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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1p71 | ||||||
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Title | Anabaena HU-DNA corcrystal structure (TR3) | ||||||
![]() |
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![]() | DNA Binding Protein/DNA / protein-DNA complex / DNA bending / HU / DNA Binding Protein-DNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() heterocyst development / chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Swinger, K.S. / Lemberg, K.M. / Zhang, Y. / Rice, P.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Flexible DNA bending in HU-DNA cocrystal structures Authors: Swinger, K.S. / Lemberg, K.M. / Zhang, Y. / Rice, P.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 75.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 54.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 453.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 463.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1p51C ![]() 1p78C ![]() 1b8zS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | The assymetric unit contains one functional complex composed of a protein homodimer and duplex DNA. |
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Components
#1: DNA chain | Mass: 6379.131 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: chemically synthesized DNA #2: Protein | Mass: 10089.584 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: Peg 5000 monomethyl ether, glycerol, tris, jeffamine, potassium chloride, calcium chloride, sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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Crystal grow | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Feb 11, 2001 |
Radiation | Monochromator: Ge 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→100 Å / Num. all: 20602 / Num. obs: 20602 / % possible obs: 72.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.041 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2.01 Å / Redundancy: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / % possible all: 20.9 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 100 Å / Rmerge(I) obs: 0.04 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1B8Z with nonidentical sidechains pruned back to a common atom Resolution: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 7.985 / SU ML: 0.21 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.224 Details: Data are anisotropic with limits 1.9 X 2.5 x 2.0. Data were truncated to an ellipsoid and reflections with an average (I/sigI) ratio less than 2 were removed. The completeness above is ...Details: Data are anisotropic with limits 1.9 X 2.5 x 2.0. Data were truncated to an ellipsoid and reflections with an average (I/sigI) ratio less than 2 were removed. The completeness above is underestimated. When truncation is factored in, data in refinement are 91% complete. The following residues in chain A and B have some sidechain atoms with 0.00 occupancy: A3, A12, A13, A18, A19, A34, A45, A59, B3, B12, B18, B59, B67, B83, B84.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.952 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→2.002 Å / Total num. of bins used: 10 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.9 Å / Lowest resolution: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.244 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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