PDB-5uly: Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC2-3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uly

タイトル

Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC2-3

要素

Protocadherin-15

キーワード

Calcium-binding protein / hearing / mechanotransduction / adhesion

機能・相同性

機能・相同性情報

equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / homophilic cell-cell adhesion / inner ear development / photoreceptor outer segment / sensory perception of sound ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Wimalasena, L.N. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)	R00 DC012534	米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)	R01 DC015271	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural determinants of protocadherin-15 mechanics and function in hearing and balance perception.
著者: Choudhary, D. / Narui, Y. / Neel, B.L. / Wimalasena, L.N. / Klanseck, C.F. / De-la-Torre, P. / Chen, C. / Araya-Secchi, R. / Tamilselvan, E. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2017年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年10月7日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uly.cif.gz	371.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uly.ent.gz	304.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uly.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uly_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uly_full_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示
XML形式データ	5uly_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	5uly_validation.cif.gz	44.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/5uly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/5uly	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tpkC 5w1dC 6bwnC 6bxuC 6e8fC 6eb5C 6eetC 6mfoC 6n22C 6n2eC 4apxS 5t4mS 5ulu S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d87-3 3ee1-d 4zmt-3 3vo1-d 3d87-2 3ljb-d 1sf8-8 13 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protocadherin-15

B: Protocadherin-15

C: Protocadherin-15

D: Protocadherin-15

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protocadherin-15

C: Protocadherin-15

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protocadherin-15

D: Protocadherin-15

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.761, 147.625, 77.034
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	A	A	128 - 366	10 - 248
2	1	HIS	HIS	B	B	128 - 366	10 - 248
1	2	THR	THR	A	A	125 - 366	7 - 248
2	2	THR	THR	C	C	125 - 366	7 - 248
1	3	THR	THR	A	A	125 - 366	7 - 248
2	3	THR	THR	D	D	125 - 366	7 - 248
1	4	HIS	HIS	B	B	128 - 366	10 - 248
2	4	HIS	HIS	C	C	128 - 366	10 - 248
1	5	HIS	HIS	B	B	128 - 366	10 - 248
2	5	HIS	HIS	D	D	128 - 366	10 - 248
1	6	THR	THR	C	C	125 - 366	7 - 248
2	6	THR	THR	D	D	125 - 366	7 - 248

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6

詳細

Dimer as determined by SEC and AUC

#1: タンパク質	Protocadherin-15 分子量: 29375.723 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 143-390 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCDH15, USH1F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q96QU1
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.64 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M KCl, 15% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: oxford cryo-jet
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月21日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 42598 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 45.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10.625
反射シェル	解像度: 2.64→2.69 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4APX, 5T4M

4apx

5t4m

解像度: 2.64→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 21.433 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.499 / ESU R Free: 0.288 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2464	1962	4.8 %	RANDOM
R_work	0.21523	-	-	-
obs	0.21671	39053	96.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.895 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.22 Å²	-0 Å²	1.4 Å²
2-	-	-4.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.64→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7135	0	8	131	7274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	7319
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6643
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.689	1.969	10001
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.028	3	15478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.149	5	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.882	24.513	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.8	15	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.675	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7986
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.308	3.049	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.308	3.049	3560
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.133	4.566	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.133	4.566	4433
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.419	3.204	3758
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.419	3.204	3756
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.36	4.744	5569
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.857	34.304	7114
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.834	34.262	7098
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12962	0.08
1	2	B	12962	0.08
2	1	A	13310	0.09
2	2	C	13310	0.09
3	1	A	13366	0.08
3	2	D	13366	0.08
4	1	B	12918	0.09
4	2	C	12918	0.09
5	1	B	12808	0.08
5	2	D	12808	0.08
6	1	C	13452	0.08
6	2	D	13452	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.632→2.7 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	119	-
R_work	0.336	2719	-
obs	-	-	91.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6931	1.0673	-0.1029	2.1351	-0.0047	5.8124	0.2281	-0.6047	0.078	0.6361	-0.0968	0.1127	-0.3883	-0.1381	-0.1313	0.365	0.0041	-0.0242	0.3013	0.0281	0.1204	66.621	25.0593	109.8728
2	1.8546	-0.5379	-0.527	1.789	0.7953	3.5742	-0.02	0.179	0.0492	-0.139	-0.0393	0.0716	0.0572	-0.0804	0.0593	0.1291	-0.0245	-0.0564	0.1649	0.0441	0.0345	74.1122	13.8327	66.9253
3	1.6199	-0.3488	1.1423	2.1034	0.0176	6.0019	-0.0147	0.547	-0.1476	-0.5304	-0.0065	-0.1102	-0.0003	-0.0452	0.0212	0.2818	-0.0811	-0.0016	0.4643	-0.0285	0.1074	33.7937	4.5652	42.3353
4	2.0677	0.2386	0.4469	1.7468	0.797	3.3345	0.0193	-0.2188	0.1083	0.1016	-0.0788	0.0902	-0.137	-0.1082	0.0595	0.1217	-0.0111	-0.0203	0.1789	0.0117	0.0191	41.2931	14.2271	84.5344
5	2.7594	0.0839	-0.8596	5.9291	0.4112	1.2201	0.1474	-0.256	0.7452	0.0825	-0.1201	0.2888	-0.5162	-0.0428	-0.0273	0.4058	0.0006	-0.0932	0.286	-0.0322	0.3427	83.0981	43.3444	95.2358
6	1.9856	-0.1493	-0.1144	3.4211	1.2175	1.5073	-0.0709	0.0589	-0.2652	0.0558	0.0508	-0.0448	0.1475	0.0012	0.0201	0.1624	-0.0128	-0.0348	0.1503	0.0369	0.065	88.2338	0.9295	82.5978
7	1.037	0.6665	0.4263	5.3848	0.0616	0.949	0.092	0.1222	-0.6434	-0.2242	-0.1248	-0.1066	0.5215	-0.0745	0.0328	0.4759	-0.0043	0.0561	0.3679	-0.0814	0.5886	49.8152	-17.993	55.308
8	2.0141	0.2097	0.0818	3.8174	1.0042	1.4117	-0.0092	-0.0268	0.3178	-0.0571	0.029	0.0173	-0.1897	0.0329	-0.0199	0.1459	0.005	-0.0337	0.1704	0.0548	0.0857	55.3274	27.1084	68.7206

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	125 - 236
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	237 - 366
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1002
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	128 - 236
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1001
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	237 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1002
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	125 - 236
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1001
11	X-RAY DIFFRACTION	6	C	237 - 366
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	1002
13	X-RAY DIFFRACTION	7	D	125 - 236
14	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1001
15	X-RAY DIFFRACTION	8	D	237 - 366
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	1002

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)