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8472 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 69 -
Rwork0.313 1576 -
obs--98.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4709-1.5859-0.55255.34491.86020.6706-0.09640.0504-0.17480.331-0.1570.57810.1136-0.00660.25340.15490.003-0.02550.17070.03850.217314.8361-8.67164.6591
23.1063-2.1721-0.95821.84230.86260.417-0.0199-0.1259-0.65930.2088-0.0740.30420.154-0.02620.09380.38690.0016-0.05210.15620.0870.253619.8938-21.70264.6504
30.2861-0.08310.29881.73150.53510.571-0.0487-0.0470.0610.0030.0702-0.18860.0476-0.0315-0.02150.39710.01110.00480.01220.00360.173248.1977-15.80895.1718
42.7516-0.2965-0.93870.25450.11350.33350.26730.4864-0.0549-0.2956-0.2298-0.0779-0.0965-0.173-0.03750.49110.2073-0.00440.21370.0620.157327.9745-14.2613-6.192
50.1678-0.7119-0.54483.22692.34831.78260.04070.0483-0.0938-0.2964-0.34490.3353-0.2006-0.15760.30410.2197-0.0325-0.07690.17970.06940.185315.60945.67485.2979
63.0173-0.92833.20823.6724-2.60264.1857-0.17140.41760.574-0.1636-0.17970.3792-0.06270.48240.35110.307-0.0159-0.12110.12320.07660.25717.345918.53056.0256
70.8286-0.179-0.39331.74610.70080.42590.02140.0514-0.06130.03680.0378-0.1378-0.039-0.0123-0.05930.42-0.016-0.03050.00980.01330.141146.327813.497314.4455
81.64070.10930.84220.6566-0.11560.49640.2114-0.13010.05790.3137-0.19550.06380.1107-0.0281-0.01580.5071-0.12-0.01660.06890.00360.068427.24288.916419.3554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A59 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2A127 - 162
3X-RAY DIFFRACTION3A163 - 292
4X-RAY DIFFRACTION4A293 - 331
5X-RAY DIFFRACTION5B61 - 129
6X-RAY DIFFRACTION6B130 - 159
7X-RAY DIFFRACTION7B160 - 285
8X-RAY DIFFRACTION8B286 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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