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- PDB-4u6n: Crystal structure of Escherichia coli DiaA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u6n
タイトルCrystal structure of Escherichia coli DiaA
要素DnaA initiator-associating protein DiaA
キーワードREPLICATION / DiaA / DnaA initiator-associating protein / DNA replication / SIS family
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-DiaA complex / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA replication / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DnaA initiator-associating protein / GmhA/DiaA / : / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DnaA initiator-associating protein DiaA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Oakley, A.J. / Lo, T.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1021479 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli DiaA
著者: Oakley, A.J. / Lo, T. / Lewis, P.J.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaA initiator-associating protein DiaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2062
ポリマ－22,1701
非ポリマー351
水86548
1
A: DnaA initiator-associating protein DiaA
ヘテロ分子

A: DnaA initiator-associating protein DiaA
ヘテロ分子

A: DnaA initiator-associating protein DiaA
ヘテロ分子

A: DnaA initiator-associating protein DiaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8228
ポリマ－88,6814
非ポリマー1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area13730 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area24410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.490, 73.820, 106.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

CL

21A-320-

HOH

31A-333-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DnaA initiator-associating protein DiaA


分子量: 22170.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: diaA, yraO, b3149, JW3118 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' / 参照: UniProt: P66817
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.9, 0.25 M MgCl2, and 32-38% PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月10日
放射モノクロメーター: Varimax optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→61 Å / Num. all: 14941 / Num. obs: 14941 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.91→2 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YVA

2yva


解像度: 1.91→60.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 9.425 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19841 750 5 %RANDOM
Rwork0.16489 ---
obs0.1665 14188 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.87 Å20 Å20 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3----2.77 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.91→60.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1429 0 1 48 1478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191469
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8871.9592000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8933303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2835198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.94523.8163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.36315247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.241514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7942.329777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7952.326776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4983.479971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4973.482972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6642.696691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6632.698692
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0033.931027
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.68118.9521607
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.68318.8361596
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.957 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 62 -
Rwork0.236 1015 -
obs--99.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.6824 Å / Origin y: 22.8011 Å / Origin z: 9.7287 Å
111213212223313233
T0.2942 Å20.077 Å2-0.0291 Å2-0.0373 Å20.0183 Å2--0.0496 Å2
L0.9399 °2-0.4295 °2-0.2975 °2-4.1409 °20.815 °2--5.191 °2
S-0.0671 Å °-0.0846 Å °-0.1431 Å °0.5445 Å °0.0241 Å °-0.2517 Å °1.0418 Å °0.4044 Å °0.043 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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