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- PDB-6n7j: BDBV223 Fab bound to synthetic peptide of Bundibugyo virus Glycop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n7j
タイトルBDBV223 Fab bound to synthetic peptide of Bundibugyo virus Glycoprotein Stalk
要素
  • BDBV223 antibody heavy chain
  • BDBV223 antibody light chain
  • Envelope glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody / antiviral protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bundibugyo ebolavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.684 Å
データ登録者King, L.B. / West, B.R. / Saphire, E.O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 109762 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI109711 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Cross-reactive neutralizing human survivor monoclonal antibody BDBV223 targets the ebolavirus stalk.
著者: King, L.B. / West, B.R. / Moyer, C.L. / Gilchuk, P. / Flyak, A. / Ilinykh, P.A. / Bombardi, R. / Hui, S. / Huang, K. / Bukreyev, A. / Crowe Jr., J.E. / Saphire, E.O.
履歴
登録2018年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BDBV223 antibody heavy chain
H: BDBV223 antibody heavy chain
B: BDBV223 antibody light chain
L: BDBV223 antibody light chain
C: Envelope glycoprotein
D: Envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6296
ポリマ－100,6296
非ポリマー00
水00
1
A: BDBV223 antibody heavy chain
B: BDBV223 antibody light chain
D: Envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3143
ポリマ－50,3143
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21180 Å2
手法PISA
2
H: BDBV223 antibody heavy chain
L: BDBV223 antibody light chain
C: Envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3143
ポリマ－50,3143
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.452, 191.580, 63.362
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 BDBV223 antibody heavy chain


分子量: 24582.586 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 BDBV223 antibody light chain


分子量: 23817.580 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein / Spike glycoprotein


分子量: 1914.183 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 620-635 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bundibugyo ebolavirus (ウイルス) / 参照: UniProt: B8XCN0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20% w/v PEG8000, 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate:HCl, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月20日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.68→48.356 Å / Num. obs: 12104 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / CC1/2: 0.95 / Rmerge(I) obs: 0.31 / Rpim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 3.68→3.82 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Num. unique obs: 1176 / CC1/2: 0.79 / Rpim(I) all: 0.43 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6MAM chains H & L

6mam


解像度: 3.684→48.356 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 540 4.47 %
Rwork0.2277 --
obs0.2289 12087 97.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.684→48.356 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6913 0 0 0 6913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6799653
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6714229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461078
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.684-4.05450.32571180.27542856X-RAY DIFFRACTION96
4.0545-4.64080.22371250.22732920X-RAY DIFFRACTION98
4.6408-5.84540.24461400.21612878X-RAY DIFFRACTION97
5.8454-48.36030.24361570.20462893X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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