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- PDB-6n22: Crystal structure of mouse Protocadherin-15 EC1-2 BAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n22
タイトルCrystal structure of mouse Protocadherin-15 EC1-2 BAP
要素Protocadherin-15
キーワードCELL ADHESION / Mechanotransduction / calcium binding protein / hearing / stereocilia / tip link
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / righting reflex / stereocilium bundle / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / stereocilium / non-motile cilium assembly / auditory receptor cell stereocilium organization / adult walking behavior ...detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / righting reflex / stereocilium bundle / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / stereocilium / non-motile cilium assembly / auditory receptor cell stereocilium organization / adult walking behavior / startle response / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / actin filament bundle assembly / photoreceptor outer segment / visual perception / actin filament organization / morphogenesis of an epithelium / locomotory behavior / sensory perception of sound / response to calcium ion / multicellular organism growth / calcium ion binding / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3430 / : / PCDH15-like domain / Protocadherin-15 / Extracellular cadherin domain / Extracellular Cadherin domain / : / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. ...Immunoglobulin-like - #3430 / : / PCDH15-like domain / Protocadherin-15 / Extracellular cadherin domain / Extracellular Cadherin domain / : / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Narui, Y. / Sotomayor, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)R01 DC015271 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural determinants of protocadherin-15 mechanics and function in hearing and balance perception.
著者: Choudhary, D. / Narui, Y. / Neel, B.L. / Wimalasena, L.N. / Klanseck, C.F. / De-la-Torre, P. / Chen, C. / Araya-Secchi, R. / Tamilselvan, E. / Sotomayor, M.
履歴
登録2018年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.32020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protocadherin-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9194
ポリマ－29,7991
非ポリマー1203
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The monomeric state was also verified by analytical ultracentrifugation.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.616, 99.616, 58.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Protocadherin-15


分子量: 29798.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein includes biotin acceptor peptide (BAP) and expression tag GLNDIFEAQKIEWHELEHHHHHH
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pcdh15 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99PJ1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.02 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate, 30% (v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 13043 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 17.833
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.802 / Num. unique obs: 646 / Rpim(I) all: 0.311 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4APX

4apx


解像度: 2.4→49.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 14.1 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.223 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23289 640 4.9 %RANDOM
Rwork0.17048 ---
obs0.17326 12383 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20.59 Å20 Å2
2--1.18 Å2-0 Å2
3----3.83 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→49.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1826 0 3 49 1878
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0131879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7061.6582567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.251.5794000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6175234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24822.661109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.23615316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7491515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3943.722927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.393.719926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8635.5681158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8625.5711159
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4284.295952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4174.287950
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6966.2541407
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.47143.2661931
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.47443.271930
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.404→2.467 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 67 -
Rwork0.23 887 -
obs--99.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4609-0.63640.17521.7608-1.51942.05980.0036-0.0011-0.0262-0.0343-0.1143-0.0003-0.02890.11110.11080.04740.0099-0.04430.0382-0.01150.0492-1.1583-46.064919.3213
20.7414-0.82871.04391.5044-1.20331.963-0.0541-0.0833-0.0224-0.02970.1918-0.0415-0.072-0.0522-0.13770.04270.00010.00590.0471-0.01850.0461-18.8646-11.3674-10.1726
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 119
2X-RAY DIFFRACTION1A1001 - 1002
3X-RAY DIFFRACTION2A120 - 236
4X-RAY DIFFRACTION2A1003

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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