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- PDB-6n2l: Crystal structure of a histone family protein DNA-binding protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n2l
タイトルCrystal structure of a histone family protein DNA-binding protein from Burkholderia ambifaria
要素Histone family protein DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SSGCID / Burkholderia ambifaria / Histone family / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone family protein DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia ambifaria (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a histone family protein DNA-binding protein from Burkholderia ambifaria
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine_ls_restr
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone family protein DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6531
ポリマ－10,6531
非ポリマー00
水81145
1
A: Histone family protein DNA-binding protein

A: Histone family protein DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3062
ポリマ－21,3062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.210, 71.400, 76.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-131-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histone family protein DNA-binding protein


分子量: 10653.248 Da / 分子数: 1 / 断片: BuamA.00144.b.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (strain MC40-6) (バクテリア)
株: MC40-6 / 遺伝子: BamMC406_0065 / プラスミド: BuamA.00144.b.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B1YQ53
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 6.92 mg/mL BuamA.00144.b.B1.PS37906 with Microlytic MCSG1 screen, condition B8 (25.5% PEG4000, 15% glycerol, 170 mM sodium acetate), cryoprotection: direct, tray 272705 h3, puck ndf9-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月6日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→38.365 Å / Num. obs: 9290 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.826 % / Biso Wilson estimate: 30.256 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 28.26 / Num. measured all: 137737 / Scaling rejects: 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.98.8520.5064.726670.9690.537100
1.9-1.959.1850.4125.836540.960.43799.5
1.95-2.019.4940.2618.746500.9840.276100
2.01-2.079.870.19811.246070.990.20899.8
2.07-2.1410.7640.14715.356270.9920.155100
2.14-2.2113.0460.12919.245640.9940.135100
2.21-2.2913.8040.10921.985650.9970.11399.6
2.29-2.3914.4340.09325.285670.9980.096100
2.39-2.4915.2370.09326.215070.9980.096100
2.49-2.6216.2220.08529.734990.9980.087100
2.62-2.7617.7250.07833.814910.9980.08100
2.76-2.9320.8260.07639.334550.9990.078100
2.93-3.1321.0950.06646.64210.9990.068100
3.13-3.3820.8570.05752.994130.9990.058100
3.38-3.720.6850.05556.173650.9990.05699.7
3.7-4.1420.3440.05458.423370.9990.055100
4.14-4.7819.9810.05159.223090.9990.05399.7
4.78-5.8520.2410.05257.252570.9990.053100
5.85-8.2719.7770.0554.642060.9990.052100
8.27-38.36517.240.04856.231290.9960.05100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1P71 as per MoRDa

1p71


解像度: 1.85→38.365 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.41
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2946 866 9.33 %0
Rwork0.2447 ---
obs0.2495 9284 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.63 Å2 / Biso mean: 35.5458 Å2 / Biso min: 15.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→38.365 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数620 0 0 46 666
Biso mean---37.06 -
残基数----88
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.643855
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.992377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003110
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.85-1.96590.34341350.278713771512
1.9659-2.11770.30381190.256314081527
2.1177-2.33080.30841720.258113431515
2.3308-2.6680.30421470.258613841531
2.668-3.36110.33891250.252414421567
3.3611-38.37320.25881680.224114641632
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.43153.64880.16775.48780.33342.4137-0.0216-0.294-0.27650.36950.0513-0.3980.08980.2609-0.06890.27220.0057-0.01610.30030.09740.5924-2.479415.21274.0997
26.52532.84111.48133.92410.76073.05960.1863-0.17320.07080.2299-0.03770.16110.0699-0.1204-0.08970.20620.00040.02780.29850.23350.6105-16.71848.87021.7722
32.1895-1.91240.08993.1669-0.65780.8545-0.1299-0.0767-0.05490.25920.15860.2447-0.0432-0.0480.01210.18250.03110.01310.28870.26310.3642-12.1668-3.50575.3173
40.9134-2.11311.46557.1457-2.89892.66140.13840.001-0.1189-0.522-0.03680.26070.46020.0309-0.1420.2344-0.012-0.07240.24590.19880.4395-3.3759-7.8528-4.4493
54.1666-2.5082.69063.4005-2.12152.43340.1097-0.0564-0.04840.072-0.0798-0.11710.33430.29760.07320.27760.09310.03150.3760.22710.38645.6485-8.57441.4224
63.11632.11633.4592.12552.32393.83980.2381-0.92140.03510.90710.0525-1.08350.13060.5191-0.26030.3665-0.0181-0.20720.90870.12170.587519.864-10.31214.187
72.3423-2.93482.5956.0299-4.3553.50950.0146-0.1038-0.0662-0.1122-0.0272-0.03020.37340.07210.06930.19910.04420.03680.31750.23530.32175.2922-5.9121.5169
82.65020.4415-0.39396.1221.06635.49520.03030.26750.2393-0.7508-0.2111-0.1141-0.31710.2360.18650.24720.002-0.03960.43060.25260.25911.96466.9476-11.573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 2 )A-3 - 2
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 3 through 17 )A3 - 17
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 18 through 37 )A18 - 37
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 38 through 47 )A38 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 48 through 55 )A48 - 55
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 56 through 73 )A56 - 73
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 74 through 81 )A74 - 81
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 82 through 91 )A82 - 91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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