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- PDB-6j9c: Crystal structure of Arabidopsis thaliana transcription factor LE... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6j9c | ||||||
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Title | Crystal structure of Arabidopsis thaliana transcription factor LEC2-DNA complex | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / flowering time regulation / B3 domain / DNA-binding / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of auxin biosynthetic process / somatic embryogenesis / seed oilbody biogenesis / seed maturation / embryo development ending in seed dormancy / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hu, H. / Du, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Embryonic resetting of the parental vernalized state by two B3 domain transcription factors in Arabidopsis. Authors: Tao, Z. / Hu, H. / Luo, X. / Jia, B. / Du, J. / He, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 132.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 459.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6j9aSC ![]() 6j9bC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14306.181 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 4615.006 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: FLC CME DNA / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 4562.000 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: FLC CME DNA / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.63 Å3/Da / Density % sol: 66.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1M sodium HEPES pH 7.5, 15% PEG 20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 18, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→50 Å / Num. obs: 8746 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 9.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 3.56 / Num. unique obs: 1271 / CC1/2: 0.995 / % possible all: 99.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6J9A Resolution: 3.102→49.591 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 23.01
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.102→49.591 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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